Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_STRN3_0019900
Sequence Length
1100 nt
GC Content
0.3918
UAACAACAAAAAAGACUAUGAAAUGAUGCAAAGCCCAAGUAAUUAUAUUUACUGUGUGACCCUUUAUCGAAAAGGUUUGCCAGCUACUACAUUCCCUUCUACUGGAAAACUACCCAAUUUACCACCAGUGGAAGUUUUAACAUUUGCAGUGCCACUUUGUGCUAGUGGCUCCUUUCUAGUCAUCACCAGUGAUGGGGUUCUCAUUGUCAGCUGGGUGACUAGGUGGUCGGUGACCCAACUCCAGUGCUUUAUUUUAGAGCCUGUUUUCUUACAUUAUUCCUGUCACCAGUGGCUUAAAAUUGAGUUCCCUGGGGGAGCUGAGGCAGCAGUUAGCAUGCGUGAAGUUUGUUAUGGGAGAUAUUUCAGAAUCAGUGUCUGUGAAAGGAAUGGAAAAUAAACUGAGGGAUAAACAGGCUACAACAAAAAGCUCACUUGAACCCAAUGUGGAACUCUGCAGCUGGGAUAGCCCUCAGAAUUGUCCUAAGUUGGGCGUAAGGGCUAGAGGUUUGAUCAGUCAUUGGAUGGAGGCCACUUUGGAGGACAACUGAAUUUAGUGGAGGUAAUUUCUAAAGAGGAUUGACAGCCGAGGGCUGUUUUCCAGCAUUCUCAGCAGCUGGACAAUAAAUCCUUCAUUCCUGAAAGGGGAUAUGGGGCAGCACAUCAGUGUCUGCUACAUGUAGCCUCGUGUGAGUUUUUCUAAUUAAAAUUUACUUUUAUUUUUAAAAAUUGUCAUACUUUUCUUUUUUAAUGAAUUAGUUUUUCUCAUGAGAAAGCUGUAAAAUACAGUAUUCUCAAGUAGUGGUAUGUUUUUACUGAUAAUAAGAUGGGCAACUCUUCCUAAGGUGUUUUGGAAAAACUGAGCUGUUUUGGUUUUAAUUUGUGUAAAUUAUGAGUUAACCAUUUUAGUACUAGAAAUAUCAUCAUAGAGUCCUGAAAUCCUAAUCAGAAGGAUUGAAAUUUAUAGCUAGCAGAUAUUCAAAAGGCAGCUAAUUCAUUCCUCUCAUUUGACAAAUGAGGAAGCUAAGAACAAGAGAGAGGGUUAUGAAGCUAUUAGUGACAAGGAAGGAUUAGAAUGUAAGUCUCUAAACUCCCAGGCUAGU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-298.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -318.77
Frequency: 0.0000
Diversity: 184.12
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
............(((((.....(((((((.........)).))))).....(((.((((.(((((.....))))).)))))))....(((((((.((((((((((...................))))))))))................((((((.......))))))((((((((.(((((((((((((((((((((.(((((((((.((((....)))).))).))))))...)))))).(.(((((.......(((((((((((((.((((((((((.((((.((..(((.....((((((((((..((.(((((.(.(((((.....)).))).)..))))).))..)))))....)))))....)))..)))))).)))))))).........)).)))).))))))))).......))))).).......((((.(((((....)))))..)))).(((((((......(((((......)))))..)))))))............)))))))).))(((((..(((((((((....((...........))....)))))))))(((((((((((((...))))))).((((((..........)))))).....))))))....((((....))))(((((.((((((((....))).))))).))))).)))))..(((((((((.......)))))))))(((((....)))))....(((((.(((((((((((......((((((((.....((((((.((((((...)))))).))))))....((((((((((((((.......((((((((..(((((((((...........))))((((((((....))))))))((((((....)))))).)))))..))))))))....))))))))).)))))......((((........)))).((((.((((.....(((((.((.............))))))).)))).))))(((((((...)))))))))))))))....))))))))))).)))))........))))).))))))))...))))))))))))(((..((...))..))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
,............|{{{......,,.,{{..,{{,..{(({{......))}||(.((((.(((((.....))))).)))))}}....(((((((.((((((((((...................))))))))))................((((((.......))))))((((((((.((((({{((((((((((((((.(((((((((.((((....)))).))).))))))...))))))}{.(((((.......(((((((((((((.((((((((((.((((,((..(((.....{{{{{(((((..((.(((((.{.(((((.....)).))).}..))))).))..))))},.,,})}},....))),.)))))).)))))))).........)).)))).))))))))).......))))).},,.....((((.(((((....)))))..)))).(((((((......(((((......)))))..))))))),,,,,....}}.}))))))).}}(((((,.(((((((({,,.,((,.....,,},,,}},..})))))))}{{{{{{(((((((...))))))).((((((..........)))))).....}}))))},|,{(((....}))}|((((.{(((((((....))).))))}.))))).)))))..(((((((((.......))))))))){((((....))))}....(((((,(((((((((((......((((((((,{{{,((((((.((((((...)))))).)))))}....((((((((((((((..,.,..((((((((..((((({(((.,{.....,,.)))}((((((({....}))))))){(((({....}))))}.)))))..)))))))).,,.))))))))).)))))......((((........)))).((((.((((.,...(((((.((.............))))))),)))).)))){{{{{{,...,,)))))))))))))....))))))))))).)))))........))))).))))))))...))))))}|||,,.....,,...,)}))})}
Back