Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_TTC3_0014700

Sequence Length

2092 nt

GC Content

0.3815

GGUCAUUAUCGUUAUUGUGAUGCUCUUUCUAUGCUGGGGGAAUAUGACUGGGCCCUGCAAGCAAACAUAAAAGCUCAAAAACUCUGUAAAAAUGACCCUGAGGGAAUCAAGGAUCUAAUUCAGCAGCAUGUAAAGUUACAAAAACAAAUAGAAGACCUACAAGGUCGAACAGCAAAUAAGGAUCCAAUUAAAGCCUUUUAUGAAAACAGGGCCUACACACCUAGGAGUUUAUCAGCACCUAUAUUUACUACUUCACUUAACUUUGUGGAGAAGGAAAGAGAUUUCAGAAAAAUUAAUCACGAAAUGGCCAACGGUGGUAAUCAGAAUCUAAAGGUGGCGGAUGAGGCGUUGAAGGUAGAUGAUUGUGACUGUCAUCCUGAAUUUUCACCACCAUCAAGUCAGCCUCCAAAACAUAAAGGAAAACAAAAAUCUCGAAACAAUGAAUCAGAAAAGUUCAGUUCUAGUUCACCAUUGACUUUACCAGCAGAUUUGAAGAACAUCUUGGAGAAACAGUUUUCUAAAUCUUCCAGAGCUGCACACCAGGAUUUUGCUAAUAUAAUGAAAAUGCUGAGAAGCUUAAUUCAAGAUGGCUAUAUGGCCUUAUUGGAGCAGCGUUGCCGCAGCGCUGCACAGGCCUUUACAGAGUUGCUGAACGGUUUAGAUCCUCAAAAAAUAAAGCAAUUGAACCUGGCCAUGAUUAACUAUGUUUUGGUCGUCUAUGGACUUGCCAUUUCUCUCCUUGGAAUAGGACAGCCUGAGGAAUUAUCUGAAGCCGAAAACCAGUUUAAGAGGAUUAUUGAACACUACCCCAGUGAGGGCCUUGAUUGCUUGGCCUACUGUGGAAUUGGAAAAGUAUAUUUGAAAAAAAACAGAUUUCUAGAAGCUCUCAAUCACUUUGAGAAAGCAAGAACCUUGAUUUAUCGUCUUCCUGGAGUGUUAACUUGGCCCACGAGUAAUGUGAUUAUUGAAGAGUCUCAGCCACAAAAAAUAAAGAUGCUGUUAGAGAAAUUUGUUGAAGAAUGCAAGUUCCCUCCAGUGCCAGAUGCCAUUUGUUGCUAUCAGAAGUGCCAUGGAUAUUCUAAGAUCCAGAUAUACAUAACUGAUCCAGACUUUAAGGGUUUUAUACGCAUCAGCUGUUGCCAGUACUGUAAAAUAGAAUUUCACAUGAAUUGCUGGAAGAAGUUAAAAACUACAACCUUUAAUGAUAAAAUUGACAAGGAUUUUCUACAAGGAAUAUGUCUUACCCCUGACUGUGAAGGUGUCAUUUCUAAGAUUAUCAUCUUCAGCAGUGGUGGUGAAGUUAAAUGUGAAUUUGAACACAAGGUCAUAAAAGAAAAGGUUCCUCCAAGACCUAUUCUGAAACAGAAAUGUUCUAGCCUAGAGAAACUAAGACUGAAAGAAGACAAAAAAUUGAAGAGAAAGAUCCAAAAAAAAGAAGCAAAAAAGUUAGCACAAGAAAGAAUGGAGGAGGACUUAAGAGAAAGUAAUCCACCCAAAAAUGAAGAGCAGAAAGAAACUGUAGACAAUGUUCAGCGUUGUCAGUUCCUUGAUGACAGAAUUCUACAGUGUAUAAAGCAGUAUGCUGACAAGAUUAAAUCCGGCAUACAGAAUACAGCCAUGCUUCUCAAAGAAUUGCUUUCUUGGAAAGUUUUGAGCACAGAAGACUAUACAACCUGUUUUUCUAGCAGAAAUUUUCUAAAUGAAGCAGUGGACUAUGUUAUUCGCCACUUGAUUCAAGAAAAUAACAGAGUAAAGACAAGAAUAUUUCUGCAUGUUUUGAGUGAGCUUAAAGAAGUGGAGCCCAAAUUAGCCGCCUGGAUCCAAAAACUUAAUAGCUUUGGCUUAGAUGCCACAGGAACUUUCUUUUCUCGUUAUGGAGCAUCUCUUAAACUGCUUGAUUUUAGUAUCAUGACUUUCCUCUGGAAUGAGAAAUAUGGUCACAAACUAGACUCUAUAGAAGGAAAGCAACUUGAUUAUUUCUCUGAGCCAGCAUCAUUGAAGGAAGCCCGUUGUUUAAUAUGGCUGCUAGAAGAACACAGAGACAAGUUCCCAGCAUUGCAUAGUGCUUUAGAUGAAUUCUUUGAUAUAAUGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-489.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -532.38

Frequency: 0.0000

Diversity: 665.45

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((.((((.(((((.(((.((((((......)))))).))).))(((((((((........((((((((((.................((((((...)))..))).((((((......((....((((....)))).............(((((...))))).....))......))))))......)).))))))))....)))))))))......((((.(((....))).))))......((.((((((........)))))).))((((....)))).........))).)))))))))))..(.((.(((.(((((((((((.((.(((.(((((((.(.(((((((.((((((.......))))))....))))))).).)).)))..)).))).))..........((((........((((.......(((((.......)))))((((.(((((((..((((((((((((.((...(((((((..((((((((((...((((((..(..((((((((((((......(((.(((((............))))).)))...))))((((((((((((((....((((...(((((((((((((((...)))))))))...((((.......(((((((......(((.((...)).))).....)))))))......))))((((((((.......))))))))....((((((((.((((.(((((((((...........)))))))..(((((....((((......((((((........)))))).....((((((..(((((..(....)..))))))))).))..))))...)).)))..........(((((((((((...(((((((((.....))))))...((((...))))(((..((((...((..((((....))))))...))))..)))(((....((((......)))).))).............))).....))))))))))))).))))))))))))..))))))))))...)))))))(((...(((((..(((...(((((........)))))......)))..)))))...))).....(((((((((..(((...((((....))))..)))...)))))))))....)))))))))))))))..)..))))))....((((((((......)))))..)))((((((.((((((..((.....))..)))...)))))))))....)))))))))).....)))))))...)).))))))))))))..))))))).))))...(((((......(((....)))......))))).(((((...))))).(.(((((((.((((((((.....(((((((.(((.((.......((((((((((.(((.......(((((((......................(((.(((..((((......))))..)))..)))..........((........((((((((....((((...((((((((....)))))))).)))))))))))).......)).((((((((.............))))))))............)))))))......((((((((.((((((((((((..((...((((((..........))))))...)).))))))))))))..))))))))..(((.(((((((.....((((...))))..))))))).))).((((((((((...))))...))))))....(((((..(((...((((..(((...........))).))))....)))...)))))((((......))))..))).))))))))))..(((..((((...))))..))))))))..)))))))((((((.((((((((((....(((.....((((.....))))..)))..))).)))))))))...))))..))))))))(((((...........((....))...........)))))))))))).).....))))....)))).((((((....))))))))))))......)))))))).)).)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((((.{,({,,,,,(((.((({(({{,.{((((((({..{,,,..{{{{||||{...,,,..{{{{{{||||,,........,.....,|||||(,..}}}.,|||,((((((.,...,((,..,((((,.,,|,,,.............(((((...))))).....}}......||||||......}||||}}}}}}....})))))}}}..,,,,{(((.(({....})).)))}......((.((((((........)))))).))||}||||{||||..........,},,,}}}}},|||...,||}||,.,,,{,,{{,..,((((((.(((({((.(.(((((((.((((((.......)))))).,..})))))),).}),)),.}}}.})}||{..........|},..........((({{{{(,.((,,{{{{{,..||||,((((.(((((((..((((((((((((.((...(((((((..((((((((((...((((((..{..(((((((({(({,,....(((.(((((............))))).))).,.)))},,,{{{{{(({(((,,,.{(((|..{{{({{(((((((((...))))))))).,,||||,{{{{,,,{{(((({..{{{((({(({{{{{{........,,,,}},......||||(,(((,,,....}},.)))))}}....(({{{{{{{{{(({{.{{{{.}},,.,))..}},})))))}....)))}}}})}},...,{.{({{((,..,,,..}}}}}}....,({((((..(((((..(....}..))))))))).))...|||....{{,,{{{{{......,,{{((((({({{,{{{((((({.,,,,||}}||.{{((({,..,}||.,,,.{{{{{{.{{{|{{{,,,..{((((.....))))},}|||{,,,..,,,..,,|||||{{.,|..........,..)))}...,}|}|||||||,...,,,,)))))))}.})))))})}}),}})}))})),||}}},||,|,,|||...{|||,.|||||,,)))))|,},},),,..})))),|,||}|,...,}|||||....{{{...|{||.,}})))),}))},,,}))),}},}}.,,})}}}},))))))))..}..})))))...,(((((({{......}}}||.,}}}{{,((({...,)))}..,|||........,,}..})))))))}..)))))))))).....)))))))...)).))))))))))))..))))))}.))))...{{{{{.....,(({.,,,||}......))))).|||||...{{||{,{|{(((.{,,((({{{{{{...,.{{......,,.,......,,|..{{{{,,,.|||.......,,,{((,.....,|,.,|.,..,...,..{((.(((..((((......))))..))).})},....,{,.,{(({.......((((((((....((((...((((((({....}))))))).)))))))))))),,.....,}.((((((((.............))))))))............)))))})},....,,{{||||}|||{{{((((((..{{..,{|||||,.........)))))))),)).))}|||||||,,.,|||}||||{{,{,.,,,,|||.,}}}}|||.}})}}),,})},,},.}|}.......|}}}},})))))},)))))))}),({(((,.,,,...{{{{,,{{{.....,,,,,,))),)))}....}}}...})))}{(((......)))}..|||{||||||||||,.,|,,|,((({{.,,,......}}}}},}}...,|,|{{{{(.((((((((((....(((.....((((.....))))..)))..))),}))))))}}.,.}}},...{((((({(({{(((...((((((.((......)).)))))).,.)))))))),,}},..,})))).))))))).|||{||,,,,,}))))}}}))}....}})))))),,..}})