Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ZNF609_0005200

Sequence Length

2172 nt

GC Content

0.4443

GAGAAUCACUUGAACCUGGGAGGUGGAGAUUACAGUGAGUCGAGAUCGUGCCACUGCACUCCAGCCUGGGUAACAGAGUGAGACUCGCUGGGUGCGGUGGUUCACACCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAAGCGGGUGGAUCACCUGAGGUUGGGAGUUCGAGACCACCCUAACCAACAUGGAGAAACCCCAUCUCUACUAAAAAUACAUACAAAAUUAGCCGGGUGUGGUGGCACAUGCCUGUAAUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGCCAGGAGAAUGGCUUGAACCCAGGAGGCGGAGCUUGCGGUGAGCCGGGGAUCAUGCCAUUGCACUCCAGCCUGGGCAACAAGAGUGAAACUCUGUCUCAAAAAAAAAAAAAGAAAAAGAAAAAAAAGAGCAGAGUGAGACUCCAUCAAAAAAAAGAAAAAAGAAAAAAAAUACUAGAGCUGUAUUACACAGAAAUGUGAUAGCUUAUCUAACACAGACAAGUGAUAUAAAUAAAGGGGAAAUUAAUGGCUGGAGCAUGUGGAACAGGUUUAUAGAAAAACUGGAUGCAAAAAUUUACAUAGAAAGAAGAAGUGUUUAUAUACUGUGGCCCUUUGGCAGAACACAAACUGUAAUAUGAUUGUUUUGCCCCCUUAGGGGCACUAUCUUCUUCAUUGAAAAUGUAUAUCCUAGGGCUGGGCGCGGUGGCUCUCGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGCAAAGGAGGCUGAGGUGGGCGGAUCACCUGAGGCCAGGAGUUGGAGACCAGCCUUACCAACAUGGAGAAACCCCGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAAAAAAUUAGCCAGGCAUGGUGGCGCAUGCCUGUAAUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGGUGGGAGAAUUGCUUGAACCUGGGAGGCGGAAGUUGCGGUGAGCCGAGAUCGCGCCAUUGCACUCCAGCCUGGGCAACAGGAGCAAAACUCCAUCUCAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAGAAAAUGUAUAUCCUAGGAUGUUCUAGUUAGGUUAAUCUCUUUCCUUUGUUGCAUUAGGAGGUGAAAAAAAUUUUUAGAUGGGUUAGAUUUCCCUCAAAAAUAUUUCUAGUGAUAAGAUGUUCAAAUAGUAUAUUGAGGUCUAAUGCUAGAUCAAAAAGUCAGUUGCUAAGACACUUGAUGUCACAAACUGUUAACCAUCCUGGCAUUUUAAGCUUUUGAGAAAUGUAAAAUAAUUCUUCUCCACUAAAAUGUUUGAGGCUUUUGCUUUAGUUUAUAGACUGGUUUAUUAUACAGUUUAUUUGUAAAUUUGGCUCAUCAUAGAAUGUAUUAGUAAAUUUGUCCAUAGGCAGAAGCCAGAGAGUUUAGUUUUUAAAAGUUUUAUCUGUAAAGUGUGGAUUUUUGUUUGGUUUUAUUUAUUAUUUAUUUUUAUUUUUUUGAGAGAGAGUUUCACUCUUGUUGCACAGGCUGGGGUGCAGUGGGGCGAUCUUGGCUCACCGCAACCUCCGCCUCCUGGGUUCAAGCGAUUCUCUUGCCUCAGCCUCCUGAGUAGCUGGGAUUACAGGCAUGCACAAUCACGCCUGGCUAAUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCUCCAUGUUAGUCAGGCUGGUCUUGAACUCCCGACCUCAAGUGAUCCACUGCCUCGACCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGACGUGAGCCACUGUGCUGGACUGGUUUUAUUUUUUAUAGAGAUAAAAUAAAACCCAGGCUAGAGUGCAGUGGUGUGAUCAUAGUUCACUGCAGCCUGGAAUUCCUGGGCUCACGCAAUCGUCCCGCUUCAGCCUCCUGAGUAGCUGGGGCUACAUGCAUGCACCACCAUGCCUGACUGGUUUUUGUACAUUUUUCUUUUGAGAUGGAGUCUUGUUCUGUCACCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGCGAUCUUGGCUCACUGCAACCUCCGCCUCCCAGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAACCUCCCAAGUAGCUGAGACUGCAGGCGCCUGCCACCAUGCCUUAUUUAUUUAUUUAUUUAUUUAUUUAUUUAUUUAUUUAUUUAUUAUUUUUUAUUUUGUUUUGAGAUGGAGUCUCACUCUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGCGAUCUCGGCUCACUGCAAGCUCCACCUCCCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-1134.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -1165.26

Frequency: 0.0000

Diversity: 338.00

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(.............)(((((((((((((.((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.....)))).)))..)))))).((((((....))))))((((((...)))))).(((((((.((........))))))))).....((......))((((((.....((((((...............(((((((((((((..((((((((.((.((((((((.((((((.((((.(((((((((.(((((((((..((((((((((.(((((((((((((((.(((.((((((((((((((((((((((..(((.(((....((((((.(((............................)))))))))(((((((((((....((((((((((.(....((((.(((((((((((....((((....)))))))))).......(((......)))............((((.......(((((((((........(((.((((..........(((((.....((((.((..(((.((((((((((....)))))(((.((((..(((((((((................))))))))).....)))).)))..))))))))..)).))))...))))))))).)))(((((((((((((.((.(((((((((((((((((((....(((((.((((((((..(((((((.(((((.(.((((((.(((((((((((.((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((......(((((((((((.((((.(.((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((.((((((((((..((((((..(((((((((((...((.(((((((((...........(((((....)))))...........))))).)))).))...((((.((.(((.....((((((.((.(((........)))))))))))...((((((.((.((((..((((........)))).)))).))))))))........))).)).))))((((.....)))).(((((......((((.((.(((....((((((((((((.....................((((((...(((..((((((((((......(((.(((.(((((((((((((.(((((.((...........))..))))).)))).))))))))).))).)))))))))))))..))).))))))))))))))))))....)))..)).))))......))))).......................)))))))))))..))))))..)))))))))).)))))))))))))))))).))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).).)))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)).))))))))))).)))))).).))))).))))))).)))))))).)))))))))))))))))))))))).)).)))))))))))))((((..(((((((((((...)))))))))))....((((((((((..((((((((............))))))))..))))....))))))...........)))).)))))))))))))..(((((....)))))..(((((......)))))....)))))))))...).))))))))))..))))))))))).))))))..)))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))).))))))))))..))))))))).))))))))).)))).)))))).)))))))).)).))))))))..)))))))))))))((..((..((..((..((......))..))..))..))..))........)))))).....)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)).)))))))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(.............)(((((((((((((.,{.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.....)))).)))..)))))).((((((....))))))((((((...)))))).(((((((.((........))))))))).....((.....,)}((((((.....((((((......,,,,.....(((((((((((((..((((((((.((.((((((((.((((((.((((.(((((((((.(((((((((..((((((((((.(((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((..((,{(((,...{||||{.(({............................}}}|||||}(((((((((((....((((((((((.,...,((({.(((((((((((....((({....)))))))))),...,,.(((......))).,,.........((({.......(((((((((.,{{({,.{,(((((......}}})}(((((.....{(((.((..({((((((((((((....)))))(((.((((..(((((((((.............,..))))))))).....)))).)))..))))))))..)).)))).,.})))),|{{,,(.(((((((((((((.((.(((((((((((((((((((....(((((.((((((((..(((((((.(((((.(.((((((.(((((((((((.((.(((((((((((((((((((((((((((((((((({,.....{(((((((((((.((((.(.((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((.((((((((((..((((((..(((((((((((,(((({{({(({{((,,{{..,,,.,(((((,,,.,}}}|,,,,|,,..,,}|||}|{|,|....,.,,|||||}{{{.....((((((.((.(((........))))))))))}.}}||{{(({{{,{({{,{{{{,.{{{{{.{||||{||||{.,,}))))}}......}}}}}}})}}.||||,,,..)))),|,|||,,..,,||||,||,{((,,{,(((((((((((((.,........||,,||}|,.{({{{{.,,|{{,.((((((((((,.....{((.(((.(((((((((((((.(((((.{(...........))..))))).)))),,)))))))).))).))))))))))))),})}}}})}}})}}}}}))))))}....)})..)).})))}},,,,})))),,,,,.........,,.})))).)))))))))))..))))))..)))))))))).)))))))))))))))))).))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).).)))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)).))))))))))).)))))).).))))).))))))).)))))))).)))))))))))))))))))))))).)).))))))))))))).}.}},((((((((((,....,,,}})))))}}}}}(((((((,,..((((((((,,....,,,...})))))))}}))))....))))}),.,.,},....}}}}}|||||||}}}})}..{{{||.,,,))}}}..(((((......))))).,..)))))})))...,.))))))))))..))))))))))).))))))..)))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))).))))))))))..))))))))).))))))))).)))).)))))).)))))))).)).))))))))..))))))))))))).,..{{..{{..{{..{{..,,..}}..}}..))..}}..,,........}))))).....)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).},.)))))))))))))