Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_ZNF609_0006000
Sequence Length
2956 nt
GC Content
0.3863
UUGCCAUUUCCUUUGAGUCAGCAGGCCUUUCAUCUGGACCUUGACCCAAGAAGUUAUGAUUUUUCUCACUGUUUCACUCUAUCUCCCAGUCUGAAAUAGAGCAUUGCACUUUUUAGUGUCUGAGAGAUAUCAUGCCUUUGCAGUUAAAUUCUCUUCUGUGGCUUUGGCUGGAAUGUGAGUAAAUUUCCAGAGAGGAUACAUAAUUCCCAGGCUGAACUCUAACCUUGUGAACUAUUUUAAUGUGUGGCCUCAUAAAUGUAAAUUUUUUAAAUUUUAGACCAAGGAGGUGCUUGUUGUUCUGCCUUAAUUGCAACUUCUAUUUAGAAAGAAAGGAUCUCUUGGCUUUAAGAUAGAAUCAAGAGGUGAUAGUAGUGAGACUCAAGUCCUGAAGAUAAAAACAGAAAGGGCCAAAAGCUCACCUCUUGGUUAAUCAGGCAGGUGUGGAGGUUAUGGAAAUCCUCAAAGAUAAAAAGUGCCUGAUGGCAGCAACCAAGGGGAAAGGAAGAUUGGCUGAGCCCCUGGGGUGUGUAGCAAGGAGACCAUUGGUAGCCAAGUUGGAAUCUGAGAAGCGGCCCUGUAGCUGAACACUAGAAAAGCCUUUGCGUGAGGUAUUCCCAAUUCUAACAUUUAUUUAUCACCUUCUGUGUACCAGGUUCUGUGAUCAUUGUUAGGAGGAAUGAAAUAAUGACAUAGCCUUCUAGAGAACCUCAGUAUCCAGCAGGAAAGAUGGGCAUAUAAUGAAUAAUUAUAUUAAUAACUUUAAUAAGAUCCCCUACCACCUAUAAACUCCAUGAGAACAUAGAACAUGUCUGUUUUGUGUCUAGCACUGAGUGGUCGCUCAAUAAGUAUUUAUUGAAUAAAUGAAUUUGUUUAGCCCUUUCUAGUUUACUAUGUGCCUUCACAGAUAUCUCGUUUAAUAUUCUACCUUCCUUUUCUAUUCACCCACUUUGUGAUGUAAGCAAGAUAAAUAAUAGUAUCCGUAGCAAUAAUAGUAUAAGACAAUAAACUGAGUUAAAUAGAAGUUAAAAUGAUAAACAGAGAAGGGAGUAAAAUAGGAGCUUUUGUAGCUACAUCUUAAUCAGAUGAGUUGUUAUACCUCUGUCCAGUAUCUAGAGUAAUUACAUACUUACCACCCUUCCUCUUGUCUCUCUGGGUUUUUUUUGAGACUGAGUCUCGCUCUGUCACCACGCUAGAGUGCAGUGGCACAAUCUCAGCUCACUGAAAACUCCACCUCCCAGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGUGCAUGCCACCACACCUGGCUAAUUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGAUGGGGUUUCACCAUGUUGGCCUGGAUGGUCUUGAUCUCUUGACCUCGUGAUCUGCCCGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGACUACAGGUGUGAGCCACCACACCCAGCGUCUCUCUGGUUUUUUAAUUUGUUUUUUUUUUUCCCCCCGCAGAAGAUCCUUUGGUUUUCUACUAGAUGUUAUUCCAUCUAGAUAGUGUUUAUUUAUUGUUCAUAGUCAUCUCUUACCCAGGGAAUUCCUUAUUUUGUAUUCCUGAAAUCGAAAUAUUCUUUCAUACUCAUUAUUUAGAUGCUAAGAGAAAACUUGGGGACCGCUCUUCCCAACAAGAUUGUCUCAAAUUUUGUGCCCAUCUGUGUGCAUUCACGCACAUGAGCAUGUGUGUGGAGGAGAAGAGGAAAAGAACAGAGAUGGAAAAGAUUUUGAAGUGGGAUGCUUGGCAAGAGGAGUAAAUAGAUGAUAAUUAUGAAGAAGAAAUUGGCAGGAUUUCUUAACUGACUAGAUUAUGGGAACAAGGAGUAGAGAAACAGGUCAAAGUUGGCUGAAGUCCAUAGAAUGUAUAUUUUAAUUUAAGUGCUAAAUUUCCUCCAUACAUUUUUCAUGAACUUUGAAAAAUUUGUUGGCUUUAUACGAACCUGUGAACUUCAGUGAGAAAAACAGCAUCUUUAUAUUUUUGAGCAUAGUCUCAAUGUCAUUAAUUCUUCUGCUUAAAAAUCCUCAAAUGACUUGCCAAAUUAGGAUAAAAUCUAAAUUCUGUUACCAAGGCCCCAAAUUUCUACGUAUCUGACUGCAACUGCCUACUUAAACUGAUCUUACCAUUAUUCCCAUUCAUAUACCACCCACAUAGGCUUUAUAUCUGCUCUUACUUAAGAGUUUUUAUACUUCCUGGUCCCUCAUCCUGGUUGUUCCUCCCCAGUACUCAGCUUAUUCAGUUAUCAGCUCUUCCAUACUCCUUUAUCUAACGUGGUACCCUCAGUGACUUGUUAUCUAACCUAUUACUUUGUUUUGUUUUAUUUUUAUAACAGCACUUACUACUUUCUGAUAUUGUCAUCUUGUUUGUCAGUUUUUCUCUUCUAGAGAAAUCUUUGUGAGGGCAGGUUCUUGGCUCUCUACUGAUUACUUGAGUCUCCAUUGCCCAGCCUUCUUGUUGUAUCAGUUUUAAUAUAGCAAACCAAAAUAGGAUCUUAAUUUUAAAAAAUAGUAAUGCUACUUAAGAUUUGAUUACUCUUAAGACCUAGUGUUUCUGUAUGCUAACUCCCUUUUUAUAAUGUAAAAUGAAUUAUUCUCUCAUAAUAUUUUUCUUUCUUUUCUUUUCUUUUUCUUUUUUUUUUUUUUUUUUAAAUGAUUUAGAUGGGGUCUGCCUGUGUUGGCCCAGGCUAGCCACGAACUCCUGGGCACAGGCAAUCCUCUUGCCUCAGCCUCCUAAAGUGCUGGGAUUACAGGUGUGAGCCACCAUGCCUGGGCAGUCUCAUAAUAAUUUUCAUUCCUGACUUUUUUUCAGAUCUAGUCUCUAGAAAGAAACUUGUGCAUACCAAGACAGUAUGGCCAAAAACCUAUCCUGGCAAGUGUUAAUGCUAUGUUUCCACUCCUGAACACCAGGAACUGAACAUUGUUGUGUUUGGGUAUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-750.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -805.35
Frequency: 0.0000
Diversity: 759.64
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.......(((.((((..(((((........)).))))))).)))((((.((((((.(((((((((((((((..((.......))..))))))))......(((((....))))).))))))).)))))).))))............((((((((((....((..((((...(((((((...(((((((((.......((((..(((((((..(((((.....((((..((((..((.((((....)))).))..))))..))))....)))))....(((((((...(((((............)))))((((((((..((((..(((....)))..)))).))))))))......((((((((.(((((((((((.(((.(.((((.(((..((((.(((((.....)))(((((((((......)))).)))))..((((..........))))............((((....)))).....(((((((((.((((((((((((((((.(((((((((.((((...(((..(((((.....((..((((((..(((((...((((......))))....(((((..((.((.(((((....((((((...((((((((.......(((((..((((.....))))....)))))...)))))))))))))).....))).)).)).))))))).....)))))..)))))).))...)))))..(((((((.....)))))))......(((....))).))).)))))))))....(((((...(((.(((((((((....)))))))))))).((((..(((((..(((.(((((((..(((((.....)))))))))))).)))..........)))))..))))...........(((((((((.((((.((.((((..(((..(((((......((((..((((.((..((((........))))....))........))))..)))).....))))).)))..)))).)).)))).))))).))))..)))))....)))).))))....))))).))))).....(.((((((((.((..(((((.........)))))..)).))).))))).).)).))))))))).)).))))..))).)))).)))))))))))))))))))))))......((((.(((((((.........)).)))))...)))))))))))((((.............))))..)))))))...)))).((((((......((((...((...(((((((((((((.............))))).((.((((.......)))).))((((.((..(((...((((.(........).)))).)))..))..))))(((((......)))))...)))))))).))))))...)))))).)))))))))...))))........)))...))))))))))))))))......((((((((..(((.........(((((((((((((..(((.........................((((((...............)))))).....((((.....)))))))..))))))))))))))))..))))))))((((((......))))))((((((((......)))))))).((((((((.((.(((((((((((((....)))))))))(((((((((((((((((((.(((((.((((((.(((.(((...((((.(.(((((((((((((((...((((((((((((..(((..((.(((((.((((.......((.((((((..(..((((.((.((((((.((((.(((((((...((.((((((((.(((((..((((((....((((((.....))))))....(((((.((((((((.......)))))))).)).)))...))))))...))))).)))))))).)).................(((((((((((.((.................))..))))))))))).......)))))))........((((((....(((..((.(((....((((........((.........))........)))).....))).))..)))...))))))......(((((...((......))...)))))..((((((....)))))))))).)))))).)).))))..)..))))))))))))..)))))..))..)))..).))))))))..)))....))))))))).......((((((.....((((.((.(((((..((..((..((........))..)).))..)))))))))))))))))...((((((.............))))))..(((((((...))))))).......((((((.(((....(((((..............)))))......)))..))))))(((((((((........))))))))).((......))................((((.((((((((((((((.........)))))))...))))))).)))).))))))))))).((((((...))))))............))).))).))))))))))).)))))))))))))))))))..............)))))).))))))))...(((((((....(((((((..((.......))))))))))))))))..........((((((((.....)).))))))....((((((((......)))))))))))))((((((((((((.((((((((((.......(((((.(((((...)))))..(((((.((.((((.....((((.(...((((...........)))).).)))).)))))).))))).....)))))...)))))).)))).)))))))))...)))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
,((((,.....,(((.((((..(((((........)).))))))).)))|{((.((((((.(((((((((((((((..((.......))..))))))))......(((((....))))).))))))).)))))).))},,,,,........((((((((((....{(,,{(({...{{||{{{...(({{{{{{|,......{{{({{(((({{,.........,,|{{{.,,{{....,,{.||||..|||||..{{{{{,.....,|||{{,.|((((,.(((((((,,.(((((..,.........)))))((((((({..{{{(..(((....)))..)))).)))))))}.,,,,.((((((((.(((((((((({,(((,(.((((.{((..((((.{((((,,...|||((((((((({....|)))).)))}|.,((((,{.,,...,.))}}............{(((....)))}.,.,|{|{((((,,,((,{{,,,{{||{,{|,|||{(((((,((((...((,.,(({{{,,}..||..((((((..(((((...((((......))))....((((({..({{{.(((((....((((((...((((((((.......(((((..((((.....))))....)))))...)))))))))))))).....))).)).})},)))))).....)))))..)))))).}}...|}}||,,(((((((.....)))))||,,,...,,|,,,,},}.}}}.}}}}}}|||,,..{((({.,,((,{(((((((((....)))))))))))).,||{.||||||..(((.(((((,,,{(((({.....))))}))))))).)))}},,,,,.}}}}}}},|}||},,,},,,,...{{{{(((({.((((.((.((((,,(((,,{{(((......{{||,.{{{,.{{..((((........))))..,.}}........}}}}..}}},.....))})).,}}..)))).}}.}})).)}))),))))}}))))},..,}}})||||,...,}|||.(((((.....)))))||||||,||,,|||||..,,,...,}}|||{,...,,,,)))),...,)))))))}}}}.}}.))))..))).)))).}))))))))))))))))))))))......((((.(((((((.........)).)))))...))))}}||}}},,||}},,,{{{{..{{{{,,.{|||||,|,..|,}..||||||....{{((((...{,...{,||||||(((((.............))))).||,,{||}}..}}})},}.},((((.((..((|,..((((.{........).)))).}}).,})..))))(((((......)))))...}}||||||.}}},})}}})),))),)))))}))),,.,,,}}}}}}..,.,....,,,,,,}}}}||||||,,....||||||||.{((({{{......|||||||((((((..,,..,},}|,....{{,..,{{,,,,..{{(((({,..........}.,)))))}..,..{{{{,....,}}},,,..}}}))}}}}))))})),})))}})))((((((......))))))((((((((......)))))))).((((((((.{{.(((((((((((((....)))))))))(((((((((((((((((((.(((((.((((((.(({.((({,.((((.{.(((((((((((((((...(((((((((({,,,(((..({.(((((.((((.......{{.((((((..,..((({.(,,((((((,(((,.{((((({...((,((((((((.(((((..((((((....,{{{{{.....}}})}}....{(({{,((((((((.......)))))))}.})}}))...))))))...))))).)))))))).||.......,..,......(((((((((((.((.....,...........))..))))))))))).......})))))).....,,,((({......|,|,,||,|{{....{||{,......,||...,,....}}..,.....}}}|.....,,,.}}..,,.....,..,,......{,{{{...,{......)),..||||,..((((((....)))))),}}),))},))})}.))))..}..))))))))))))..)))))..}}..))).,},))))))))..)))....))))))))).......((((((.....((((.({{(((((..{{..((..((........))..)).,}..)))))))))))))))))...{((({(.,,..,,,,{{,,|}}}}}..(((((((...))))))).......((((((.(((....(((((,,............)))}}.,,,..)))..))))))(((((((((........))))))))).,,.,,,}}))},..,,,,.,,,....((((.{(((((((((((((.......,.)))))))...))))))}.)))).))))))})))).|||||,.,,,,,,,|,{{,........))).})}.)))))))}))),)))))))))))))))))))..............})))}}.)))))))){..(((((((....(((((((..,{.......,,))))))))))))))..,,....,,((((((((.....)).))))))..,,||{{||||,,,,,,))))))))))}}},,,(((((((((.((((((((((...,,,,(((((,{{{{{..,))})),,||||{.{{.{((({{...,,{{}|}}}{{{|...........})}}.,.|}},.})))},.}}}|,.....}}))}...)))))).)))).)))))))))..,))),...
Back