Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SMARCC1_0030600

Sequence Length

272 nt

GC Content

0.4044

AAGAAUGGUUGAGACCGGUGAUGAGAAAAGAGAAGCAAGUGUUAGUGCAUUGGGGCUUUUACCCAGACAGCUAUGAUACUUGGGUCCAUAGUAAUGAUGUUGAUGCUGAAAUUGAAGAUCCACCAAUUCCAGAAAAACCAUGGAAGGUUCAUGUGAAAUGGAUUUUGGACACUGAUAUUUUCAAUGAAUGGAUGAAUGAGGAGGAUUAUGAGGUGGAUGAAAAUAGGAAGCCUGUGAGUUUUCGUCAGCGGAUUUCAACCAAGAAUGAAGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-70.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -73.49

Frequency: 0.0041

Diversity: 52.53

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.....((((((((((((.(((((((((........(((((((((..((.(((((.......)))))...))..))))))))).((((((....((((((((.((.(....(((((((((.((((((.((((.......((((((...)))))).....))))..))))....))..)))))))))....).)).))).......)))))...))))))....(((((...)))))...))))))))).))).)))))))))...........

Thermodynamic Ensemble Prediction

.....((((((((((((.(((((((((........(((((((((..((.(((((.......)))))...))..))))))))).{(((((.,,,{(,,{{((.((.(....((((((((({(((({,.((((.....,,((({{{..,}}}}}},...,)))),,)))),...|}..}))))))))....).)).))).......)))))...))))))....(((((...)))))...))))))))).))).)))))))))....,......