Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_STRN3_0004200

Sequence Length

358 nt

GC Content

0.4274

CUGAACCAAUAACGUUUCCAUCUGGAGGAGGCAAGUCAUUUAUUAUGGGUUCUGAUGAUGUUUUGUUAAGUGUACUGGGCCUUGGAGACCUUGCAGACUUGACGGUAACAAAUGAUGCAGACUAUAGUUAUGAUUUGCCUGCUAAUAAAGAUGCCUUUCGAAAGACAUGGAAUCCCAAGUAUACACUACGUAGCCAUUUUGAUGGAGUACGGGCAUUAGCUUUUCAUCCUGUAGAACCUGUGCUGGUUACUGCUUCUGAGGACCAUACCCUGAAACUUUGGAACCUGCAAAAAACAGUUCCUGCCAAAAAGAGUGCCUCUUUAGAUGUAGAGCCUAUCUACACAUUUAGGGCCCACAU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-89.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -97.26

Frequency: 0.0000

Diversity: 70.29

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..((((.......))))..((.(((((.(((((((((((..(((((((..((((((.((((((((((((((.(.(.(((.((...)).))).).).))))))))).))))..).)).))))))))))).))))))))))).))......((((((.........((.(((....))).))........((((.((((....))))..)))))))))).(.((((((....((((((((......)))).))))...)))))).)...(((((((.....(((((.((.......)))))))......((((((...))))))...((((((.....))))))..))))))).))).))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((({.......{{{{{((((({,,((.(((((((((((..(((((((..((((((.((((((((((((((.(.{.(((.{{...}).))).}.).))))))))).))))..).)).))))))))))).))))))))))).)).....|||||.{,.,,....,{{.(((....))).||........{|{|.||||...}))))},,)))(((({{.,{{{{{,,....((((((((......)))).))))...,||||.......}}|,,......(((({,((.......)))))))......,}}}|))))),,)))))((((.(.((((,..........}}))))).))))