Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_TTC3_0022100

Sequence Length

2770 nt

GC Content

0.4094

GAGAUACUCAGGACUGGAGAAAUAGGUUUGCCUGGGUUAUGCUACACGGUCAAGACUGCCAGCCACUGUUCAUUCAGGUAAAUGCAGCACUUGAGCCCUCCAGCUCAACUGGCAGGAAAGGGUGAACAUGUCUUUUGAUAUAAACCAUGUGUUUUUUUUGUUUGUUUGUUUGUUUUUUUGAGACAGAGUGUCGCUCUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGCGGCGCGAUCUCGGCUCACUGCAAGCUCCGCCUCCCGGGUUCACGCCAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGCAGCUGGUACUACAGGUGCCUGCCACCACGCCUGGCUAAUGUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCGUGUUAGCCAGGAUGGUCUUGAUCUCCUGACCUCGUGAUCUGCCCACCUCGGCCUCCUAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUCAGCCACCGCGCCCGGUCGAUAUAAUCCAUGUUUAUUCUGUAGAUUAAAGGUAUCAUUUUAAUAAGGAUAUAUGUAUACUAUUUAAAGUAGCAAUUUUUAUUUAAAGUUGUGAAAUGAGUUCAAGCAUGUUAAUUAGUAAGGCUGUUACUACAGUCCUGAAGUAAAAUGCACACUUACUUAAAUAGUAAGUAAAGCAGUUUUCAUUUCCUGGAAUUUUCUUCAAUAAAACGACUAUUGGGUGGACUUACAUCAUGCACAUAUUUACCAUAAGAGAGGUCCAGUUUUUAUGUUCAGCAAAAGAUGAAGGGAGGAAAGGAGGAAAGGAGGGAGGGAGAGAGAGAAAUAAUAGAGCACUAGUGAGAUAAAUUUAACAUCCCAAUAGUGAACACUGCCUGCCUGCAUUCCCCUCACUGACCACAAGCUCUGACGUGGAUAGGGAACGGGAAUGUGCUAUUUUUUCAUUCGGCUCUCAUAAAUCUUUUAUUGUGUGAGUAUUCUACAUGGUCCCUUAUUCUGGUGUUUAAAGAUCCUAAUUUUCCUGCAACAUGAUCUCUGCAAGCUAACUCUUUAAUCCAGAAGCAAGCAGUCUAGGAUAAUUUUGACUCUGAGCAAUCUCUGCUUCAUUUGUUGACUUCAUUUGUUGACUAAGGCCCUCGGAAGAAGUGACCGUUUUAUAUUAGAGGCAUGAUGGAGAAACUGGACAGAGCUCCUUUUUGCUGGCUGUUCAUCAGGAGUGGGGCUUCACCGUCAUUUCAGUAGGAGUCUGUAUGAGAUUGUAGUCACCUGUUUUCUAAUUUGGAGAGUGGAGAAUAAAAGUAGGCAUACUGACCACCUUGAUUUUUGUAGAGAGGGGUGAGGACCCACAUUUUGGGGAAUAAGGAAUGUUAUUUUAGGUGUUGGGGAAUGGGUUUACCCAUUUCCUCUUUUAGACACAUUUGGGAAGAUUCUGCAUAUUGUUGAUGUUUUAUUACUAUGGAAUCCAUAUAAAGAAUCAUAAAAUCUUGCUAGUUUAUACUAAUUGGAAUGAAAGUCUUUAUGAAUUAGUGAAAACAUUGUUUGGGUUUGUUUUUUUUUUUAGAGAUAGGGUCUUGCCCCAUCACCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGCCGUCAUAGCUCACUGUAGCUUUGAAGUCCUGGGCUCAAGCAGUACCCCCACCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGACUACAGGCAUUUACCACCAUGCCUGGCUAACUCUUUUUUUUUUUGUAAAGAUAGGGGUCUUGCUAUGUUGCCAGGGCUGGUAUUGAACUCCUGGCUCAAGUGAUCUUCCAGCCUUGUCCUCCCAAAGUGCUGGGGUUACGGGCCUAAGCCACCAUACCUGGCCUCAUUGUUAUAUUUUUAAAGGAAUUUAAUGCUAUACUUUCAUCUCCUAGGUCUAAUAAAGGUAACUAUGAUAGUAGAAGGCUUUGGCCCACAUUAUUCAAAUCUAAUAGACAAGAAUUAUUAUAAUUAGCCUAACAAUGUUAAAUGGUGUUUCUAAAAUGCCCAAUAGCUUGAACGAAUCUGUUCUCAACUAUUUAAAUGUUUUUGCUGAGAAUAUAAGCAAACUAUAAUCAGCUGGCUUUCAGAGAUGUGAAACUAAAUGUGAUUUUACAGUAAAUAAUUUCCCUCCUCUUCUGAUUUGGGUUUUGUUUUUAUUACAGGCUUAGAUGCCACAGGAACUUUCUUUUCUCGUUAUGGAGCAUCUCUUAAACUGCUUGAUUUUAGUAUCAUGACUUUCCUCUGGAAUGAGAAAUAUGGUCACAAACUAGACUCUAUAGAAGGAAAGCAACUUGAUUAUUUCUCUGAGCCAGCAUCAUUGAAGGAAGCCCGUUGUUUAAUAUGGCUGCUAGAAGAACACAGAGACAAGUUCCCAGCAUUGCAUAGUGCUUUAGAUGAAUUCUUUGAUAUAAUGGAUAUUUUCACAGCAUCAUGGGAAAGAUUGCAUGUUACACUGACAGAAUCUAUUAACAGCCGCUGUACUGUGUUAAGGAAACAAGAUAGUGGUGAAGCACCGUUUAGUUCAACCAAGGUGAAAAACAAAAGCAAGAAAAAGAAGCCAAAGGAUUCAAAGCCUAUGUUAGUUGGGUCUGGAACAACUUCAGUAACUUCAAAUAAUGAGAUCAUCACUUCAAGUGAAGACCAUAGCAAUCGAAAUUCAGAUUCUGCAGGCCCAUUUGCAGUGCCUGACCAUCUUCGGCAAGAUGUAGAAGAAUUCGAAGCUCUCUAUGACCAACACAGUAACGAAUAUGUUGUCCGCAAUAAGAAGCUAUGGGACAUGAACCCAAAACAAAAAUGUUCAACUCUAUAUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-756.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -811.40

Frequency: 0.0000

Diversity: 662.73

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(.....)(((....(((((.((((..((((..(((((((((......(.(((((.((((......(((......)))......))))..))))).)(((((((.....)))).)))....(((....(((((....)))))..))).(((((((((((.((...((((((((((..(((((((((((((...))))))))((((((((((((((((((.((.((.....(((((((((((..(((((((((...((((.....((.(((((((.((((..((((((..(((.(((......))).))).....((((..((((((((((...((.((((...)))).))((((.......)))))))))))))).))))............((((..((((((((....((((((((.....)).))))))......(((....)))((((....)))).(((((.....)))))......)))))))).)))).(((((((.....(((((((....((((......))))((((((((.....))))))))((((((((..(..((((.(((.((((...((((((....))))))))))..))).))))..(((((((.....)))))))......)..))))))))(((((.((((((((((((.......)))))((((......)))).................))))))).)))))....))))))).....))))))).))))))....))))..))))))).)).((((((((((((((..(((((.(((((((((..........((((((..(((((((((((((((.(..(((((((((.((((((((..........)))).(((((((((((..((.(((((..((((((.(((((((........(((((((((((...((......((((((.(((.((((((.((((..(((((..((((.(((((...........((((..(((...(((.......))))))..))))..))))).))))..)).)))(((((.....))))).....((((((.......))))))..)))).).))))).))).)))))).......))...)))))))))))....((((((((((........)))..)))))))...(((((((((.....)).)))))))....)))).))).))))))..))))))))))))))))))..)))).))).)).))))..).))))))...((.(((.((((..(......)..))))))).))..((((.....))))((((((......))))))..))))))((((((((((....))))))))))........)))..)))))).((((((..((((.(.....(((((((....)))))))).))))..)))))).....)))))))))((((.((((((((...(((((....))))).)))))))).))))..)))))....))))))))))))))...(((.((((...)))).))))))))))).)))))))))))).)))).....)))).))))).))))..)).)))))))...(((((.(((((...((((((..(....)..))))))....(((((((........)))))))......(((((..........)))))..))))).)))))((((.((((((((((((((((((.(((((((((..((((((..((((((((.........))).))))))))))))))))...((((.......))))...................)))).))))))))).((((.((((..(((...........))).....)))).))))...)))))))))..))))...)))))...)))))))))).............((((.....(((((((((((.((((((..((((...(((((...(((((....)))))....)))))........((((((.........)))))).........((((((..(((((((.((((.((((((((((((...((((..........(((...((....))...)))..))))....))))))(((......)))(((((((......))))).)).((.(((((..........))))).)))))))).))))..((((((((((....(((.....((((.....))))..)))..))).))))))).............)))))))))))))..))))...))))))))...))))))))))))))).)))))))))))..........((((((...((((((.((((....(((((((((((...((((((((.((.(((......((((.((....)).))))......))).)).))))))))...((((((((.((.((((.....))))))))))))))....((((...............))))..........((...........)))))))))))))))))))))))..)))))).(((((.....)))))....((((.....)))).((.(((((...))))).))(((((((.........((((...((((((......))))))...))))...(((((.(((...))).)))))(((((..(((...............)))..))))).(((((....)))))....)))))))..)))).)))))...))))..))))...)))))..)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(,,...}((({{{{((,((,{{(,{{(((({{(((((({((({{...((((,,,.((((,,,...(((......)))......)))),,|||||{||,{{{,{|||||||))||)|...,{|,{(((.((((((..,..........(((((((((((.({.,.((((((((((..(((((((((((((...))))))))((((((((({((((((((.((.((.,,..(((((((((((..{((((((((...((((.....((.(((((((.((((..((((((,.(((,({(,,,,,.}}),)))}.}}.((({..((((((((((,,,((.(({,...}}}},)}{(((,......)))))))))))))).)))}{,,({.{{{.,{{{{{.{(({{{{{{,,,,{{{(({{{.....,}.))))))}.,,,.(((||..}}}{,,|}},,,))),|{{{{,,,,{,{{{{,{,,,.}},}||||,||}},,,,||||||},,|}}|}}}}|,.((((......))))((((((((.....)))))))){{,,,|||.,},,|{{{.,,..,,,...{((((((....)))),)))|{{{|||,||||..(((((((.....)))))))...}}},,})),)))))(((((.{((((({{{{((.......)}}))((((,.....}}}}.........,,,,....})))))).)))))..,,{,|.{{{,....,,.,)))}))))))....))))..))))))).)),((((((((((((((..((((({(((((((((..........((((((..(((((((((((((((.{.,(((((((((.(({,((((..........)))).(((((((((((..{(.(((((..((((((.(((((((.,,...{{{{{{(((((((..,{{,...,.((((((.(({.((((((,((({..(({((..((((.(((((......,,...((((..(((...(((.......))))))..)))),,))))).))))..)),)}){((({.....}))}}.....((((((.......))))))..)))).,,))))).})).)))))).....,,},...)))))))))))}...((((({((((,,,,,,,,|}|,.}}}}))).,,||||{||||,,,..}),))))})).}}.)))),)}).))))))..))))))))))))))))))..}})).))).)).))))....)))))),..((.(((.((((..(......)..))))))).))..((((.....))))((((((......))))))..})))))((((((((((....)))))))))),.......)))..)))))).((((((..(({{.{.,,{,{{{{{{{....|||}}},)}))))..)))))).....)))))))))||((.((((((((.,.{{((,....}))}).)))))))).)}},..}))))....))))))))))))))...(((.((((...)))).))))))))))).)))))))))))).))))..,..)))).))))).)))}..)).)))))))...(((((.(((((...((((((..(....)..))))))....(((((((........)))))))......{((((.,........)))))..))))).))))).{{..(((((((.,,,,.....},))))))).,..((((((..((((((((.........))).)))))))))))(((((.{((((.,,.,,,,|||{{{..,.{{{{.,,,,,,,.{{{{.,,,||.,...,,,..,.,..,}}}}))},,..,,.)))},.{{||,,.,)))}..))))).))))).......)))))...)))))))))},,,.........|((((.....(((((((((((.((((((..((((...(((((.,.(((({....}))))..,.))))).....,,.{(((((.........)))))).........((((((,.{((((((,((((,({,,..,{{|.|,,}))|{,((({({...(((...((....))...)))..})))}}.,}},,|,(((......))).(((({,{,,,,,|||||.||,,{|(((||.,,.......}}}}},},,,||||,|||{(.(((({((({{....|||.....{(({,....}))),,))),.)))}})))))),..,,}).,,,,.)))))))))))))..))))...)))))))))},.,})))))))))))}.})))))))))))))))).)))|(((((.,.((((((.((((....(((((((((((...((((((((.{(.(((..{...((((.((....)).))))......))).)).))))))))...((((((((.{(,({{{.....}))),}))))))))....((((,,,........,...))))..........{{...........},))))))))))))))))))))).,)))))).{{{{{.....}))})....{{{{.....}))}.,,.{((({...))))).))||,||||,.,,..},}||||...{,||||}}}..})),)))}.}))))...(((((.(({...})).))))).,|||.,{{(,{,{,{{,.,{(({.|,,......}.)))))},..,,,,,,},.))),}|||.}}},,,))))...|},,..))))...)))},..}))