Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SMARCC1_0021200

Sequence Length

2609 nt

GC Content

0.4201

GAAGAUGAAGAUCCUGCCAAAGGUGAUCAGAGUCGAUCAGUUGACCUUGGGGAAGAUAAUGUGACAGAGCAGACCAAUCACAUUAUUAUUCCUAGUUAUGCAUCAUGGUUUGAUUAUAACUGGUGAGUGGACCACUUCCAUCUGUGAGCAUGGUACUGAGCAGUACAAGAACUUUCCUUGAAAUCAGGUUGUGCCUUUCUGCCCAUGUUCCUUAUCAGAAAUUACUAUCACUUUGGAUGAAGGGAGAUGGAGAGUGAUUUUUAUCUUUGGAAUGUGUUUGUGUUUUUUGUUUGUUUGUUUGUUUUGUUGUUGUUGAGACAGAGUCUUGCUUUGUCACCCUGGCUAGAAUGCAGUGGUAUGAUCUCGACUCACUGCAACCUCUGCCUCCCGGUUUCAAGUGAUUCUCUUGCUUCAGCCUCCUGAGUAGCUGGGAUUACAGGUUCCCGCCGCCGUGCCAGGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGAUGGGUUUCACCAUCUUGGCCAGGGUGGUUUUGAACUCCUGACCUCGUGAUCCACCUGCUUCAGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCGCGCCUGGCUCGAAUUUUUUUUUUUUUUUUUAAAGAAAAACAAUUCAGGGAUUGAAACUAGAUUUUGUUGUAAUUUAGGUUUGUAAAAUUUUGUAAGCUUGAAUCUAACUCAUUUAGAAUCAGCUAUAAUUCAAACAAGCAAAUACUUGAGUAGUAGUAUAAAAUGUUUUAAAUUAUUAUAAAAAGUUUUUAGUUACUUGAAAUUAACUCUAGAUUAAAAAUACUAACUGAAAAUUUCCAGAAGUAAACAAUUCAUAAUUUUCCGUUGUGUGUUAUUCUGAGUAGUGGGAUGAAAUCUUGCAGUUUCAUGCCAGGAGUAUGAAUCAUCCUUUUUUUUCAAUGUAGACACACUGUACAUGCUACCCACCUGUUAGUCAUUUAGUAUCCGUAUCAGUUAUUAGACUAGCUGUCAAGGGAUUUCAGUGCUUCUGUUCAAGGAACCCCUAUUUUAGUUAGUGGCCCCAAUGCAUAGAAGUAGUGAUGGUGAUAGUUCGGAUACGCCAAAGUGAAUGUAUAAAGCGCUUCCUUUAAGUGAAAAGGUGAAUGUUUCCGACUUAAAAAGAAUUGUGUGCUGAGCUUGCUAAGAUCUAUGAUAAGAACAAAUCUUCUGUUCAUGAAAUUGUGUAUAAUAAAUUGUUAUACUUGUUCUUUUUUAUUAUUGGUUUUUGUUAAUCUAGUCCUGUGUCUAAUUUAUAAAUUAAACUUUGUCAUAGGUAUGUGUGUGUUUAUGUGUAUACGUAGGAAAAAACUUAAUGGCCCUGUCCACAGUUUCAGGCAUCCAUUGGGGGUCUUGGAACACAAACUCCACAGAUAUGAAGGGACUACUUUAUAUAAAGGAAAAAAAUUGCCCAGCAUGGUGGCUUAUGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGGUGGGCAGAUCACCUGAGGUCAGCAGUUCAAGAAUAGCCUGGCCAACCUGGUGAAACCCCGUCUCUAUUAAAAAUACAAAAAAAUUAGCCAGGCGUGGUGGUGGGUGCCUGUAAUCCCAUCUACUUGGGAGGUUGAGGCAGGAGAAUCGCUUGAACCCAGGAGGCAGAGGUUGCAUUGAGCCGAGAUCAAGCCAUUGUACUCCAGCCUGGGCUACAAGAGCAAUACUCUGUCUCCCAAAAAAAAAAAAAAAUUACUACCCAAUAAUAGCUUUAUUUUAAUAGGAAAUAUUUUAACAUCAGGAGGCUUUUAAAAUAUAAAUCCUGGCAUGUAAAAAUGUUUAAGAAAACAGACCUCCUUAGCAUCGUCUCUGAUUUUUACAGCAAGCACUGUGGCAUGCUUCGAGCAUAGUUGGAUGUAACUGGAGUACUGUCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGAGACGGAGUCUCGCUCUGUCGCCCAGGCUGGACUGCAGUGGCGGGAUCUCGGCUCACUGCAAGCUCCGCCUCCCGGGUUCACGCCAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGACUACAGGCGCCCGCCACUACGCCCGGCUAAUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCGUGGUCUCGAUCUCCUGACCUCGUGAUCCGCCCGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCGCGCCCGGCCGAGUACUGUCUUUUUUAUUGAUUGCUUAUGAGAUGUGACUAUUUAAUAUUAGAAUGAUUUUUGUUUGUCUUUUUGUUUGUCUGUGCCUCGACUGUUUUGUUGUUGUUGUUUUUUUAAAAACAUAAAUACCAGAACUUACCACUCCAAAUAGAUGUUAGCAUCUUUAAGGUACCUUUACAGGAAAGUUGUCUACAUUGCUGAUGCUGCCAUUACUCAAAAUCUUGGGUUUUUUUGUUUCUGUUUUUUUGAGACGGAGUCUCAGUCUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGCGGCGCAAUCUCGGCUCACCACCAGGCUGGUCUCGAACUCCUGACCUCAGGUGAUCCACCCACCUUGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGUGUGAGCCACUGCGUCCGGCCAAUCUUGGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-1018.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -1063.85

Frequency: 0.0000

Diversity: 585.77

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(.(((....))).).((.(((((((((......)))).(((.((.....((((((((((((((..(.......)..)))))))))((((((((((((((.((((.....))))))))))))).))))).....)))))....)).)))...(((((....)))))......(((((((......((((.((.(((((((..((((.(((((((((.(((...........))).)))).))))).))))..)).......(((((.((((....(((((((((((.((((((((((((((..((((.((((....((((((((...)))))))).....(((.(((.(((((((((.((....)))).)))))))...))))))((((((((..((((((.....)))))).))))..((((((((...((((((((((((...((((((.(((((.(((((...........)))))..((((((......))))))))).)).))))))...........))))).)))))))..)))).))))..(((((......)))))...((((((((......))))))))....(((((.(((((((((.....))))))))).))))).))))......((((((...((((..((((((((((((((....)))))))))))))).))))..))))))...)))).))))..)))))))))))))).....((((((((.((((....)))).))))))))...((((........)))).......((((.(((.(((..((((.(((.(((((((....(((........)))..))))))).))))))).))).)))))))...((.(((((((......))))))).))((((..........))))((((((((.(((((.(((((.((.((((((....(((((.....((((((((((((((....((((....))))((((((((.......(((.(((((((((.((.((..((.(((.......))).))..))..)).))))))))).)))...)))))))))))))))....(((.((((((.....))).)))))))))))))..))))).......((((...(((((((((.....((.......)).......(((((..((((......))))..))))).......((((((((...))))))))..))))))))).....))))............((..((((((.(...((((.....))))....).))))))..)).)))))).))))))).))))).))))))))((((((((.((((..........))))...))))))))......))))))))))))))).))))).))))).)).))))......)))))))......(((..((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((..((((((((((((((((.(((((.(((.((((((((.......((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((.((((((((((((((((((((((.(((((.(((((((((((((((((((((((((((.((.(((((((.((((((.(((.(((((.((((((((((((..(((((((((.((((((((((((.(((.((((...((((((((((..(((((((((((((((...(((...(((((.....)))))....))).(((((((((.(((((((((.................)))))..)))).)))))))))(((((.((((..((((...(((((....(((...(((..((((.((......)).))))..)))..)))...)))))....))))..)))).))))))))))))))))))))))))))))))...))))))).)))))))))))).)))))))))..)))))))))))).))))).))).)))))).))))))).)).))))))))))))))))))))))))))).))))).)))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))(.((((..........)))).)((((.(((.....((((((((((((......))))).....((((((......)))))).)))))))................((((((......(((((.........)))))((((.(((........))).))))....(((..((((((....((((((.((((..((((((....))))))..)))).)))))).....(((((.....((((.(((((((..(((.((((((....))).........))).)))..))))))).))))((((((....))))))......(((((.........))))))))))..(((((((.....)))))))))).)))..))))))))).))).))))..)))))))).))).))))).))))))))))))))))..))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).))..)))..))))).))

Thermodynamic Ensemble Prediction

,({(((,,,{{{{,{.((,{(((((({(.,....|}))..,},})})}||(((,((((((((((..(.......}..)))))))))).|||||(((((((.((((.....)))))))))))||.||||{,,.||||||||{{{|||{{{{{{({{{,{{{.|||||,,....{((((((,..,..|{{|,||,|{{|||{..||||,|{(((((((,{(,...........})}.)))}}})))),)))),,}).,,,,,,|||||,{(((....(((((((((({.{(((((((((((((..((((.(({({{{,({((((({.,,||}}}|}},{{..(((.(((.(((((((((.{(....)})).)))))))...)))))).,,,|||,.,||||||..,,,)))})),)))}..((((((((.,,((((((((((((,..((((((.(((({.(((((...........))))).,((((((......)))))))))},).))))))...,.......})))).))))))),.))))}})))..(((((......)))))...((((((((......)))))))).,,.(((((.(((((((((.....))))))))).))))).))),..,,..((((((...((((..((((((((((((((....)))))))))))))).))))..))))))..,)))).))))..)))))))))))))},{{..((((((((.((((....}))).))))))))...}|||,,{{{,..,,}},,,|,,.((((.(((.(({..((((.(((.(((((((....(((........)))..))))))).))))))).))).)))))))..,((.(((((((......})))))).))|{({........,,)))){(((((((.(((((.(((((.,,.((((((.,{,(((({,,,,,(({{{((({({((....,{{{||,,.}}}))))||,...,)},,.(((.(((((((((.((.((..((.(((.......))).))..))..)).))))))))).))),{{||,,|||{|||,|||||,,{(({(..{,,...,.,))})}|,{{||||||},,}}},}..,,}},,,,|},,|||,,|,,,.}}}}||}}}}},.||,{{{{((.(((({{(((({{,...|||}..}},,)},.....((((((({...}))))))),,))))),,,,,}}}}}.))}}},.,,.....,{,.((((((.{.,,{(((.....)))).,,.).))))))..,)})))))).,,))))).))))).)))))))}((((((((.((((..........))))...))))))))......}))))))))))}))}.}}|||,||||}.}}.}))),}},,.}})))},......(((..((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((..((((((((((((((((.(((((.(((.((((((((.......(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((.(((((.(((((((((((((((((((((((((((.((.(((((((.((((((.(((.(((((.((((((((((((..(((((((((.((((((((((((.((,{((((.,.((((((((((..(((((((((((((({...,{,...{{(((.....})))}....}}),(((((((((.(((((((((.................))))),.,))).))))))))),((((.((((..((((...(((((....{({.,.,{{..((((.((......)).))))..})),})))...)))))....))))..)))).))))))))))))))))))},)))))))))).,.))))))).)))))))))))).)))))))))..)))))))))))).))))).))).)))))).))))))).)).))))))))))))))))))))))))))).))))).)))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))|{((((.,{{,{....)),,})|,||.}||},,|,((((((((((((......))))).....((((((......)))))).)))))))....{{{,,...,,..|,.,|{{||,||||{|{|||.,.,,,....{((({.(((........))).}}}}}...({{.{{,,,..}}}.((((((.((((..((((((....))))))..)))).))))))....,,|,,,...,}||{{.|{{||||},|,|}|||,,,..,|}|},,,||,|,.,}},||||.},|||||{||},((((((....})))))....,,{,((({{{{{,...))))))))}.,,{((((((.....))))))))))})}})))}}))},,..,))}}}}}..)))))))).))).))))).))))))))))))))))..))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).))..))),,})})}.},