Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_STRN3_0001500

Sequence Length

390 nt

GC Content

0.4026

GGGCCAACAGGACAAAACUCUACGACAUGAUAGCUGAUCUGGGAGAUGAUGAGCUGCCCCACAUCCCUUCAGGAAUCAUUAAUCAGUCUAGGUCAGCCUCUACUAGAAUGACUGAUCAUGAAGGUGCAAGAGCAGAGGAAGAGCAUGGAAUACCUACAUCAGUUGACUUUAUAGGCUGUGAUCCAGCUCAUAUGGUAACCUCUUUCAACACUGGUAGUGCAGUAAUUUAUGAUUUAGAAACAUCACAGUCAUUGGUGAUACUUUCAUCACAGGUAGAUUCUGGUUUACAAUCUAAUAAUCAUAUCAACAGAGUAGUAAGUCAUCCCACACUUCCUGUUACAAUAACUGCUCAUGAAGAUAGACACAUCAAAUUUUUUGACAAUAAAACGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-80.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -88.10

Frequency: 0.0000

Diversity: 90.24

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((.....(((......)))..........((((.(((........))).))))))))(.....((((((.((.((((((.(((((..(((....)))..))).)).))).))))).))))))..((.((((((((((((.....(((..((((((.((.(((((((.(((.(((((.....))))).))).))).............((((......))))....(((((((((((...((((.(((((((.(((((......))))).))).)))).))))......))))..))))))).)))).))))))...))..)))....))))))..........)))))).))............(((((...)))))..........)

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((.....{{,......||,.......,..((((.(((........))).))))))))(.,...((((((.(,,((({{,.((({({{(({....,,,..,)),)).))).))))).))))))..((.((((((((((((.,...(((..((((((.((.((((({{.(((.(((((.....))))).})).})}.............((((......))))....{(((((({(((...{{{{.{{{{{{{,(((({....,,))))}.})).))}}.)))}......)))),.,)))))}})))).))))))...))..)))....))))))..........)))))).})..,,........||{{,...}}}}}.........,)