Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_TTC3_0012700

Sequence Length

1431 nt

GC Content

0.3899

AAAUGCACUCGGUGAUGGAAAGAGAGCCACUAUUCUGAAGAACACUUGGCCAAAGGGUCAUUAUCGUUAUUGUGAUGCUCUUUCUAUGCUGGGGGAAUAUGACUGGGCCCUGCAAGCAAACAUAAAAGCUCAAAAACUCUGUAAAAAUGACCCUGAGGGAAUCAAGGAUCUAAUUCAGCAGCAUGUAAAGUUACAAAAACAAAUAGAAGACCUACAAGGUCGAACAGCAAAUAAGGAUCCAAUUAAAGCCUUUUAUGAAAACAGGGCCUACACACCUAGGAGUUUAUCAGCACCUAUAUUUACUACUUCACUUAACUUUGUGGAGAAGGAAAGAGAUUUCAGAAAAAUUAAUCACGAAAUGGCCAACGGUGGUAAUCAGAAUCUAAAGGUGGCGGAUGAGGCGUUGAAGGUAGAUGAUUGUGACUGUCAUCCUGAAUUUUCACCACCAUCAAGUCAGCCUCCAAAACAUAAAGGAAAACAAAAAUCUCGAAACAAUGAAUCAGAAAAGUUCAGUUCUAGUUCACCAUUGACUUUACCAGCAGAUUUGAAGAACAUCUUGGAGAAACAGUUUUCUAAAUCUUCCAGAGCUGCACACCAGGAUUUUGCUAAUAUAAUGAAAAUGCUGAGAAGCUUAAUUCAAGAUGGCUAUAUGGCCUUAUUGGAGCAGCGUUGCCGCAGCGCUGCACAGGCCUUUACAGAGUUGCUGAACGGUUUAGAUCCUCAAAAAAUAAAGCAAUUGAACCUGGCCAUGAUUAACUAUGUUUUGGUCGUCUAUGGACUUGCCAUUUCUCUCCUUGGAAUAGGACAGCCUGAGGAAUUAUCUGAAGCCGAAAACCAGUUUAAGAGGAUUAUUGAACACUACCCCAGUGAGGGCCUUGAUUGCUUGGCCUACUGUGGAAUUGGAAAAGUAUAUUUGAAAAAAAACAGAUUUCUAGAAGCUCUCAAUCACUUUGAGAAAGCAAGAACCUUGAUUUAUCGUCUUCCUGGAGUGUUAACUUGGCCCACGAGUAAUGUGAUUAUUGAAGAGUCUCAGCCACAAAAAAUAAAGAUGCUGUUAGAGAAAUUUGUUGAAGAAUGCAAGUUCCCUCCAGUGCCAGAUGCCAUUUGUUGCUAUCAGAAGUGCCAUGGAUAUUCUAAGAUCCAGAUAUACAUAACUGAUCCAGACUUUAAGGGUUUUAUACGCAUCAGCUGUUGCCAGUACUGUAAAAUAGAAUUUCACAUGAAUUGCUGGAAGAAGUUAAAAACUACAACCUUUAAUGAUAAAAUUGACAAGGAUUUUCUACAAGGAAUAUGUCUUACCCCUGACUGUGAAGGUGUCAUUUCUAAGAUUAUCAUCUUCAGCAGUGGUGGUGAAGUUAAAUGUGAAUUUGAACACAAGGUCAUAAAAGAAAAGGUUCCUCCAAGACCUAUUCUGAAACAGAAAUGUUCUAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-342.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -371.17

Frequency: 0.0000

Diversity: 380.05

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((.((.(((.((((.(((...(((((((((((((((((....((((((((((....((.((((...((.(((.(((.((((((((.(((((((((....((..(((((((((........((((((((((.................((((((...)))..))).((((((......((....((((....)))).............(((((...))))).....))......))))))......)).))))))))....)))))))))..))))).........)))))).............((((((........))))))..))))))))))).))).))...)))).))....))))))..))))....))))))).....))))))((((((.(.(((..((........))..)))).)))))).....)))).))).)))).)))))...(((..........)))....................(((((.......)))))((((.(((((((..((((((((((((.((...(((((((..((((((((((...((((((..(..((((((((((((......(((.(((((............))))).)))...))))((((((((((((((....((((...(((((((((((((((...)))))))))...((((.......(((((((......(((.((...)).))).....)))))))......))))((((((((.......))))))))....((((((((.((((.(((((((((...........)))))))..(((((....((((......((((((........)))))).....((((((..(((((..(....)..))))))))).))..))))...)).)))..........(((((((((((...(((((((((.....))))))...((((...))))(((..((((...((..((((....))))))...))))..)))(((....((((......)))).))).............))).....))))))))))))).))))))))))))..))))))))))...)))))))(((...(((((..(((...(((((........)))))......)))..)))))...))).....(((((((((..(((...((((....))))..)))...)))))))))....)))))))))))))))..)..))))))....((((((((......)))))..)))((((((.((((((..((.....))..)))...)))))))))....)))))))))).....)))))))...)).))))))))))))..))))))).))))...(((((......(((....)))......))))).))(((.((((....)))).)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((.,{.,{{.((({.(((...{{({(((((((((((((....((((((((((....((.((((..,((.((,{((,.((((((({.{{(((({{{....((..(((((((((........((((((((((.................,{{(((...)))..}},.((((((......((....((({....)))}.............(((((...))))).....))......))))))......)),})))))))....)))))))))..}}}}}||..,|,..}}))),..........,,.((((((........)))))).,)))))))),}}})),}).,,,)))).))....))))))..))))....))))))).....)))))),(((((,(.({(({{({{.{{{{{|,..,,,,})))))},...,))))}}),})})).,})}.,}}{|{..........}}}.........,,,........(((((.......))))}((((.(((((((..((((((((((((.((...(((((((..((((((((((..,((((((..{..(((((((({(({.,....(((.(((((............))))).))).,.}))},,,{{{{{(({(((,,..{(((,..{{{({{(((((((((...))))))))).,,|||{,{{,,,,,{{(((({..{{{((({(({{{{{{........,}},}}}......||||(,(((,,,....}},.))))))}....(({{{{{{{{{(({{.{{{{.}},,.,))..}},})))))}....))),}}})}},...,{.{{{{((,..,,,,.}}}}}}....,({((((..(((((..(....}..))))))))).))...|||....{{{,{{{{{......,,{{((((({({{{(,{((((({.{{{,||}}||.{{(((,,..,,||.,..,{{{{{,.{{{|{{(,,,..{((((.....))))},}||||,,,..,,,..,,|||||{{.,|..........,..)))}...,}}}|||||||,...,,,,)))))))}.})))))})}}),}})}))})),||}}},||,|,,|||...{|||,.|||||,,)))))|,},}}),,..}))))}|,||}|,...,}||}}|....{{{...|{,|.,}})))),}))},,,,))),}},}}.,,))}}}},))))))))..}..))))))....(((((({{......}}}||.,}}}{{,((({...,)))}..,|||........,,}..}))))))))..)))))))))).....)))))))...)).))))))))))))..))))))).))))...{((((......{{,....})).,....))))).))(((.((((....)))).)))