Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_TTC3_0016600

Sequence Length

1631 nt

GC Content

0.3807

GGCCUACACACCUAGGAGUUUAUCAGCACCUAUAUUUACUACUUCACUUAACUUUGUGGAGAAGGAAAGAGAUUUCAGAAAAAUUAAUCACGAAAUGGCCAACGGUGGUAAUCAGAAUCUAAAGGUGGCGGAUGAGGCGUUGAAGGUAGAUGAUUGUGACUGUCAUCCUGAAUUUUCACCACCAUCAAGUCAGCCUCCAAAACAUAAAGGAAAACAAAAAUCUCGAAACAAUGAAUCAGAAAAGUUCAGUUCUAGUUCACCAUUGACUUUACCAGCAGAUUUGAAGAACAUCUUGGAGAAACAGUUUUCUAAAUCUUCCAGAGCUGCACACCAGGAUUUUGCUAAUAUAAUGAAAAUGCUGAGAAGCUUAAUUCAAGAUGGCUAUAUGGCCUUAUUGGAGCAGCGUUGCCGCAGCGCUGCACAGGCCUUUACAGAGUUGCUGAACGGUUUAGAUCCUCAAAAAAUAAAGCAAUUGAACCUGGCCAUGAUUAACUAUGUUUUGGUCGUCUAUGGACUUGCCAUUUCUCUCCUUGGAAUAGGACAGCCUGAGGAAUUAUCUGAAGCCGAAAACCAGUUUAAGAGGAUUAUUGAACACUACCCCAGUGAGGGCCUUGAUUGCUUGGCCUACUGUGGAAUUGGAAAAGUAUAUUUGAAAAAAAACAGAUUUCUAGAAGCUCUCAAUCACUUUGAGAAAGCAAGAACCUUGAUUUAUCGUCUUCCUGGAGUGUUAACUUGGCCCACGAGUAAUGUGAUUAUUGAAGAGUCUCAGCCACAAAAAAUAAAGAUGCUGUUAGAGAAAUUUGUUGAAGAAUGCAAGUUCCCUCCAGUGCCAGAUGCCAUUUGUUGCUAUCAGAAGUGCCAUGGAUAUUCUAAGAUCCAGAUAUACAUAACUGAUCCAGACUUUAAGGGUUUUAUACGCAUCAGCUGUUGCCAGUACUGUAAAAUAGAAUUUCACAUGAAUUGCUGGAAGAAGUUAAAAACUACAACCUUUAAUGAUAAAAUUGACAAGGAUUUUCUACAAGGAAUAUGUCUUACCCCUGACUGUGAAGGUGUCAUUUCUAAGAUUAUCAUCUUCAGCAGUGGUGGUGAAGUUAAAUGUGAAUUUGAACACAAGGUCAUAAAAGAAAAGGUUCCUCCAAGACCUAUUCUGAAACAGAAAUGUUCUAGCCUAGAGAAACUAAGACUGAAAGAAGACAAAAAAUUGAAGAGAAAGAUCCAAAAAAAAGAAGCAAAAAAGUUAGCACAAGAAAGAAUGGAGGAGGACUUAAGAGAAAGUAAUCCACCCAAAAAUGAAGAGCAGAAAGAAACUGUAGACAAUGUUCAGCGUUGUCAGUUCCUUGAUGACAGAAUUCUACAGUGUAUAAAGCAGUAUGCUGACAAGAUUAAAUCCGGCAUACAGAAUACAGCCAUGCUUCUCAAAGAAUUGCUUUCUUGGAAAGUUUUGAGCACAGAAGACUAUACAACCUGUUUUUCUAGCAGAAAUUUUCUAAAUGAAGCAGUGGACUAUGUUAUUCGCCACUUGAUUCAAGAAAAUAACAGAGUAAAGACAAGAAUAUUUCUGCAUGUUUUGAGUGAGCUUAAAGAAGUGGAGCCCAAAUUAGCCGCCUGGAUCCAAAAACUUAAUAGCUUUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-377.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -412.05

Frequency: 0.0000

Diversity: 488.62

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((.....((((.(((....))).))))......((.((((((........)))))).))((((....))))..........(((((.............))))).....(((((...(((((((((((((((.(.(((((((.((((((.......))))))....))))))).).))...(((((..((((((.....................((((....((((............(((((((.(((((.....((((((((((((.((...(((((((..((((((((((...((((((..(..((((((((((((......(((.(((((............))))).)))...))))((((((((((((((....((((...(((((((((((((((...)))))))))...((((.......(((((((......(((.((...)).))).....)))))))......))))((((((((.......))))))))....((((((((.((((.(((((((((...........)))))))..(((((....((((......((((((........)))))).....((((((..(((((..(....)..))))))))).))..))))...)).)))..........(((((((((((...(((((((((.....))))))...((((...))))(((..((((...((..((((....))))))...))))..)))(((....((((......)))).))).............))).....))))))))))))).))))))))))))..))))))))))...)))))))(((...(((((..(((...(((((........)))))......)))..)))))...))).....(((((((((..(((...((((....))))..)))...)))))))))....)))))))))))))))..)..))))))....((((((((......)))))..)))((((((.((((((..((.....))..)))...)))))))))....)))))))))).....)))))))...)).)))))))))))).(((((.((((....)))).)))))..((((.(((((.......))))).))))...(((....)))((((...))))..))))).)))))))............))))..))))..................((..........))...........))))))..)))))........(((.(((((.......(((.(((((.......((((((((....((((...((((((((....)))))))).))))))))))))..........((((((((.............))))))))............))))).)))......((((((.((((((((((((..((...((((((..........))))))...)).))))))))))))..))))))))))).))).))))))))))))))))))..........(((((...............)))))....(((((((....)))))))..)))).)))(((...(((.....((.........)).....))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((({{(.,,,,((((.(((....})).))))...,..((.((((((........)))))).)),,||...{||||.,,........||..,,,,,.,{,...,})))),....,,,,,...(((((((.(((({((,(.((({(((.((((((.......)))))).,,.,}}}))),}.}).))|,,|}.}}|||{..........|,...........(((((((({,((..{{{{{{..||||.((((.(((((((..((((((((((((.((...(((((((..((((((((((..,((((((..{..(((((((({(({.,....(((.(((((............))))).))).,.}))},,,{{{{{(({(((,,..{(((,..{{{({{(((((((((...))))))))).,,|||{,{{,,,,,{{(((({..{{{((({(({{{{{{........,}},}}}......||||(,(((,,,....}},.))))))}....(({{{{{{{{{(({{.{{{{.}},,.,))..}},})))))}....))),}}})}},...,{.{{{{((,..,,,,.}}}}}}....,({((((..(((((..(....}..))))))))).))...|||....{{{,{{{{{......,,{{((((({({{{(,{((((({.{{{,||}}||.{{(((,,..,,||.,..,{{{{{,.{{{|{{(,,,..{((((.....))))},}||||,,,..,,,..,,|||||{{.,|..........,..)))}...,}}}|||||||,...,,,,)))))))}.})))))})}}),}})}))})),||}}},||,|,,|||...{|||,.|||||,,)))))|,},}}),,..}))))}|,||}|,...,}||}}|....{{{...|{,|.,}})))),}))},,,,))),}},}}.,,))}}}},))))))))..}..))))))....(((((({{......}}}||.,}}}{{,((({...,)))}..,|||........,,}..}))))))))..)))))))))).....)))))))...)).))))))))))))..))))))}.))))...{((((......(({..,,||}......))))).}}}}|,..(({{{{{{((((.{,,((({{{{{{...,.{{......,,.,......,|}..{{,,....},.........,,{((,.....,,,.,|.,,,,,,,,..{((.(((..((((......))))..))).}),,....{{{.{{(({.......((((((((....((((...((((((({....}))))))).)))))))))))),{.....,}.((((((((.............))))))))............))))),)},....,,|,||||}|||{,,((((((..,,...,|||||}.........))))))))})).}}}|||||||,,.{|||,||||{{,{..,.,,,||.}))))}}}.})))})}}))}..},.,||.......}))))}))))))}}))))))))),|.||||......})}),))}||,,,.,||}}}}}|}.}}{{,,..||....,),))))