Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SMARCC1_0038000

Sequence Length

2672 nt

GC Content

0.4427

GAGGAUCACUUGAGCCCAGGAACUCGAGACUAGCCUGGGCAACAAAGUGAGACCCUGUCUCUAAAAAAGAUUGAAAAAUAAAAAAGAGGAAAAGAAAGAUUAUUACUGUUGAAGAAGGAGAUGCAUUGAGGAGAUGGAUACACCUAUUUUAAGGGAACUAUCAUUCAACGUUUUCUCUUUUUUUUUUUUUUGAGAUGGAGUCUCGCUCUGUCGCCCAGGCUAGAGUGUAGUGGCGUGAUCUCGGCUCACUGCAACCUCCGCCUCCUGGGUUCAAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGUGCCUGCCACCACACCUGGCUAAUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCACCGUGUUAGCCAGGAUGGUCUCGAUCUCCUGACCUCGUGAUCUGCCCGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCUACUGCACCCAGCCACACCUGGCUAAUUCUUAUAUUUUUAGUAGCGACAGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGGCUGAUCUCAAACUCCUGACCUCAGGUGAUUCUCCCAUCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGUGUGAGCCACUGUGCCUAGCCUCAUUCAACAUUUUCUAAAUUUAUUUUCAAUUGUUACGUGAUUUGGUGGAACACCUGUAAAUACGUUGAGCAUAAAAUGUUGUCAUAGCCAGUUCUAACAAAUGUGGUGGUGUGAUUGAACUGGAUAAUACUAUUUUGGGAUGUUUUAGAUGAGUCACAGUUCAUAAGCUAUCUCUUUCUGACACCUUUGAAUUUCUUCCCAGUAAGUAUGACUGACCUCAUGGCAGGAAUUCUCACCAACUGGAUCAGUCUGGUGUAAUGGAAAGGGUGGGAGUUGGAGGACUGUCACUUUAACAGUCUGUUUUCAUUUGAUUGAAUAAACCGUUUGGAACGUGAAGUUAAUAAGAAGGGGCUUACAGUUGGAGUUGGACUUGAUCACUGGUUUUAUAAUUAUUUCCUGGGGAGUACCUGUAGCAUCUGAGAAGAGGGAGGGGAGGAGUAAAUGCAGAGGGCUAAGAAGAAUCUGUUGUCUUCAAGUUUCACUUUGAACAAUUUUUCUUAAUAGUCCUCUCUCUGAGUUUCUAAAAAUGUUCUGUGGCAAAGGAAUAGGAGAAAGCAAGCUGGGCAUGGUAGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCUGAGGCGGGCGGAUUACCUGAAAUCAGGAGUUCUGGACCAGGCUGGUCAACCUUGUGAGAUCCUGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAAAAUCCCAGCUAUUCAGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUAGCUUGAACCUGAGAGGCAGAGGUUGCAGUGAGCCAAGAUUGUGCCACUGCACUCCAGCCUGGGCAACAGAGUGAGACUGUGUCUCAAAAAGAAAAAAAUGAAAUAGGAGAAAACUAUUGAAUUUGGCAAAUGUUAUGAUCUCUCUUACUGAACAUUUUAUGAUCCGUAUGUGAGAAUGGUAUUGUUUUGCCAAAAUCAUGCUGAUUCUAGGACUUUGUGGAAUGGAUGAGGGAGAAAACAGAUUAGCAUAUAGGUCUUGGAAGCAAGAAUAAAAGGAUGGACUUACGUGAAAGAAAUCAGCAGUCGUAGUCACUUGAGUUGUCAUCAUCCAUCAGGUCCAAUCUAGCAGGGAGGGAAUAGCUUGAGAGACUUGAGACUGAGGCACAGAUCUCUGUAGAACAUGGGAUUUAUCCUGGCAAAUACAGUGAUCAAAUUUAGGAGAUUGGCUUUGAUAUAAUACCAUUAUUUACCAUAUAAUCUAUCUUCACAUUUCACCAGUUGUCUCAAAAAUGUCCUUUAUAAGAUCCACACCAACACCACAUAUUUUAUUUAGUUAUAUAUUUUUAGUCUUAUUUAAUUUGAGAUAAUUCAGCCUGUCUUUUUUUUUUCUGAGAUACUGCCUUGCUCUGUCACCCAGGCUAAAGUACAGUGGUAUGGUCAUAGCUCACUGCAGCCUUGACCUCCAGGGAUCAACUGAUCCACCUGCCUCAGCCUCCUGAGUGGCUGAGACCACAGACACAUUCCACCACGCCUGGCUUUUCUUUUCUUUUCUUUUUUUUUAGACAGAGUCUUGCUCUGUUACCCAGUCUGGAGUGUGGUAGCGCGAUCUCAGCUCACUGCAGCCUCCCCUUCCCGGGUUCAAGCCAUUCUCCUGUCUUAGCCUCCCAAGUAGCUGGGAUUACAGGUGUGCACCACUACACCCAGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGAUGGGGUUUCACCAUGUUGGCUAGGCUGGUCUCGAACUACUGACCUCAAGUGAUCUGCCUGCCUUGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGUGUGAGCCACAGCACCUGGCCAAAUUUUUUAAUUUUUAAUUUGAUAGAGAUAGGGUCUCACUGUGUUACCCAGGCUGGUUUUGAACUCUUGGACUGAAGAAGUCCUUCUGCCUUGGCCUUCCAAAGUACUGGGAUUGCUGCUUUGAGCUACCACGCACAGCUGAUUGACGUUUGUUUGUUAUGACUUACAUUUUUGUUGUUGUUUUUUGAGACAGAGUCUUGCUCAGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUAGCACAAUCUUGGCUCACUGCAGUCUCCUCCCCUACCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-1086.37 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -1125.69

Frequency: 0.0000

Diversity: 491.47

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((..(((.((.((((((..((((((((((((((((.((((.((((((((((((((((((....((((((((((.(((((((..((....(((.(((..((.((.((((((.(((.(((.((((.....)))).)).).))).)))))).))))..))).)))...((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((.(((((((((.(((((((((((((((((((.((((((((((((((((.(((((.(((((((((((.((((((((((((((((((((.((((((((((((...((((((..........)))))).....(((((((((((((((((((((((((((((((((...(((.(((((..((((((.((.(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((..((((((..((((((((.....((..((....))..))(((((((......)).))))))))))).))..(((...(((((...((((((((...(((((((((((((((.....)).))))))))..(((((.(((.((((((((...((((((.(((..(((.((((((((.....(((((((.((((...(((((..(((((..((((....(((((........)))))....))))...)))))..)))))...)))).((((((.(.(((((..(..(((...)))..)..))))).).))))))((((....))))..((((..((..(((((((((((((((.((((((.......)))).......)).)))))))).(((((((((...)))).))))).......)))))))..))..))))((((((.......))))))...........)))))))......)))))))).)))..........)))))))))))))).)))..))).)))))......((...((....))...))..))))).........))))))))....)))))..)))(((.......(((((((((..(((((...(((((..(((((......))))))))))..)))))..))))))))))))((..(((((.....((((((........))))))..))))).)).))))))..)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))..))..))))))).)).))))))..))))).)))...)))))))))))))))))))))))))))))))))..)))))))))))).)))))))))))))))))))).))))))))))).))))).)))))))))))))))).))))))))))))))))))).))))))))).))))))))))))).))))))))))))))))))).......)))))))))...(((.(((((((((...(((.(((((.(.(((.((.(((...))).)).))).).))).)).)))....))))))))).)))...(((((((((.((((((.(((..((..((((.((....................(((((....)))))...........((((....(((......)))..))))(((((((((((((..((((.......((.((.(((.((((((.((((((((((.(((((((......(((.((((((((..((((.(((((.....(((((....))))).....))))).))))......(((((((.((((.............(((((.......)))))..................((((((((((((..........(((((((.........................................)))))))....)))))))))))).)))).)))))))...........(((((((..((((..(((.....)))...))))..)))))))(((((..(((......)))..))))).....(((((....)))))...)))))))).)))((((((((((((((((.(...(((((((((....(.((((..........................((((((((...))))))))..)))).))))))))))...).).).))))))).)))).)))....(((.....)))))))))).))))...........))))))...((((((((..((..(((....)))..))..))))))))..................((.((((.......)))).)).)))))).))).)).)).....))))))))))))).)))))).))))..))))))))))).)))))))))(((((((........))))))).))...))))))).))))))))))..)))))))))))))))))).)))).))))))))))))))))..)))))).)).)))..))))))(((..((((....)))).(((..((((..(((((..((((((((((.((.(((((((..(((.(((((((.....(((..(((.......))).))).....))))))))))....))))))).....))))).((((....)))).....)))))))..)))))....)))).))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((..(((.((.((((((..((((((((((((((((.((((.((((((((((((((((((....((((((((((.(((((((..((....(((.(((..((.((.((((((.(((.(((.((((.....)))).)).).))).)))))).))))..))).)))...((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((.(((((((((.((((((((((((({(((((.((((((((((((((((.(((((.{((((((((((.((((((((((((((((((((.((((((((((((...((((((..........)))))).....(((((((((((((((((((((((((((((((((.,.(((.(((((..((((((.((.(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((({..((((((..{{(((((({,,...,..,,....,,,.},{{((({(,,....)).))))))))))).}}..{{{..,(((((..{((((((((,,,(((((((((((((((.....)).)))))))|{{(((((((...((((((,{...{||,(({(,.{{((,.{,,,{{{,....,|,,||.|}}},.}}}|,,||}}||.|))))}}}},..,,{{{,,..{{,,|||||.{{{{.||((({{(({{{{...{{{{{,{,(((((((.(.(((((..{,.(({...}}).,)..))))).).))))))).}}))},.,{{,,(((({{((.{(((({{{(({{{{{{.{(({{,.,{,,,.|{{{.{{....)),))|,}},),{{|{{{{{|,.,)))).})))),...}}})))))))}.}||||}||{{{{{{..,,...))|||||.{,{{||.,,||||}}},...{{,||}))}}.}},.,))},...,))),)))))}}},)))))}})))},}}))}}.,,.{|}},||,..,}}...,,.})))))},,,,....}}|||}}}.,,,}))))}.})))}}}....,.(((((((((..(((((...(((((..(((((,...,,))))))))))..)))))..))))))))){{{{..{(((((.....(((({{.......,)))))}}}))),,,}..))))))..}))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))..))..))))))).)).))))))..))))).)))...)))))))))))))))))))))))))))))))))..)))))))))))).)))))))))))))))))))).))))))))))).))))).)))))))))))))))).)))))}))))))))))))).))))))))).))))))))))))).))))))))))))))))))}......,)))))))))...(((.((((((((({,.(((.(((((.(.(((.((.(((...))).)).))).).)))},).))).,},))))))))).)))...(((((((((.((((((.(((..((..((((.((........,...{.......(((((....)))))........,,,((((....(((......)))..))))(((((((((((((..((((.......((.((.(((.((((((.(((((({{{{.(({{(((,,.,,,(((.((((((({..((((.(((((.....(((((....))))).....))))).))))......{((((((.((((.,({.,..,,...{{|||.......,,,,,..................{(((((((((((.......,..(((((((.................,,..,,,..,}.............}}}}})}....)))))))))))}.)))).)))))}}......,,|,,(((((((..((({.,({{...,,)))...))))..))))))}(((((..(((......)))..)))))..,,,(((((....)))))...)))))))).}}}(((((((((((((({(.{...(((((((((....{.{{({.........................,((((((((...))))))))..}})).})))))))))...}.).).))))))).)))).)))...,(({.....))),)))))).})))}},,}},,...))))))...((((((((..{{..(((....)))..)}..)))))))).,,,,,.,,.....,,,,{|,((((.......)))).}}.)))))).))),)).)).....))))))))))))).)))))).))))..))))))))))).)))))))))(((((((........))))))).))...))))))).))))))))))..)))))))))))))))))).)))).))))))))))))))))..)))))).)).)))..))))))(((..((((....)))).|{,.,(({|..((({{..{{|{{{,,,,.{,.(((((((..(((.(((((((...,.(((..(((....}}},)}.))).....))))))))))....))))))),,,,,}}}||,((((,,,,||}|.....)))))}),,)))}},}}}}}},....)))