Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_STRN3_0020600

Sequence Length

2137 nt

GC Content

0.4488

GUGUGAGCCACCGUGCGCAGCCUAAAUAACUGUGUAUGCUCGCUUUUGUGUGUAUACACUCACUGCCCCUCAUAAGACAAUUUAGGUUCACAGCAAAAUUUAGCAGAAAGUACAAGUAGUCUCCUACCCCAAAGUUUUGCCUUUUCCAGAAUACAUUCAUAUACCUUCCCAUGGUAUCCUUGGGGGAAAUUUGUUCCAGGGGUUCUCCUCCAGGAUACAAAAUCCUCAGAUGCUCAAGUCCCUCAAUACAAUGAGUUUGUAACUUAUGCACAUCUUCCUGUAUAUUUUAAAUCUCUAGAUUACUUUUUUUUUUUUUUUGAGACGGAGUCUCGCUGCGUCGCCCAGGGUGGAGUGCAGUGGCGCGAUCUCGGCUCACUGCAAGCUCUGCCUCCUGGGUUCACGCCAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCUAGUAGGUGGGACUACAGGCACCCGCCACCACGCCCGGCUAAUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCUUGUUAGCCAGGAUGGUCUCGAUCUCCUGACCUUGUGAUUUGCCUGCCUUGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACUGCGCCCGGCCUAGAUUACUUAUAUAAUCUAAAUGCUAUGUAAAUAGUUGUUACACUUUUUAAAACUUUUUAUUUGAGACAGGGUCUCAGUCUGUCACCCAGGCUGGAGUGCAGUAAAACAAUCACUGCUCACUGCAGCCUUGAUCUCUGGGUUCAGGUGAUCCUCCCACCUCAGCCUCCUGAGUAGCUAGGACUACAGGCACCCGCCACCACACCUGGCUAAUUUUUGUAUUUUUUCUAGAGACAGAGUUUUGCUAAGUUGCUGAGGCUGGUUUUGAGCUUCUGGGCUCAAGCUAUCUGCCAUCCUUGGCCUCCCAAAGUGCUAGGAUUACAGGUGUCAGCUACUGCACCUGGCUAGUUGCUAUAAUUUUUAAAAAUUAUUUUUUGGCUGGGCGCAGUGGCUCAUGACUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAAGCGGGUGGAUCACAAGGUCAGGAGUUUGAGACCAGCCUGGCCAAUAUGGUGAAACGCCGUUUCUACUAAAAAUAUAAAAGUUAGCCAGGUGUGCUGGCACGUGCCUGUAAUCCCAGCUACUUGGGAAGCUGAGGGCAGGAGAAUCGCUUUAACCCGGGAGGCGGAGGUUGUAGUGAGUCGAGAUCGCGCCACUGCACUCUAGCCUGGGCGACAGAGCGAGACUCUGUCUCAAAAUAUAUAUAUAUAUAUUUUUAUUAUUUUUCUGGAAUAUUUUUGCCUUGCCAUUGUUUGAAUCUGUGAAUGGGGAACCCUUGGAUACAGAGGGUUGCCUUAGUUUGAAUCGUAUAAUAUGUAGCCUUUUCACUUAGUAGCAGUGUAUUUAAGGCUUCUCCUUGUCUUUUCUAUGGGUUGAUUAUUUCUUUUUAGUGCUGAACAAUAUUCCAUUUAUGGAUGUGCUACAGUUUGUUCACCUUUUGGAGGGUAUCUUGGUUACUUUCAAGUUUUGACAAUUAUGAGUAAAGGCUGUAAACAUCCAUGUGCAGGUUUUUGUGUGGACGUAUAAGUUUUCAUGUAAUUUGAGUAAAUACCAGGGAGUGUGAUUGUUGGAUCAUAUGGUAAGAUUAUAUUUAAUUAUGUAAGAAACUGCCACAUGAUCUUCCAAAGUGGCUGUACCAUUUUGCAUUCCCACCAGUAAUGAGUGAGAAUUAUUAUUGCUCCCCUUUCAGCUUUUGGAGUUGUAGUGAUUUGGAUUUUAACCAUUUUGGUAGUUAUGCAGUGGUAUCUCACUGUUUUUAAUUUACAUUCCCCUAAUGAAAAACAGUAUUGAAGCCAGGCAUGGUAGCAUGUGCCUGAAGUCCCAGCUACCUGGUGGAGGAGUGAGAUGGAGGAUUGCUUGAGCCCCAGAGGUUGUGGCUACGGUGAUCCAUGAUCACCCCACUGCACUCCGGCCUGGGUGACAGAGUGAGUCCCUGUCUCACAAGGUUCUGUAGAGGCCUGCUGGGAACAGAACUGAACUUCUAAAAGUAAAUGUCUUGGCAGCUGCUUUCCAAGGCCUGGCUAUAAGUAAGGUCUGCAGAGCCAAAAGGAGCAUACAGCUCUUCUUAAAAUUGAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-957.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -990.88

Frequency: 0.0000

Diversity: 327.34

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((((((.......((((...........((((((((.(((....))).))))))))...))))...((....)).......)))))))).(..(((((.((((((.......((((....)))).......))))))....((((....(((.((((((....((((.((((((..(((((((...((((((((.((((.....)))).))).))))).))))))).(((((((((.......((((.((((((((((.....((((((....(((((((......((((....))))................(((((((((((((((((..((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((...((.((((((((((((((((.((((.(((((.(((((.(((((((((..((((.((((((.(((((((((((.(((((((((((((((((((.((((((((.((((.((((((.(((((((((.((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((......)))))))...(((((....)))))......((((..(((((((((.....((((((...))))))((((((((...((((((.((((((((.........)))))..))).))))))))))(((.(((((.(((((.......))))).)))))...)))((((((((......(((....)))......))))))))...................)))))))))))))..))))......(((.(((((((((((....))))))))..))).)))(((((.(((((.....)).))))))))..((((((.(((...)))))))))((.....)).(((((((....))))))).....))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))).))))))))).)))))).)))).)))))))).)))))))))))))))))))))))))))))).)))))).))))..))))))))).))))).))))).)))).))))).))))))))))).))...)))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))))..)))))))))))))))))((((((((....))))))))............((((((((((((((((..........(.((((((((((.((((((.((((((((((((((((((((.(((............)))...)))))))))..............))))))))))).)))))).......))).))))))).)............)).)).))).)))))))))...((((((((..((((((((.((((....(((..(((...(((((......))))).)))..)))...))))...)))))))).)))))))))))))))....))))))....))))))..))))))))))))))))).)))))))))))))))).)))))))((((.(((((...((((((......)))))).....))))).))))(((((((..(((((((((((((..(((((..(.(((((.((((.((..((((((((((.(((((.............))))).))))))))))........))))))))))).)..)))))))))))....(((((((((.(((...........))).)))))))))........((((((((......))))))))......)))))))....)))))))(((((((((.(((((((((...((((((((((.((((....(((((((...))))))))))).)).))).....)))).)...)))).))))))))))))))..((((((((.((((((((((((((.((..(((...........)))...)))))))))))..)))))...((((((.(((...))).))))))))))))))...((((((.....))))))....)))))...)

Thermodynamic Ensemble Prediction

.((((((((...,,{,({((,..........((((((((.(((....))).))))))))...}}}}...,....,},...,,,,)))))))).(..,{{{,.((((((.......((((....)))).......)))))),,,,{(((,...(((.((((((....((((.((((((..{((((((...((((((((.((((....})})).))).))))).))))))}.(((((((((.......(((,,(((({(((((,{,,.((((((....(((((((,.....{(((....)))}..............,((((((((((((((((((..((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((.,.((.((((((((((((((((.((((.(((((.(((((.(((((((((..((((.((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((.((((.((((((.(((((((((.((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((......)))))))...(((((....)))))..,...{{{{..{{{{{{{.,....,((((((...)))))),,{{({{,.,,((((((.(((({(((,........}}))),,))).)))))).}..{{{.((({{.(((((.......))))},||}}}...)))((((((((......(((....)))......))))))))...,,,{,.,,,.....}}})))))))}}}}|,.}}},.}|,||(({{(((((((((((....)))))))),,},,.))){{{({|((({{.....}).))))))))..((((((.(((...)))))))))((.....)).{((((({....})))))}.....))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))).))))))))).)))))).)))).)))))))).)))))))))))))))))))))))))))))).)))))).))))..))))))))).))))).))))).)))).))))))))))))))))).))...)))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))))..))))))))))))))))))|{(((((....}))))),.............((((((((({(,((((....,,,{,.{,({(({{{{{,.((({((,((((({{{{{{|||||||{|,|.{,...||...,.|||,,..}}||||||}.{|||....,,.,,))}}}}})))),)})}}}........,}.)})))}}.}............)).)).})}.)))))))))...,{((((((..(((((((({{(((...,(((,,(({.,.{{{{{...,,,))))).,,).,)))...}}}}...}})))))).)))))))))))))))....)))))}...,))))))..))))))))))))))))).)))))))))))))))).)))}|||((((.(((((...((((((......)))))).....))))).))))||{{(((..(((((((((((((..(((((..(.(((((.((((.((.,((((((((((.(((((.............))))).))))))))))...,,,,.}}))))))))).)..)))))))))))....(((((((((.{{(...........))).)))))))))...||...((((((((......})))))))...,..))))))),},,))))))}(((((((((.(((((((((..{(((({(((((.((((....(((((((...))))))))))).)).)}).,..,}))),,...)))).))))))))))))))..((((((((,((((((((((((({,((..(((...........)))...)))))))))))..))))}...{(((((.(((...))).))))))))))))))...{(((((.....)))))}....,,,,,...)