Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_SPINK5_0000400
Sequence Length
2720 nt
GC Content
0.4338
GAUCCUAAAGGAUGGAAGCUAAAGUGGUGUGGUAUAUAAGUCCCAUGACCUUGAACAACUGGUUUUAUGUGGGUGUCACCAGUGCUUUAUAAAAGUAAACUGCAUCGCCCCGAGUUCAGUCAUACUGCACCAGCUGAGCAAUGCAUGGAGUGGACCUGUAGGCGACUUGCAUCGUCUUCAACAUGAAGAUAGCCACAGUGUCAGUGCUUCUGCCCUUGGCUCUUUGCCUCAUACAAGAUGCUGCCAGUAAGAAUGAAGAUCAGGAAAUGUGCCAUGAAUUUCAGGCAUUUAUGAAAAAUGGAAAACUGUUCUGUCCCCAGGAUAAGAAAUUUUUUCAAAGUCUUGAUGGAAUAAUGUUCAUCAAUAAAUGUGCCACGUGCAAAAUGAUACUGGAAAAAGAAGCAAAAUCACAGAAGAGGGCCAGGCAUUUAGCAAGAGCUCCCAAGGCUACUGCCCCAACAGAGCUGAAUUGUGAUGAUUUUAAAAAAGGAGAAAGAGAUGGGGAUUUUAUCUGUCCUGAUUAUUAUGAAGCUGUUUGUGGCACAGAUGGGAAAACAUAUGACAACAGAUGUGCACUGUGUGCUGAGAAUGCGAAAACCGGGUCCCAAAUUGGUGUAAAAAGUGAAGGGGAAUGUAAGAGCAGUAAUCCAGAGCAGGAUGUAUGCAGUGCUUUUCGGCCCUUUGUUAGAGAUGGAAGACUUGGAUGCACAAGGGAAAAUGAUCCUGUUCUUGGUCCUGAUGGGAAGACGCAUGGCAAUAAGUGUGCAAUGUGUGCUGAGCUGUUUUUAAAAGAAGCUGAAAAUGCCAAGCGAGAGGGUGAAACUAGAAUUCGACGAAAUGCUGAAAAGGAUUUUUGCAAGGAAUAUGAAAAACAAGUGAGAAAUGGAAGGCUUUUUUGUACACGGGAGAGUGAUCCAGUCCGUGGCCCUGACGGCAGGAUGCAUGGCAACAAAUGUGCCCUGUGUGCUGAAAUUUUCAAGCAGCGUUUUUCAGAGGAAAACAGUAAAACAGAUCAAAAUUUGGGAAAAGCUGAAGAAAAAACUAAAGUUAAAAGAGAAAUUGUGAAACUCUGCAGUCAAUAUCAAAAUCAGGCAAAGAAUGGAAUACUUUUCUGUACCAGAGAAAAUGACCCUAUUCGUGGUCCAGAUGGGAAAAUGCAUGGCAACUUGUGUUCCAUGUGUCAAGCCUACUUCCAAGCAGAAAAUGAAGAAAAGAAAAAGGCUGAAGCACGAGCUAGAAACAAAAGAGAAUCUGGAAAAGCAACCUCAUAUGCAGAGCUUUGCAGUGAAUAUCGAAAGCUUGUGAGGAACGGAAAACUUGCUUGCACCAGAGAGAACGAUCCUAUCCAGGGCCCAGAUGGGAAAGUGCAUGGCAACACCUGCUCCAUGUGUGAGGUCUUCUUCCAAGCAGAAGAAGAAGAAAAGAAAAAGAAGGAAGGUAAAUCAAGAAACAAAAGACAAUCUAAGAGUACAGCUUCCUUUGAGGAGUUGUGUAGUGAAUACCGCAAAUCCAGGAAAAACGGACGGCUUUUUUGCACCAGAGAGAAUGACCCCAUCCAGGGCCCAGAUGGAAAAAUGCAUGGCAACACCUGCUCCAUGUGUGAGGCCUUCUUUCAACAAGAAGAAAGAGCAAGAGCAAAGGCUAAAAGAGAAGCUGCAAAGGAAAUCUGCAGUGAAUUUCGGGACCAAGUGAGGAAUGGAACACUUAUAUGCACCAGGGAGCAUAAUCCUGUCCGUGGCCCAGAUGGCAAAAUGCAUGGAAACAAGUGUGCCAUGUGUGCCAGUGUGUUCAAACUUGAAGAAGAAGAGAAGAAAAAUGAUAAAGAAGAAAAAGGGAAAGUCGAGGCUGAAAAAGUUAAGAGAGAAGCAGUUCAGGAGCUGUGCAGUGAAUAUCGUCAUUAUGUGAGGAAUGGACGACUCCCCUGUACCAGAGAGAAUGAUCCUAUUGAGGGUCUAGAUGGGAAAAUCCACGGCAACACCUGCUCCAUGUGUGAAGCCUUCUUCCAGCAAGAAGCAAAAGAAAAAGAAAGAGCUGAACCCAGAGCAAAAGUCAAAAGAGAAGCUGAAAAGGAGACAUGCGAUGAAUUUCGGAGACUUUUGCAAAAUGGAAAACUUUUCUGCACAAGAGAAAAUGAUCCUGUGCGUGGCCCAGAUGGCAAGACCCAUGGCAACAAGUGUGCCAUGUGUAAGGCAGUCUUCCAGAAAGAAAAUGAGGAAAGAAAGAGGAAAGAAGAGGAAGAUCAGAGAAAUGCUGCAGGACAUGGUUCCAGUGGUGGUGGAGGAGGAAACACUCAGGACGAAUGUGCUGAGUAUCGGGAACAAAUGAAAAAUGGAAGACUCAGCUGUACUCGGGAGAGUGAUCCUGUACGUGAUGCUGAUGGCAAAUCGUACAACAAUCAGUGUACCAUGUGUAAAGCAAAAUUGGAAAGAGAAGCAGAGAGAAAAAAUGAGUAUUCUCGCUCCAGAUCAAAUGGGACUGGAUCAGAAUCAGGGAAGGAUACAUGUGAUGAGUUUAGAAGCCAAAUGAAAAAUGGAAAACUCAUCUGCACUCGAGAAAGUGACCCUGUCCGGGGUCCAGAUGGCAAGACACAUGGCAAUAAGUGUACUAUGUGUAAGGAAAAACUGGAAAGGGAAGCAGCUGAAAAAAAAAAGAAAGAGGAUGAAGACAGGAGCAAUACAGGAGAAAGGAGCAAUACAGGAGAAAGGAGCAAUGACAAAGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-709.27 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -763.46
Frequency: 0.0000
Diversity: 589.39
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((....))))....(((....(((((((((((....(((....)))........(((((.(((..(.(((((....(((((((((...)))))..))))...))))))))).))))).)))))))))))....))).(((((...(((.(.((....))).)))))))).(((((((...)))))))..)(....(((((.(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((...........(((((.(((((.......)).))).))))))))))))........((((..((((((((.(((((.((((..((((...))))...))))(((((((......))))))).....((((((((((((.(((((...((((...........................)))).))))).)))..(((((....(((....)))......)))))(..(((((((((((.......((((.(..(((((....)))))...).)))))))))))))))..)....)))))))))..((((...((((.((....)).))))((((...)))).....((.((.....)).))))))...................))))).....))))))))..))))(((((((.(((.(((.((((.......((((((((..(((........)))....))).)))))...((..((((((.((.(((((((((((((..((((((.(((.......))).))))))(((..((.(((((((........)))))))))..))).....((((........((((..(((((..((.....))..)))))....))))........((((((((...((((..(((((((((....)))))))))..)))).(((((...(((.((..(((.(((((.((((.......)))).))))).)))...(((((...((((.(((((((((........................))))))))).))))..))))).....(((((....((...((((((((.((((((((((.............)))...((((((.....((((((.......)))))).....))))))((..(((((((......((((((((.(((....)))))))))))..(((((..(((....((.....)).......)))..)))))..(((....)))..............)))))))...)).........))))))).)))))))).....))...))))))).))).)))))...))))))))))))...........)))))).))))))).))))))))..)))))).)))))))))))))..))))))))))(((((((......))))))).............((((((((.(...((.(((............)))..))....).))))))))..((((((((.(((((.....))).....((((...((((.((((((((((((...))))))).......(((((.........)))))....((((((((((.(((.((.(((((((((...((((((((((........)))))))....(((....)))....((((.((((((.........))))))...))))(((.(((.....(((..(((.......(((((........))))).)))..))).))))))....)))...)))))))))..)).)))))))))))))))).)).))))....))))..........................................((..((((.....))))..)).....((((((....))))))..........((.((((...)))).)).)).))))))))((((((...........((((((....))))))....(((......))).((.....))((((((.(((.(....((((.(((..((.....))...............(((((..(((...(((((((((....((((..(...................)..))))...))))))))).....(((((...)))))(((((.((........)).))))).....((((....(...((.(((((..(((....((((((((((...((.(((((((..................................)))))))........((((...(.(((((((..((.((((.((............((((((.((....)).)))))).(((........))).....(((..((((..(((....)))..))))..)))((((((...((((...))))...)))))))).)))).)).))))))).)..))))....((((..(((((....................)))))..))))............(((((((.....(((((............(((((((((.....(((.........))).)))))))))..((((......)))).))))).....)))))))...))...)))))))))).....))).))))).))...).....))))...)))...)))))...........))).))))....).))))))))).))))))...)))))))....)))).)..))))))).)))))....)
Thermodynamic Ensemble Prediction
({(((....}}}},,,.(((..,,(((((((((((....(((....}}}..,,....{((((.,,,.,{.(((((....(((((((({...}))))..))))...)))))))}).))))).))))))))))).,}.))).(((({..,(((.(.((....))).)))))))).(((((({...}))))))..)(.,..(((((.(((((((.,(((((((((((({(((((((((.({({((...........{{{{{.((({{.....,,||.||}.}}))))))))},........((((..((((((((,(((((.{({{..({{,...})))...}}}|(((((((......))))))),....(((((((((.((,...{{,,.{({,.............,||,|,...,.((({{.,((.,,..}}..,.||||....{((,..,}}}.....,}||||...{((((((((((.......((((.,..,{(((,,..}}})).},}.))))))))))))))),}}))).)))))))))..{{{{,..{(({.({....}}.,))){{{(|,.}}||......{,|{....,||,,}}}},..}}}}}........,...))))).....))))))))..))))(((((((.(((.(((.((((,,,{,..((((((((..{{{........)}}....}}),)))))....,..(((((,{((.(((((((((((((.(((((((((..((((((.(((.((((((..(.((((.{({,....,..)))).)....{((..{(((((((((.{.......,(((..{(((((.((....}).}})))}},...}}}}........,..{,,.,....,....,}||{|||{,..(((((((((((.((((.{(..,.{{({(((...(((.(((((.((({.{....})))).))))).)))...{((((...((((.(((((((((........,.....,.........))))))))}.))))..)))},.,{....}},....,,,..{{{{{,....,,}})}}}.....,,....))))))...)}.)))).)))))))))))..}}}}}},..}.))))).)))))))|((....,)}...)))))).)))))))))...))))))))).(((((..(((....{,.....,}.......)))..)))))..(((....)))...............(((((..((((((((((((,....{((((((.............)))))))))))))..........))))))...)))))........))))))},)))))).)))))))).,},)))).)))))))))))))..)))))))))|(((((((......)))))))}............{(((((((,{...{{.{{{............)))..}}.||||.)))))))}..(((,(((({({,,,..}},|))},.|||.,......|||{{|((((((((,,..,,,,,,,...,.,(((,{{..|||{{{.,,|||....(((((((((,,(((.((.(((((((((...((({((((((........))))))}....(((....)))....((({.((((((.........))))))...))))(((.(((.....({{..(({.......(((((........))))).}}},,))).))))))....)))...)))))))))..)).))))))))))))).}|,.,.|.{((,..{{{,...,...............................,||...,||,.{(((.....)))}..,},,},,||,||}}.},}))))),}..,.....((.((((...}))).)).}}.})))})})((((({...........((((((....})))))..,.||||....,))},{{.....))((((((.(((.(....((((((((((((.....}}................|||{...(({..(((((((((....{,{,..({.....|......,.|,,.,..}})),..)))))))))....}}}....(((((((((((,.,,{{{.(((.((((((((((.,({{,.,,|((...((.((((((,.{....}))))))).)}...)).(((((((..................................)))))))....,..)))).)))))))))..})},..,,}},}}))))))).....((((((.((....)).)))))).||{........,,,....}})}}},.((((((((,(((,,..)))},(((((...(.((((.(((({.{({.,,.(((({.,.....,))))).}}.)})...,|,....,,....,,..{{{.{{(({..........,.)))))}})((((.((......)}))))))))).}))).)..))))).,....(((((((({.....(((.........))).}))))))))..{{{{......}})).((((.(((((..(((.....,{,,,(((({(({......,})}.))})))))..)))....))))).))))..)))))))).............})))....).))))))))).})))))...)))))))....)))).)..))))))).)))))..,.)
Back