Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ZNF609_0004900

Sequence Length

789 nt

GC Content

0.3283

GUGAGGGAUAUUUGGGUUUUUUCCUUAUUUUGACUGUUAAUGGAUAAUGCUGCUAUGAACAUUCAUAUACAAGUUUUUGUAUGGACAUAUGUCUUCAGUUUUUUUUAUUAUAUACCUAGGGAUAGAAUUGCUGGAUUAUGUGGUAACUCUUUGUUUAACUUUGUUUGGAGCUGGCAAACUGUUUGCCAGAAUGUAAAUGGCUGUGCCAUUUUACAUUCCCGCUAGCAGUGUACAAGGAUUCCAAUUUCCCCACACUUUCAACAAUACUUGUUAUUGUUCAUUUGUUUAAUAAUAGCCAUCCUGGUGGGUGUAAAGUGGUAUCUUGUGGUUUUGACUUGGAUUUCUUUAAUGACUAAUGAUUCAGAACAUCUUUUCAUGUGCUUAUGUGCUUGUAUAUCUUCUUUGAAGAUAUCUGAUUCUUUGUCAAUAUUUUAAUUAGGUUCUUUGUAAGAAUAUAUUCUGGAUACUAGUGUUUUCUAAGAUUUUUAUGGUUAUAGCUCUUACAUUUAGGUAUUUGAUCCAUUUUGAGUUAAUUUUUCUAUAUGGUGUGAAGUAGGGAUCCAGCUUUAGUCUUUUACAUGUACAUAUGCGGUUUUCCUAGCACCAAUCGUUGAAAAGACUAUUCUUACCCCACAUUGAAUUUUCUUGACACCCUUGUUGAAAAUUAAUUGACCAUAAAUGUAUGGGUUUUUAUCUAGACUCUCAGUUUUGUUCCGUUGAUCAACAUAUCUAUCCUUAUGGCAGUAUUACAAUCUUGAUUACUCAUCUUUGUAGUAAGUGUUGAGAAUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-178.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -194.18

Frequency: 0.0000

Diversity: 254.39

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((.(((.......(((((((((......((((((...((((((((((((((((((..((((((..((((((....))))))((((....))))..........((((((((((.((((.(((...))).))))..))))))))))((((................)))).(((((((...)))))))))))))..))))).(((((((((((((..((((((((.(((((....(((........)))..))))).............(((((((((.........)))))))))....)))))))))))))))))))))..(((((((.(((((((((..((((....(((....(((((((((........((.((((....)))).)).((((((((...)))))))).((((.....)))).............((((((...))))))...)))))))).)....)))....))))..)))).))))).))))...)))....))))))..)))))))...))))))..........((((((....((((((.((.((....(((........).))....))))..))))))))))))......))))))))).......))))))(.......((((((((((...((((((...(((((.((.((.((((....((((((......))))))...)))))).)).))))))))))).......((....))...((((((((...(((....)))...)))))))).)))))))))).)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((.((((.,.(((((.....(((((......(((((((.(((.....{{{({,.,(({((,{{,{((((({....}))))))||{,,|||}}|,||||....,(((((((({{.{{{{.{||,,,)}),))))..))))))}}}|(,,,..,,.......,},,,)}))}(((((({...}))))))(((((((((((((...))))))))))))))))).)))))))....))))).}))))..)))))))(.((((((((,,,,,((((((((..,....,..))))))))(((((...(({((((((.,({{{({{((,{(((({,.{{{{{{((({{({,{,{,((((.{,.((.(((((,.,......{{,({((....}})).,}.{(((((((...)))))))))))).)).,.)))).....,,}},,}}||||{..||||||}||||.,||}||},}|||}.,...,,},||,,},}|.|||}},|||||,||||,,,|||||,,,|||{{{{..,{{({{{{,,,|||.,,|,|{(((.{{{{{(((|,,,,|...(((((((((.,({{......((({(....))..))).....}}},}))))))))),,}},,,,))}}}..,,.....))}.))))),.|||{||}}}|||||,{|,|{,||||,.,.||||{{....,.)))}))..,}}},}}.}}.}}}))))))})}}}}}}}),..)))))..((((((((...(((....)))...)))))))),,)))))))),.)