Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ZBTB44_0001400

Sequence Length

1930 nt

GC Content

0.4259

GACAUUUCUGAUUUAUUUGCAUCCUUGAAGAGCAUCUGUAGAAGAGGAAGUAAAAGAUGGGUGUGAAAACAUUUACUCAUAGCUCCUCUUCCCACAGCCAGGAAAUGCUUGGAAAGCUAAAUAUGCUGCGAAAUGAUGGACAUUUUUGUGAUAUCACUAUUCGUGUCCAGGACAAAAUCUUCCGGGCACAUAAGGUGGUACUAGCAGCUUGCAGUGAUUUCUUUCGCACCAAACUUGUAGGCCAAGCCGAGGAUGAGAACAAGAAUGUGUUGGAUCUGCAUCAUGUUACAGUGACUGGCUUUAUACCUCUUUUAGAAUAUGCUUACACAGCCACUCUAUCAAUUAACACAGAAAAUAUUAUUGAUGUUCUAGCAGCAGCCAGCUAUAUGCAAAUGUUCAGUGUUGCCAGCACCUGCUCAGAGUUCAUGAAAUCAAGCAUUUUAUGGAAUACACCCAACAGCCAACCUGAAAAGGGUCUAGAUGCUGGACAAGAAAAUAAUUCUAACUGCAAUUUUACUUCUCGAGAUGGGAGCAUUUCUCCCGUGUCCUCAGAGUGCAGUGUGGUAGAAAGAACCAUUCCUGUCUGCCGAGAAUCCCGGAGAAAGCGCAAAAGCUACAUUGUUAUGUCUCCUGAAAGUCCUGUAAAGUGUGGCACACAAACAAGCUCACCCCAGGUAUUGAAUUCUUCAGCUUCCUACUCAGAAAAUAGAAACCAACCAGUUGACUCUUCCUUAGCUUUUCCUUGGACUUUUCCUUUUGGAAUUGAUCGAAGGAUUCAGCCUGAGAAAGUUAAGCAAGCAGAAAAUACCCGGACUUUAGAAUUACCUGGCCCAUCUGAGACCGGUAGAAGAAUGGCUGAUUAUGUGACUUGUGAGAGCACAAAAACUACCUUGCCUUUAGGUACCGAAGAAGAUGUCCGGGUCAAAGUAGAAAGAUUAAGUGAUGAGGAGGUCCAUGAGGAAGUGUCCCAGCCUGUCAGUGCAUCUCAGAGUUCGCUGAGUGAUCAGCAGACAGUUCCAGGAAGUGAACAAGUCCAAGAGGACCUUCUGAUUAGUCCACAGUCUUCCUCUAUAGGCUCAGUAGAUGAAGGCGUUUCUGAGGGCUUGCCUACACUUCAAAGCACGUCUAGCACUAAUGCUCCUCCGGAUGAUGAUGAUCGAUUGGAAAAUGUUCAGUAUCCCUACCAACUCUACAUUGCUCCUUCCACCAGCAGUACAGAGCGACCAAGUCCAAAUGGUCCCGACAGACCUUUUCAGUGUCCAACCUGCGGGGUGCGAUUCACCCGUAUUCAGAACCUAAAGCAGCACAUGCUCAUCCACUCAGGAAUUAAACCAUUUCAGUGUGACCGCUGUGGGAAAAAGUUCACCAGGGCUUACUCGCUAAAGAUGCAUCGCCUAAAGCAUGAAGGGCAUCCCAGGAAAUCAGCUUCUAGAUCUAGCUCUGCCACUAACUGCUGUUGAUUAAACCUGUCACUUUACACAUGAAAAAGCUUGAAACUUAGAGAAAGAUAAAAUUGAUUUCCUAGUACCGGACUACUUAAACCAGGAACAAGAAGAGACCCUUGUUCAAUAUGAUCUUGGAGAACACGGUUUUGAAAGCAACUCCUCUGUUCAAAUGCCUGUCAUUUCACAGUACCACUCCAAAGGCAAGGAACCAUGAUUGACAACAGUCAAGCUGUGGAUGAAAUGACCAGGAACGGAGAAUGAAUUCCAAGAGGUGGUUUUUGAAAGAGCAAGAGGAAAGAAAAAAGAAAAGAAGGAAAGAAGAAUAAAGAAGAGAAACGUUCAUCUGCAAAGUAUGAAGCUGUAAUUCUGAAAUACACAUCCAAGUGAAUGAGAAUUAAAAAUUUUCUAAAUAUUAAUACUAACUGGGAAAAAAAAACUAGUGUGAAGUUUACAGUUAGAAGAAACAGACCCAAAGUUGCCAGAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-498.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -535.05

Frequency: 0.0000

Diversity: 390.42

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((.(((((..(((((((...(((((.........((((.((((((((..((..((.(((((((....)))))))))..))..))))))))..))))(((((.....)))))(((((((((((((.((((.......(.((((((((((..((((.((....((((((.(((........)))))))))....((((((.(((..((.(((..((((......))))..))).))..))))))..))).))))))...)))))))))).)......)))).))))))........)))))))...(((((.........(((((.((.(((((((.(((((((................)))))))(((((((((..((..((.((((...........)))).))..))..))))).))))..((((((((.....))))))))((((.(((((..(((...(((((((((((.(((.(((((((((((((((.....)))).((((((.......((((.((.(((((((.....))))))).))...)))))))))).(((((((.((........)).)))))))........(((((....((((........))))....))))).((..((.((...((((((((((........(((((...((.((((((...((((...((((.((.(((((........(((......)))............(((..(((((.(((..((((....))))..).)).)))))...))))))))..))..))))....)))))))))).))...((((((...(((.......(((((.((.(((((.(((.(((((....((((.(((....)))))))....((((.((((((...((((.(......).)).))))).))).))))........(.((((.(((((((((....((((.((((...((..((((......(((((......)))))))))..)).)))).)))).(((..........)))....))))))))).)))).)...)))))))).))))).))))))).......)))...))))))))))))))).))))))...)).)).)).((((....))))..(((((.((((....)))).)))))...)))))))))))........((((..((((((.........))))))..)))).(((((........))))).....)))))))))))).)).....)))..)))))..))))....((.(((((((((...((((.....))))..(((.....)))......(((...(((((....))))))))......((((.(((((((......)).....((((..........))))...(((...)))((((((((((.......((((..(((((.........(((..((((.......))))...............)))........)))))..))))....))))))))))((((......))))........(((((((........)))))))........))))).))))..))))))))).)).....(((((((......((((((((((((.........(((........))).(((((.(((((....)))))..))))).)))))))).)))))))))))..............)))))))..))...))))))))))................))))).....)))))))..)))))...)))(.(((((((....((...((((..((((......(((......)))...(((((((...)))))))............(((((((..((......((....))....))..))))))).))))))))...))...))).)))).)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((.(((((..(((((((...(((((.........((((.((((((((.,({..((.(((((((....)))))))))..)},,))))))))..))))(((((.....)))))(((((((,,,,(({((,(,.{((({(.((((((((((..(((({((....((((((.(((........)))))))))....||||||,{{,,{((.(((,.((((......))))..}}}.}},,)))})}..))),}),,}}...)))))))))).,....,.},))}))),)).}}}}...)))))))...(((((,........(((((.{{.(((((((((((((((................)))))),{((((((((..((..((.(((({,....,,...)))).))..))..))))).)))},,((((((((.....))))))))|{{{.(((((..(((...(((((((((((((((.(((((((((((((((.....)))).((((((.......{{((.((.(((((((.....))))))).))...)))))))))).{((((((.((........)).))))))}......,.(((((.,,,{{{{..,,....}}}}..,.))))).|,..((.((...((((((((({.......,((({{...((.((((((...{{((,,.((((.{{.,{{,,......|..........|||{{{{.{{.{((((((..(((((.(((..((((....))))..).)).)))))...))}})))),}))}})))}})),}))})))))).)).,,((((((...(((.,..,,,(((((.((.(((((.(((.(((((....{(((.((({,{.,},))))....{(((.({{{|{...|{}|||,.....}.}},))))),})}.})}}...,,,..,.((((.(((((((((.{..(((,.((((,..{{((({{,,,,...(({{{.....,))))},,,}}})).)))).}}}).||,...,.,}}..)))..,.))))))))).)))),),..)))))))).))))}.))))))).,,,.,.))),,.))))))))))))))).))))))...)).)).,,.((({....))))..(((((.((((....)))).)))))...)))))))))))........((((..((((((.........))))))..)))).(((((........))))).....)))))))))))).)).....)))..)))))..}}}}....((.(((((((((...((((.....))))..(((,....|||,.....,,|||||{{{(.,..,|||,{{|{{,...,|||.|||,|}}.....,|||...{{{{(.,.,{,....}},,...|||}.,),,((((((((((.,,....((((..(((((.........(((,,{{{{.......}}},....,..........)))........)))))..))))..,.)))))))))){{{,......}}},....,,.,(((((((........))))))).....,.}})))).}},,..))))))))).)).....(((((((,.....{(((((((((((..,,.....(((........))).,{,({,((({{..,,))))}.,,)))).))))))))},))))))))))..,,,.,,...}))))))))}..))...))))))))))................))))).....)))))))..}}))),,.)))(.(((((((....((...(((({{((((.,..,.(((......)))..,,|||||}....,|||||{{{.....,,,.(,,(((((..........})))},,,..,}),.,,,)))))))).))))...))...))),}))).)