Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_STRN3_0004300

Sequence Length

610 nt

GC Content

0.4443

AUAAAGAUGACCUCUCCCCAACUGCUGAGGUUUGGGAUGUAGACCAGGGACUAAUAAGUAAACUGAAGGAACAGUACAAGAAGGAACGAAAGGGGAAGAAAGGGGUGAAGAGGGCCAACAGGACAAAACUCUACGACAUGAUAGCUGAUCUGGGAGAUGAUGAGCUGCCCCACAUCCCUUCAGGAAUCAUUAAUCAGUCUAGGUCAGCCUCUACUAGAAUGACUGAUCAUGAAGGUGCAAGAGCAGAGGAAGCUGAACCAAUAACGUUUCCAUCUGGAGGAGGCAAGUCAUUUAUUAUGGGUUCUGAUGAUGUUUUGUUAAGUGUACUGGGCCUUGGAGACCUUGCAGACUUGACGGUAACAAAUGAUGCAGACUAUAGUUAUGAUUUGCCUGCUAAUAAAGAUGCCUUUCGAAAGACAUGGAAUCCCAAGUAUACACUACGUAGCCAUUUUGAUGGAGUACGGGCAUUAGCUUUUCAUCCUGUAGAACCUGUGCUGGUUACUGCUUCUGAGGACCAUACCCUGAAACUUUGGAACCUGCAAAAAACAGUUCCUGCCAAAAAGAGUGCCUCUUUAGAUGUAGAGCCUAUCUACACAUUUAGGGCCCACAU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-160.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -171.84

Frequency: 0.0000

Diversity: 143.76

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((((.(..(((((((.((((.....)))).)))........(((..(((....)))...))).((((((.((......(((..(.((((((((.(...(((((..((((..((....))......))))..........((((.(((........))).))))))))).).))))((((((..((((..(((((((....((((......)).))..))))))).)))).(((.(.((((((((((((((............)))))).)))).((.(((((((((((..(((((((..((((((.((((((((((((((.(.(.(((.((...)).))).).).))))))))).))))..).)).))))))))))).))))))))))).))......((((((.........((.(((....))).))........((((.((((....))))..)))))))))).............((((((((......)))).))))))))..).)))....)))))).)))).)..))).......)).)))))).......))))..).)))))).((((.(.((((.............))))).))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

.((((((.(.,(((({((,((((.....)))),)))........((({{(((....}}}..,|||.,,,,,|}||......{((..(.{{((((({.{...((((({.{(((,,({....}}......}))).,........((((.(((........))).))))))))).).))))|((((({.,((,{{((((((,{(({(.....{{{{|,,|,,{||}}}}},}}||{(({{,{{{{{((((((((((............)))))).)))}.((.(((((((((((..(((((((..((((((.((((((((((((((.(.{.(((.{{...}).))).}.).))))))))).))))..).)).))))))))))).))))))))))).))......{(((((,,||....,{{.(((....))).||.....,,.((((.((((....))))..)))))))))).)))}})))}}}}||||||||,,.,,,)))),}))}}}))}}|,......})))}...}}}}||..}}}.......,},)))))}.......}))).,).)))))).((((.(.((((,..........}}))))}.))))