Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SMARCC1_0019100

Sequence Length

1088 nt

GC Content

0.4182

AACAAUUGUUUGACCAGACCCAACAUCUACCUCAUUCCAGACAUUGAUCUGAAGUUGGCUAACAAAUUGAAAGAUAUCAUCAAACGACAUCAGGGAACAUUUACGGAUGAGAAGUCAAAAGCUUCCCACCACAUUUACCCAUAUUCUUCCUCACAAGACGAUGAAGAAUGGUUGAGACCGGUGAUGAGAAAAGAGAAGCAAGUGUUAGUGCAUUGGGGCUUUUACCCAGACAGCUAUGAUACUUGGGUCCAUAGUAAUGAUGUUGAUGCUGAAAUUGAAGAUCCACCAAUUCCAGAAAAACCAUGGAAGGUUCAUGUGAAAUGGAUUUUGGACACUGAUAUUUUCAAUGAAUGGAUGAAUGAGGAGGAUUAUGAGGUGGAUGAAAAUAGGAAGCCUGUGAGUUUUCGUCAGCGGAUUUCAACCAAGAAUGAAGAGCCAGUCAGAAGUCCAGAAAGAAGAGAUAGAAAAGCAUCAGCUAAUGCUCGAAAGAGGAAACAUUCGCCUUCGCCUCCCCCUCCGACACCAACAGAAUCACGGAAGAAGAGUGGGAAGAAAGGCCAAGCUAGCCUUUAUGGGAAGCGCAGAAGUCAGAAAGAGGAAGAUGAGCAAGAAGAUCUAACCAAGGAUAUGGAAGACCCAACACCUGUACCCAAUAUAGAAGAAGUAGUACUUCCCAAAAAUGUGAACCUAAAGAAAGAUAGUGAAAAUACACCUGUUAAAGGAGGAACUGUAGCGGAUCUAGAUGAGCAGGAUGAAGAAACAGUCACAGCAGGAGGAAAGGAAGAUGAAGAUCCUGCCAAAGGUGAUCAGAGUCGAUCAGUUGACCUUGGGGAAGAUAAUGUGACAGAGCAGACCAAUCACAUUAUUAUUCCUAGUUAUGCAUCAUGGUUUGAUUAUAACUGUAUUCAUGUGAUUGAACGGCGUGCUCUUCCUGAGUUCUUCAAUGGAAAAAACAAAUCCAAGACUCCAGAAAUAUACUUGGCAUAUCGAAAUUUUAUGAUUGACACGUAUCGUCUAAACCCCCAAGAGUAUUUAACUAGCACUGCUUGUCGGAGGAACUUGACUGGAGAUGUGUGUGCUGUGAUGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-260.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -281.24

Frequency: 0.0000

Diversity: 294.81

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((....)))(..((((((...((((((..(((((((..........(((((.((((...........................)))).)))))..........))))))).((((((...(((((((((...((((.((((..(((((.((.......)).))))))))).))))...)))).........((.(((((.((((((((((.(((((.......)))))...))...(((((((((((...(((..(((((((((((..(((((((...(((...((((.((((.........))))((((((((((....(((.((((((((.(((((.((((((.....(((.(((((((.(((((((...((((...............))))...))))))).)))......)))).)))....))))))....)))))..))))))))..............(((....)))..(.(((....))).).((.(((((((((.((((((.(((.....((...........)).....))).))))..((((((.......))))))..)))))).)).)))))........((.((((..........))))..)).(((...(((.....)))...)))...............(((((...))))))))...))))))))))...........(((......)))((((((.((......)).)))))).....((.(((((.(.........((((((((((((((.................))))))..(((((((((......)))).....)))))(((((.((((((((((..(.......)..)))))))))).)))))(((((((.((((.....))))))))))).......)))))))).....).))))).))((((((.((....((((.........))))))))).)))........))))...)))..)))))))..)))))))....))))))).))))....)))))))..))))))))))))).)))))))...))))))..))))))..)).))).)....)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((....)))(..{(((,{.{,((((((.,(((((((,.,,......(((((.((((..........,.....,..,,......)))).)))))..........))))))}.((((({...(((((((((...((((,((({,,(((((.((.......)).))))))))),)))}...)))).........((.(((({{((((((((((.(((((.......)))))...))..,|{{|{|||{{|.,,{{{,.{((,(((((((..(((((((...(((...((({.((((.......,.)))){(((((((((....{{{.{(((((((.((({,.((((({.|...(((.(((((((.(((((((...((((..,|,......,...))))...))))))).)))......)))).)))....))))))..,,})}}}..)))))}},..............{((,,..}},..|}||(....|}|,,..,.}}}||((((.((((..{,((((....,..........}))}.,..))).),))})((((((.......)))))).{(((,|(,{(.....{{.......{|.{{{|,.,,......}})}..}}.,{{...(((.....)))...}||{{,..,..,,,,,..{{,{,.,,,)))))))...}))))))))}...........(((......)))((((((.((......)).)))))).,,,.((.(((((.(.,,......((((((((((((((...........,.....))))))..{((((((((......)))),..,.})))}|((((,((((((((((..(.,....,}..)))))))))).))))|(((((((.((((.....))))))))))),......))))))))..,..).))))).}}{{((({{((,...((((.........)))))))))},})........})))...}))..)))))))..)))))))}}}.,,)}))}.,.}))))}},))}}}..))))))))))))).)))))))...))))))},)))))),.)}.))).).,..)