Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_TTC3_0004100

Sequence Length

1670 nt

GC Content

0.3814

ACUUGUGCACCAUGGACAAUUUUGCUGAGGGAGAUUUCACUGUGGCGGAUUAUGCCUUGUUAGAAGAUUGCCCUCACGUGGAUGAUUGUGUCUUUGCUGCUGAAUUUAUGAGCAAUGAUUAUGUUCGUGUGACUCAGCUUUACUGUGAUGGGGUGGGUGUGCAAUAUAAAGAUUAUAUCCAAAGUGAGAGGAAUUUGGAAUUUGACAUCUGCAGUAUAUGGUGUAGUAAACCAAUUUCUGUCCUGCAAGAUUAUUGCGAUGCCAUUAAAAUAAACAUCUUCUGGCCACUUCUGUUUCAACAUCAAAACAGUUCCGUAAUAUCACGAUUGCAUCCCUGUGUGGACGCCAACAAUUCACGUGCUUCUGAGAUAAAUUUGAAGAAACUACAACAUCUUGAGUUGAUGGAAGAUAUUGUGGAUUUGGCAAAGAAAGUUGCUAAUGAUUCAUUCCUUAUUGGAGGCUUAUUGAGAAUUGGUUGUAAAAUAGAAAAUAAAAUCUUGGCAAUGGAAGAAGCUCUGAAUUGGAUAAAAUAUGCAGGCGAUGUAACAAUUCUAACUAAAUUAGGAUCAAUUGACAAUUGUUGGCCUAUGUUAAGUAUUUUCUUUACUGAAUACAAGUACCACAUAACUAAAAUUGUAAUGGAAGACUGCAAUUUGCUUGAAGAACUUAAAACUCAAAGUUGUAUGGAUUGUAUAGAGGAAGGAGAACUAAUGAAAAUGAAAGGAAAUGAAGAGUUUUCCAAAGAAAGAUUUGAUAUAGCUAUUAUCUAUUACACCAGAGCCAUUGAAUAUAGACCUGAAAACUACCUUCUUUAUGGUAACCGAGCUCUUUGUUUUCUUCGUACUGGACAGUUUAGAAAUGCACUCGGUGAUGGAAAGAGAGCCACUAUUCUGAAGAACACUUGGCCAAAGGGUCAUUAUCGUUAUUGUGAUGCUCUUUCUAUGCUGGGGGAAUAUGACUGGGCCCUGCAAGCAAACAUAAAAGCUCAAAAACUCUGUAAAAAUGACCCUGAGGGAAUCAAGGAUCUAAUUCAGCAGCAUGUAAAGUUACAAAAACAAAUAGAAGACCUACAAGGUCGAACAGCAAAUAAGGAUCCAAUUAAAGCCUUUUAUGAAAACAGGGCCUACACACCUAGGAGUUUAUCAGCACCUAUAUUUACUACUUCACUUAACUUUGUGGAGAAGGAAAGAGAUUUCAGAAAAAUUAAUCACGAAAUGGCCAACGGUGGUAAUCAGAAUCUAAAGGUGGCGGAUGAGGCGUUGAAGGUAGAUGAUUGUGACUGUCAUCCUGAAUUUUCACCACCAUCAAGUCAGCCUCCAAAACAUAAAGGAAAACAAAAAUCUCGAAACAAUGAAUCAGAAAAGUUCAGUUCUAGUUCACCAUUGACUUUACCAGCAGAUUUGAAGAACAUCUUGGAGAAACAGUUUUCUAAAUCUUCCAGAGCUGCACACCAGGAUUUUGCUAAUAUAAUGAAAAUGCUGAGAAGCUUAAUUCAAGAUGGCUAUAUGGCCUUAUUGGAGCAGCGUUGCCGCAGCGCUGCACAGGCCUUUACAGAGUUGCUGAACGGUUUAGAUCCUCAAAAAAUAAAGCAAUUGAACCUGGCCAUGAUUAACUAUGUUUUGGUCGUCUAUGGACUUGCCAUUUCUCUCCUUGGAAUAGGACAGCCUGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-410.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -440.01

Frequency: 0.0000

Diversity: 494.39

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(..((.(((((((((((...(((.((.((((.......(((((((((.....)))).((((((((((((.(((((((.((((((.....(((((((.(((......((((((((.......))))))))..(((((.(((.........))).)))))..)))...)))))))..))))))..))))).)))))))....)))))))...)))))...((((((((((..(((((...((((.(((((.....)))))..((((.................)))).....((((((........))))))...(((......))).(((((((((((((((........(((((((.(.((((((........((((..(((.((((((.(((((..........))))).)))))).)))..))))..(((((.(((((((........))))))).)))))........((.(((((.....(((........)))..))))).)))))))).)))))))).......)))))))).)))))))..(((((((.....))))))).....))))...))))).(((((((((((.((((((((.((..((((((...(((.((((((.((((((((.........))))))))..((((............)))))))))).))).))))))..))...((((((((.......................)))))))))))))))))))))))))))........))))))))))....((((...((((((.........((((........))))...(((((...(((((.(((.(((..((.(((((......(.(.((((((.((((((((((...(((.((..(((.((.....(((((....))))))).)))..)).)))...))))))))))))))))).)....)))))..)).)))))).)))))....)))))......))))))..)))).)))).)).)))...((((((((((((((((((.(((((((..................(((((...)))))........(((((((..(((..((.((((.(((.((((...(((.........)))..((((((.((((((..........((.((((((........)))))).))((((....))))..........(((((.............)))))...((((((((...((((...((((..(.((.((((((.((((((.......))))))....)))))))))..))))(((((((..(((..........)))....................(((((.((((........)))).)))))...))))))).....((((.((((((((.....((((((((....)))))))).)))).)))).)))).)))).))))))))...............)))))).))))))..))))))).)))).))))))))))))...(((((((((...)))))))))......)))))))..)))))))))....))))))))).......................(((((.(((.......))).)))))))))))))...)))))..)(((((((......))))......)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(..((.(((((((((((...,,,{{((((((.((((((,,...((((.....))))..,...)}))))}.)))))|{||{{{{,,{{{{{{{{,{{{.(((((.,,((((((((.......)))))))).,,.)))))...,,{,{{{{({|{{(((((((,,,,.......,}))))))}.{(,{(,(((({{{(({....{{,((((.{{{,,,...}}|||,|...,}}}}}}}}}.)}))|||{...,,))))}}}|{||......,,,...}}}}})}}},,,..((((((........))))))...{{{......))),||{{{{{{{{{{{{|,,,,....{{|||||,|.((((((........{(((..(({.((((((.(((((..........))))).)))))).})},,||},..,,{{||||{{{((,,..,,,,|||||}},||||}.,,.....((,{{{((,....(({...,,,,,}|||||||||,|,}}}}}|,|||}}}}|,,,....}}}}}}}}.}})))},..{(((({{.....})))}}|{{{{{|.,.,}|}}{((|{((((((((((.((((((((.((..((((((...(((.((((((.((((((((.........))))))))..((((............)))})))))).))).))))))..))...((((((((........,........,,....)))))))))))))))))))))))))))))}.,,}}}},,.,..|||}|}{{{{|..{{{(({.........((((........))))..,((({{.||(((((,(((.(({..({.{{({{......,.{.(({(((,{(((((((((.,,(((,{(,,(((.,{.,,,,(((((,...}||}|||,}}},,,|,}}|,..|||||||}}}}||||||.....,|}}||,,||,||}}}}.}}}||,||,||||}......}}}},,..,,||,{{|,,.})}..,,.,(((((({{{{{{(({{{.((((,,{.|,,..............(((((...))))).....,|.,,,,{||,,||,..,..||||}|||,||,...}|||}}}},....}}),,{{{{{,.|||||{..,...,,..((.((((((........)))))).))||||,,},||}),,,.....,,}},,}....}}||||..,}))}}..}||||||,,...||||||{(((({,(.({(({(({{.(((({{.....,.}))))),,..,)))))),),)),))}||}|}}}}|||,........,))}..........,|,,......{((((.((((........)))).))))}..,})),,,,.....((((.((((((((.....((((((({....}))))))).))))},))).)))).,,}|||}}|||}}...........,,,,)})))).})))}}..|||||,}.||||...,)))),,,))}},(((((((((...)))))))))...||||}}}}}}.,||||||}}}...,||}}}}}})..........}))))))},.,,.||||{.{((.......}}}.)))))))))))))...)))))..)(((((((......))))......)))