Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ZNF609_0004400

Sequence Length

904 nt

GC Content

0.3883

GUGUGAGCCACCAUGCCCACCCAAAUAAUACUUUUAAAGAAAACUUAGAUUUUAUUGUGGUGCCACUAUAUACUGGGCAUUUAUUAAGAAUAUAUAUAUAUUUUUAAUCUUGUAUUGAUCUUAUCUUAGGGAUGGUUCCUUAUAAUUGCAUUUAUCCUUCUUAUGUGUUUCUGUAUCUUUCAGAACCAUUUCCAGAAUUAAUCAGGCUACCGAACAAUAAGUCCAGUCUUAGCUUAUCAACUCUCAGGAUGAUUCUGAUUUUAAAAAUUUUCACCAGGUUCCAGCAGUCCCUUAUACUAUAUCAAUUUCUUCUCUCCUUAACCCCUACUCCGGAAACUUUUUACUUGAUAAUGUUUGUCUGGCUCUUCCUUAUUUAAUUGCGAGUUUUAAGCUUCUUGCUUUAAAAAUAUAGCAUUAGCUGAUUUUAAAAUUACCUCUGGGCUGGGUACGCUGGCUCACUCCUAUAAACCCAGCACUUUGGGAGGCCAAAGCACGUGGAUCACCUGAGGUCAGGAGUUCAAGACCAGCCUGGUCAACAUGGUGAAACUCCAUGUCUACUAAAAAAUACAAAAAUUAGCUGGGUGUAGUGGUGCAUGCCUGUAGUCCAAGCUUCUCAGGAAGCUGAGGCAGGAGAAUCACUUGAACCCGGGAAGUGGAGGCUGCAGUGAGCCGAGAUCAUGCCACUGCAUUCCAGCCUAGGUGACAGAGGGGGAUUCUGUCUCAAACAAAACAAAACAAAAUUCCCUGUGAUUCAACAGAUCCUAUAUGGGAUGCUUUAUAACAAAAUUAAUGUUUUUCUGGACUUACAGGUUGGAGGGCUAUCCUAGUCAAGCAGUUCAAAUUUAUGGAUACUCAUUCAGUUCAUCCAACAAAUAAUUAUUAAAUAACUACCAUGUGCUAUACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-220.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -239.28

Frequency: 0.0000

Diversity: 177.55

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..((((((((.(.((((((((((...................(((..(((((.(((((((((((.....((.(((((((...(((((((((((....)))))))))))..))).............((((((....))))))......................(((.(((((.......))))).)))..)))).))......))).)))..)))))))))).)))...((((((..(((((((((((...)))))).................(((..(((((((........((..((((((.........(((..............)))..........))))))..))))).))))..)))..............))))).))))))......(((((((...((((....)))).)))))))........)))).)))))).).))))))))........(((((((.((((((....)))))).((((((((((((((..((((((.(((...)))...))))).)..)).)))))...)))))))......................)))))))(((.(((((((((.((((((((((((((((....))))))(((((((((...((.(((..(((.(((...(((((..(((((((.((.........)))))))))))))).))).)))....)))))...)))))))))......................((((......))))(((((....))))).......((((.......))))....))))).)))))(((((((((((.....(((......(((((......)))))))).....))))).)))))).....................)))))))))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

{.((((((((.(.((((((((((........,,{{,{{{....{|..(({{(((((((((((((.....,,.((((({{...(((((((((((....)))))))))))..}}}...{{,...,|,.,{(((({{{.|||}}|.....|,{,.||........,.|||,{{(((.......))))),))).,)))).}}......))).)))..}))))))))}.||},..((((((..((((({(((({...}))))}.................{((..{{(({((........{{..((((((.........(((..............)))..........))))))..))}}).))))..,,.,,,........,,.))))).))))))....}}|{{{{{{,{.((((....)))),))))}}}........)))).)))))).).)))))))).,......(((((((.((((((....)))))).((((((((((((((..((((((.{{{...}}}...))))),)..)).)))))...)))))))......................)))))))(({{((((((((({((((((((((((((((....))))))(((((((((...((.(((..(((.(((...(((((..(((((((.((.........)))))))))))))).))).)))....)))})...)))))))))......................((((......))))(((((....)))))..........,.......})))},..)))))},))))|((((({((((,,,,.,{,....,..||,,......||||||||.....)))}}.))))},.....................)))))))))))).