Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ZFR_0003600

Sequence Length

1795 nt

GC Content

0.4334

CAGCAGCAGCAACAGAAGCAGGCAGCAGCAGCAGCUGCUGCUGCUGCUGCAACAGCUGCCUGGACAGGGACCACCUUUACUAAAAAAGCACCAUUCCAAAAUAAACAACUGAAACCAAAACAGCCUCCCAAACCACCACAGAUUCACUAUUGUGAUGUUUGUAAGAUCAGCUGUGCUGGACCACAGACUUAUAAAGAACAUUUAGAAGGACAGAAACAUAAAAAAAAAGAAGCUGCAUUGAAAGCCUCACAAAAUACCAGCAGCAGCAACAGUUCUACUCGUGGGACUCAAAAUCAGCUACGUUGUGAGCUCUGCGAUGUGUCUUGUACAGGAGCAGAUGCGUAUGCUGCCCACAUUCGUGGUGCUAAGCAUCAGAAAGUGGUUAAGUUACACACAAAACUUGGUAAACCCAUUCCAUCAACAGAACCAAAUGUUGUUAGCCAAGCUACUUCUUCAACAGCUGUAUCUGCUUCAAAGCCGACUGCCUCUCCUUCAAGCAUUGCAGCAAACAAUUGUACUGUGAAUACGUCAUCAGUUGCAACGUCUUCAAUGAAGGGUCUUACGACUACAGGAAACUCGUCUCUUAAUAGCACAUCUAACACUAAAGUAUCAGCAGUGCCUACAAAUAUGGCUGCCAAGAAAACAUCUACCCCCAAAAUAAAUUUUGUUGGUGGUAAUAAGCUGCAGUCAACAGGAAAUAAAGCAGAAGACAUAAAAGGAACCGAAUGUGUUAAAAGUACUCCUGUCACUUCUGCUGUGCAGAUUCCUGAAGUAAAGCAAGACACAGUGUCAGAACCAGUCACACCUGCAUCUCUUGCUGCUUUACAGAGUGAUGUGCAGCCAGUGGGCCAUGAUUAUGUGGAAGAGGUACGAAAUGAUGAAGGAAAAGUAAUUCGGUUCCAUUGUAAAUUAUGCGAGUGCAGCUUUAAUGAUCCCAAUGCUAAGGAGAUGCACUUAAAAGGGCGAAGACACAGACUUCAAUAUAAAAAAAAAGUAAAUCCAGAUUUGCAAGUAGAAGUAAAGCCUAGUAUUCGAGCAAGAAAGAUUCAAGAAGAGAAAAUGAGGAAGCAAAUGCAGAAGGAGGAGUACUGGCGAAGACGAGAAGAAGAGGAGCGUUGGAGAAUGGAAAUGAGACGUUAUGAAGAGGACAUGUACUGGAGGAGAAUGGAGGAAGAACAACAUCAUUGGGAUGAUCGCCGCCGAAUGCCAGAUGGAGGUUAUCCUCAUGGUCCUCCAGGCCCAUUAGGCCUUCUGGGAGUCCGACCAGGCAUGCCUCCUCAGCCUCAGGGGCCUGCACCCUUACGUCGUCCUGACUCAUCUGAUGACCGUUAUGUAAUGACAAAACAUGCCACCAUUUAUCCAACUGAAGAGGAGUUACAGGCAGUUCAGAAAAUUGUUUCUAUUACUGAACGUGCUUUAAAACUCGUUUCAGACAGUUUGUCUGAACAUGAGAAGAACAAGAACAAAGAGGGAGAUGAUAAGAAAGAGGGAGGUAAAGACAGAGCUUUGAAAGGAGUUUUGCGAGUGGGAGUAUUGGCAAAAGGAUUACUUCUCCGAGGAGAUAGAAAUGUCAACCUUGUUUUGCUGUGCUCAGAGAAACCUUCAAAGACAUUAUUAAGCCGUAUUGCAGAAAACCUACCCAAACAGCUUGCUGUUAUAAGCCCUGAGAAGUAUGACAUAAAAUGUGCUGUAUCUGAAGCGGCAAUAAUUUUGAAUUCAUGUGUGGAACCCAAAAUGCAAGUCACUAUCACACUGACAUCUCCAAUUAUUCGAGAAGAGAACAUGAGGGAAGGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-473.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -509.97

Frequency: 0.0000

Diversity: 370.92

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((.((((((.(((((.(((..(((((((((((((...)))))))))))))....))).((((((.(((.....(((((.((((.....(.((((((..........................(((((((........((((((((((....)))).)))))).......((((((((((........(((.((((.....)))).)))....................((.(((........))).))........)))))).))))....(((((.((((((...((((....((((...))))))))((((......((((((.....((((((((((((...((((.((((.(((.((((((...))))))))).))))(((((((........)))))))..............(((((........))))).((((...)))).........))))))))))))))))...((((..(((.((((((((..(((((((.........(((((((((((.....))).))).)))))..(((((..((((((((.((((..((((((....)).(((((((..(((((.......((.((((((((((...((((((.......(((((((..((.......(((((..(((((....)))))..))))).......)))))))))((((((..........((.((((............)))).))........))))))((((...((((((((.((((.((((((..(((((((..(((.((..((.....))..)))))....)))))))))))))..))))..)))))))).))))..((((......))))...))))))....))))...((((..(.....)..))))...........(((....))))))))).)).......))))))))))))((.(((...)))))((((.......))))..............((((((....))))))..))))..)))).))))....(((......)))...)))).)))))............)).))))).)))))))).))).)))).))))))......))))....((((((((((((...((((..((..(((.((((.(((((...((((((..(((.((((..(((..((((..(((.((..(((....))))).)))))))...))).)))))))..))))))(((((.....))))).((((........))))))))))))).)))))))))((((......))))...((((((..((....)).)))))).(((.(((....))).)))......)))))).))))))....((.(((((..(((((((((((................)))))).)))))...))))).))(((((((...))))))).)))))).))))).............................))))))).....(((((((((....))))))))).)))))))....))))..)))))....))).))).))).((((....))))....)))))))))))))(((.......((((((....((..((((.(((((....((((.....(((....(((..(((.(((((((....((....))))))))))))..)))...)))))))..)))))..))))..))...(((.(((((.......................))))))))..((((.........))))........))))))...)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((,((((((.{{({{..,(((((((((((((((({..,,))))))))))}....}})}}}}|{{.(((,....|||{{.{{,,....,{.((((((.............,,...........(((((((........((((((((((....)))).)))))).......((((((((((........(({.((((.....)))).}))....................((.(((........))).))........)))))},))))....(((((.((((((...,{{,....((((...}}}}}}}(((((.{....,,(((({{...((((((((((((.,.((((.((((.(((.((((((...))))))))).)))).,,{(((........}}}||((,.............(((((........))))),|{||..,)}}},,,,,....}}}}})))))))))))...((((..(((.((((((((..(((((((..,......{((((((((((.....))).)))},)))}..(((((..{{{,((((.((((..((((,{....,},(((((((..(((((.......,......},....((({,{{{.........})))))...,,......,((((.{((({{.....,))},})).)))}..((((((((.((.............(((..,...({,{..((((((((((...,,....,{{{({((.{((((...((((((((.((((.((((((..(((((((..((((((..{,.....},}})}}))....)))))))))))))..))))..)))))))).))))}.|(((.{{{.{|||,....,,)))}.}}).))}.}}},...,,,)))))))))).})))...,..))))).))))))))....,.......))))))))))))|{.((....})}))((((.......))))..............((((((....))))))..))))..)))).))))....{((......))}...}}},.}}}}}.....,,,,}..))}})))).)))))))).))).))))..,})))})}.,.,},)))))((((((((((((...,(((..{{..(((.((((.(((((.,{((((((..{{,(((((..({(..((((..(((.((..(((....))))).)))))))..,))).)))))))..))))))|((((.....)))),.((((........))))))))))))).))))})))|((({......))))...((((((..({....}).)))))).({(,(((....}},.,}),,....)))))).))))))....{(.(((((..(((((((((((..,,........,}}.)))))).)))))...))))).)|(((((({...})))))),)))))).))))).............................)))))))...,.(((((((((....))))))))),)))))),.|}.||||,,,}}|}....|||{||,,|||,||{{....))))..}})))))))))))))(((.......{{((((,,...{{{(((..(((((..,.((((.....,,,....((({,{((.(((((((....,,....,})))))))}}}..})}}}})),))))..)))))}}))))}})},..(((.((((({..............,,.....,)))))))),.((((......,,,}},,.},},...))))))...)))