Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ZNF609_0001900

Sequence Length

767 nt

GC Content

0.5372

CAAUGAUGUUGUCCACUGGGCAUGUACUGACCAAUGUGGCAGGUCUGAGAACAUAGCUGAAGCUGAAAAUAGGAAAGCUGGGGGCAAGGAAGAGCCUUGAAUCUUGAGGUGGGACGUUGACUCUAAGAUGUCCUUGAGCAGUGGAGCCUCCGGAGGGAAAGGAGUGGAUGCAAACCCGGUUGAGACAUACGACAGUGGGGAUGAAUGGGACAUUGGAGUAGGGAAUCUCAUCAUUGACCUGGACGCCGAUCUGGAAAAGGACCAGCAGAAACUGGAAAUGUCAGGCUCAAAGGAGGUGGGGAUACCGGCUCCCAAUGCUGUGGCCACACUACCAGACAACAUCAAGUUUGUGACCCCAGUGCCAGGUCCUCAAGGGAAGGAAGGCAAAUCAAAAUCCAAAAGGAGUAAGAGUGGCAAAGACACUAGCAAACCCACUCCAGGGACUUCCCUGUUCACUCCAAGUGAGGGGGCAGCUAGCAAGAAAGAGGUGCAGGGGCGCUCAGGAGAUGGUGCCAAUGCUGGAGGCCUGGUUGCUGCUAUUGCUCCCAAGGGCUCAGAGAAGGCGGCUAAGGCAUCCCGCAGUGUAGCCGGUUCCAAAAAGGAGAAGGAGAACAGCUCAUCUAAGAGCAAGAAGGAGAGAAGCGAAGGAGUGGGGACUUGUUCAGAAAAGGAUCCUGGGGUCCUCCAGCCAGUUCCCUUGGGAGGACGGGGUGGUCAGUAUGAUGGAAGUGCAGGGGUGGAUACAGGAGCUGUGGAGCCACUUGGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-253.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -267.52

Frequency: 0.0000

Diversity: 157.22

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((...))))((((((...(((((((((((((.(.((.(((.(.((....)).).)))..((((.....((((...((.(((((((.(....(((((((...)))))))....).))).)))).))...))))....))))....(((((.(((((((..(..((((.......((.(((.(..(.(((....))).)..).))).)).(((((((((.((...(((((((.(((((((((...(((.((((............))))...))).....))))).))))....)))))))...)).))).))))))..(((....)))...(((((........))))).((((((((((((...(((((....).)))).))))........(((....))).....((((.......))))(((((.((((((((((((....)))).(((.((((......((((((((.(((((..((..(((((((..(((((.((.....)))))))..))).....))))..))..)))))))))))))..(..(((........((((((..((.....))....)))))).((((.....))))...)))..).((((......)))).....)))).))).....))))))))...)))))............)))))))).))))..)..))))))).))))).)).).)))))))))).)))..))).(((((((...(((((...)))))..))).)))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((...))))((((((...(((((((((((((.{.((,({{.(,({....|},|,||}..{(({.....||,,.}}||,{{{,({{|{....||||||..,,|||}}}}{{{{|{||,.,,,,.,)}}}))))....)},,....(((((.(((((((..(..((((..{{..(((,(((,{..,.,,|,,,.}))})..),,,}.||.(((((((((.((...(((((((.((((((({({{{(({.((({........,{,,}}}}..,)))...,}))))).)))}..,.))))))).,.)).)))))})))),,(((....)))...(((((........))))).((((((((((((...(((({....),}))).))))........(((....))).....((((.......)))).{{,,.(((((((({(((....)))},{((,(({{.,,},.((((((((.(((((..{{..(((((((..(((((,({.....}))))))..))).....))))..))..)))))))))))))....{(((..,{..{,((((({..((.....})..,.)))))).|(((.....))),...|||..,.((((......)))).....}}}).)}},}...))))))))..,||}}|.......},.,.)))))))).))))..)..))))))).))))).)}...)))))))))).)))..))).(((((((...(((((...)))))..))).)))))))