Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ZFR_0007100

Sequence Length

655 nt

GC Content

0.3374

GUGGUAAUAAGCUGCAGUCAACAGGAAAUAAAGCAGAAGACAUAAAAGGAACCGAAUGUGUUAAAAGUACUCCUGUCACUUCUGCUGUGCAGAUUCCUGAAGUAAAGCAAGACACAGUGUCAGAACCAGUCACACCUGCAUCUCUUGCUGCUUUACAGAGUGAUGUGCAGCCAGUGGGCCAUGAUUAUGUGGAAGAGGUAAUUGAUUUGAGAAUACCAUUGCUGUGAAAUUGGAUAAAGGGAAGAAGUGCAUUACGAGCAUAUGUUACGUGUAAAAUUAAAUAUACUUAAUUGUAUUUUAGAUUUAGCUUACUUAAAGAAUAUUAAAGGAAUCUUUGUUAUAAGAAAGCAUGUCCUUUAAGCCUGCCUAAGUGACAUCAUAAUGAUUUUUUUUUUGCUAACUUUUAUAUUAUUUUCCCUGUGUAUUGCCACUGUGGUGUGCAAAGUAACUUUCUAUUUACUAGCAAGCAUUCUUGUAAUACAUCCUUCAACUAUCAUAAAACUUUAAAAGUUCUGAGCAGCAAAAAUGUUGAUAAAGAGAACCAAUAUAUUUAUUUUUGAAUAGUCAGUUUUGUGAUAAAAUUAAGUUUGCUGAUUUAACAGAAUAUAUUCAUUUGGUUUCUCAAGUGGAGUAGAAGACUGUUGCUGUUUUACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-142.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -154.31

Frequency: 0.0000

Diversity: 138.68

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...((((..(((.((((((.((((((..........((.((((............)))).))........))))))((((...((((((((.((((.((((((..(((((((..(((.((..((.....))..)))))....)))))))))))))..))))..)))))))).))))..((((......)))).........((.(((((((((.((((...((((.(((((((..((((((((((.((((.......))))..((((.((.((((((..(((.......)))..)))))).)).))))(((((((.......((((((((..((((........))))....)))))))).......))))))).((((...)))).........................))))))))(((((((((....(((.(.(((..(((((........))))).)))).)))....)))))))))........((((((((((((......(((((...(((((....)))))......))))).....((((((....))))))...))))))))))))........))..))))))).))))............))))))))))))).))......)))))).)))...))))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

...((((..(((.((((((.{(((((......,,..{{{((((,...{....,..,))),)).....,..)))))){{((.,,((((((((.((((.((((((..{((((((..((((((.,{,.....},}}),}))..,.))))))))))))}..))))..)))))))).)))),.((((......)))).....,|,.((.(((((((((.((((.,.((((.{((((((..{,(((((((({((((...,,,{||,,..|||,,|||({(((({.((,{{{{....,,}}))}))}}})})||}(((((((.......((((((((,,((((........)))).},.)))))))).......))))))).{((,...}))}........,)),.,.,,........})))))))(((((((((....(((.(.(((..(((((........))))).)))}.)))....)))))))))........((((((((((((......(((((...(((((....)))))......))))).....((((((....))))))...)))))))))))).......,,},.))))))}.))))........,,..))))))))))))).)).,....)))))).)))...))))..