Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_TTC3_0016500

Sequence Length

784 nt

GC Content

0.4005

GGCCUACACACCUAGGAGUUUAUCAGCACCUAUAUUUACUACUUCACUUAACUUUGUGGAGAAGGAAAGAGAUUUCAGAAAAAUUAAUCACGAAAUGGCCAACGGUGGUAAUCAGAAUCUAAAGGUGGCGGAUGAGGCGUUGAAGGUAGAUGAUUGUGACUGUCAUCCUGAAUUUUCACCACCAUCAAGUCAGCCUCCAAAACAUAAAGGAAAACAAAAAUCUCGAAACAAUGAAUCAGAAAAGUUCAGUUCUAGUUCACCAUUGACUUUACCAGCAGAUUUGAAGAACAUCUUGGAGAAACAGUUUUCUAAAUCUUCCAGAGCUGCACACCAGGAUUUUGCUAAUAUAAUGAAAAUGCUGAGAAGCUUAAUUCAAGAUGGCUAUAUGGCCUUAUUGGAGCAGCGUUGCCGCAGCGCUGCACAGGCCUUUACAGAGUUGCUGAACGGUUUAGAUCCUCAAAAAAUAAAGCAAUUGAACCUGGCCAUGAUUAACUAUGUUUUGGUCGUCUAUGGACUUGCCAUUUCUCUCCUUGGAAUAGGACAGCCUGAGGAAUUAUCUGAAGCCGAAAACCAGUUUAAGAGGAUUAUUGAACACUACCCCAGUGAGGGCCUUGAUUGCUUGGCCUACUGUGGAAUUGGAAAAGUAUAUUUGAAAAAAAACAGAUUUCUAGAAGCUCUCAAUCACUUUGAGAAAGCAAGAACCUUGAUUUAUCGUCUUCCUGGAGUGUUAACUUGGCCCACGAGUAAUGUGAUUAUUGAAGAGUCUCAGCCACAAAAAAUAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-182.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -198.75

Frequency: 0.0000

Diversity: 202.97

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((...(((((((((((....((((((.((.......((.((((((........)))))).))((((....))))..................(((((((.((((((((((.(((((.....((.(((.(((((((.(.(((((((.((((((.......))))))....))))))).).)).)))..)).))).)).................................(((((.......)))))))))).))).))))))).........((((.((((((((.....((((((((....)))))))).)))).)))).))))....(((.(((((............))))).))).(((......)))....)))))))..(((((....(..(((((((((...))))))))).)))))).......)).)))))).(((((((((((((((....................((((((.(((.......))).)))))).....((.((..(((((((.......))))).))..))))))))))....)))).))))).......((((((........)))))).....((((((..(((((..(....)..))))))))).))...(((((......(((((........)))))))))).....((((((.....))))))...((((...))))..........))))))).))))......))))(........((((....((((......)))).)))).........)

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((...(((((((((((....{(((({.{{....,..((.((((((........)))))).)),,||..,,||||.,,........||..,,,{{((((,.,(((((({{{.{(({,.....(({(((.(((({{(.(,(((((((.((((((.......)))))),}..}))))))}).)),)),.|}),})},||..........||,...........,........(((((.{{{{..,,,,,,)))).)))}),,}))).........((((.((((((((.....((((((({....}))))))).))))},))).))))....(((.(((((............))))).))).,.|......||{{{...((({....|)))...}}}},(((((((((...))))))))).,})))).......|},}})))}.(((((((((((((({.........,,,,,,.....,(((((.{((.......))).)))))},,...{|,||,|||||||{..,{{,.}}},,,)),.}},}))))))....)))))))))).......((((((........)))))).....({((((..(((((..(....)..))))))))).))..,((((({.....,((({.....,..}}}})))))),..{{((((((.....)))))).,}|,{{...,}}|,,.....,,,})))))).))))......))))(........((((....{{((......)))).)))).........)