Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ZBTB44_0000700

Sequence Length

881 nt

GC Content

0.4120

GCUCAGUAGAUGAAGGCGUUUCUGAGGGCUUGCCUACACUUCAAAGCACGUCUAGCACUAAUGCUCCUCCGGAUGAUGAUGAUCGAUUGGAAAAUGUUCAGUAUCCCUACCAACUCUACAUUGCUCCUUCCACCAGCAGUACAGAGCGACCAAGUCCAAAUGGUCCCGACAGACCUUUUCAGUGUCCAACCUGCGGGGUGCGAUUCACCCGUAUUCAGAACCUAAAGCAGCACAUGCUCAUCCACUCAGGAAUUAAACCAUUUCAGUGUGACCGCUGUGGGAAAAAGUUCACCAGGGCUUACUCGCUAAAGAUGCAUCGCCUAAAGCAUGAAGGGCAUCCCAGGAAAUCAGCUUCUAGAUCUAGCUCUGCCACUAACUGCUGUUGAUUAAACCUGUCACUUUACACAUGAAAAAGCUUGAAACUUAGAGAAAGAUAAAAUUGAUUUCCUAGUACCGGACUACUUAAACCAGGAACAAGAAGAGACCCUUGUUCAAUAUGAUCUUGGAGAACACGGUUUUGAAAGCAACUCCUCUGUUCAAAUGCCUGUCAUUUCACAGUACCACUCCAAAGGCAAGGAACCAUGAUUGACAACAGUCAAGCUGUGGAUGAAAUGACCAGGAACGGAGAAUGAAUUCCAAGAGGUGGUUUUUGAAAGAGCAAGAGGAAAGAAAAAAGAAAAGAAGGAAAGAAGAAUAAAGAAGAGAAACGUUCAUCUGCAAAGUAUGAAGCUGUAAUUCUGAAAUACACAUCCAAGUGAAUGAGAAUUAAAAAUUUUCUAAAUAUUAAUACUAACUGGGAAAAAAAAACUAGUGUGAAGUUUACAGUUAGAAGAAACAGACCCAAAGUUGCCAGAAGGUAAUAAAUAAAUGUAGUUUUCACU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-197.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -215.89

Frequency: 0.0000

Diversity: 195.25

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((..((((((((..((((((((((.(((((............)))).).)).((((....))))..(((((.((((....)))).))))).(((((..(((..........)))..)))))..((((((.....((((........(((((........)))))..((((...........))))....)))).(((((.....)))))((.(((((((((...((((.....))))..(((.....)))......(((...(((((....))))))))......((((.(((((((......)).....((((..........))))...(((...)))((((((((((.......((((..(((((.........(((..((((.......))))...............)))........)))))..))))....))))))))))((((......))))........(((((((........)))))))........))))).))))..))))))))).))...((((((((((.....((((((((((((.........(((........))).(((((.(((((....)))))..))))).)))))))).))))..........(((..(((.....)))..)))....)))).))))))..............))))))................))))))))))))))))..)))((((((((((((((((.(....(((......)))..).)))))))....((((((((.....(((.(..(((((..........)))))..)..))).....))))))))............((((((....)))))).........))).))))).)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((..((((((((..(((((((({{,((({(,,..........}})).,,)),((({....})))..(((((.((((....)))).)))))..,{(({,,{{...,......,||{{,,||{{((,,,,,....}|||}}..}}}}.(((((........)))))..{,{,{,,{,..,,,,,}}}....,||||(((((.....)))))||.(((((((((...((((.....))))..(((,....|||,.....,,||}}|{{{(.,..,|||,{{|{{,...,|||.}}},))).....}}||...{{{{(.,.,{,....}},,...|||}.,},,((((((((((.,,....((((..(((((.........(((,,{{{{.......}}},....,..........)))........)))))..))))..,.)))))))))){{{,......}}}}....,,..(((((((........))))))).....,.}}}))).}},,..))))))))).}}...{(((((((((.....((((((((((((...,.....(((........))).{{,({,((({{....))))}.,,)))).))))))))},)))...||||......,}}|{{|||,,,}}})))}...))))},)))))..............},})),.....,,.,.......))))))))))))))))..)))(((((((({(((((((.,..,.(((......)))..}.)))))))....((((((((.....{{,.{..(((((..........)))))..}..,}}.....))))))))..,,........((((((....)))))).......,,))))))))).)