Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ZNF609_0009500

Sequence Length

2341 nt

GC Content

0.5297

GUUCUGUGACUCCCCGACCAGUGACCUGGAAAUGCGCAAUGGCCGGGGUAGAGGCAAACGCAUGCGUCCCAACAGUAAUACACCUGUCAAUGAGACAGCCACAGCCUCUGACAGCAAAGGGACCAGUAACAGCAGCAAAACCCGGGCAGGAGCCAAUAGCAAAGGCCGUCGGGGCAGCCAGAAUUCUUCAGAGCACCGCCCACCUGCCAGCAGCACUUCUGAGGAUGUCAAGGCCAGCCCUUCCUCAGCUAAUAAGCGGAAAAACAAACCCCUUUCAGACAUGGAGCUGAAUUCUAGCUCAGAGGACUCCAAAGGGAGCAAGCGUGUCCGUACUAAUUCCAUGGGCUCAGCCACUGGCCCCCUUCCUGGGACAAAGGUAGAACCCACUGUUCUGGACAGAAACUGCCCCUCCCCCGUCCUAAUUGACUGUCCCCACCCAAACUGCAACAAGAAGUACAAGCACAUCAAUGGACUUAAGUACCACCAAGCUCAUGCCCAUACAGAUGAUGACAGCAAGCCGGAAGCGGAUGGGGACAGUGAGUACGGAGAGGAACCUAUUCUCCAUGCAGAUCUUGGGAGCUGCAACGGUGCAUCUGUCUCACAAAAAGGUUCCUUGUCCCCUGCCCGCUCAGCUACCCCCAAAGUUCGACUUGUAGAGCCCCAUAGCCCUUCUCCUUCAAGCAAAUUCAGCACAAAAGGCCUCUGUAAGAAAAAGUUGAGUGGGGAAGGGGACACAGACCUUGGGGCCUUAUCCAAUGAUGGCUCUGAUGAUGGACCCUCAGUGAUGGAUGAAACAAGCAAUGAUGCCUUUGAUUCUUUAGAAAGGAAGUGUAUGGAAAAAGAAAAAUGUAAAAAACCCUCUAGUUUAAAACCUGAAAAGAUUCCUUCCAAGAGCCUAAAGUCAGCCCGUCCCAUUGCCCCUGCCAUCCCCCCACAGCAAAUCUACACCUUCCAGACAGCCACCUUCACAGCAGCGAGCCCAGGCUCUUCCUCAGGCUUGACCGCCACAGUGGCACAAGCCAUGCCCAACAGUCCCCAACUCAAGCCCAUUCAGCCCAAGCCCACUGUUAUGGGAGAACCUUUCACAGUCAACCCUGCCUUGACUCCAGCCAAGGACAAGAAAAAGAAAGACAAAAAAAAGAAGGAAUCUUCAAAGGAACUUGAAAGUCCUCUGACCCCUGGGAAGGUGUGUCGAGCAGAGGAAGGCAAAAGCCCAUUCAGGGAAUCUUCAGGAGAUGGGAUGAAAAUGGAGGGGCUCCUAAAUGGCUCAUCAGACCCCCACCAAAGCCGACUGGCUAGCAUCAAGGCUGAAGCCGACAAGAUCUACAGUUUCACGGACAAUGCCCCCAGCCCUUCCAUUGGAGGCAGUAGCCGCCUUGAAAACACUACCCCUACUCAGCCCCUGACUCCCUUACAUGUGGUGACCCAGAAUGGAGCUGAAGCCAGCUCAGUCAAAACCAACAGCCCUGCAUACUCUGACAUCUCUGAUGCUGGGGAGGAUGGGGAGGGCAAGGUAGACAGUGUCAAAUCAAAGGACGCCGAACAGUUGGUUAAAGAAGGGGCUAAGAAAACUCUUUUUCCCCCUCAGCCUCAGAGCAAAGACUCACCAUAUUACCAAGGCUUUGAGAGUUACUAUUCUCCAAGUUAUGCACAGUCCAGCCCUGGGGCUCUGAACCCCAGCAGCCAGGCAGGAGUGGAGAGCCAGGCCCUGAAGACAAAAAGGGAUGAGGAACCUGAGAGCAUAGAAGGGAAAGUGAAGAACGAUAUCUGUGAAGAAAAGAAGCCCGAGCUGAGCAGUUCCAGUCAGCAGCCCUCGGUCAUCCAGCAGCGUCCCAAUAUGUACAUGCAGUCCCUGUACUACAACCAGUAUGCCUAUGUACCCCCCUAUGGCUACAGCGACCAGAGUUACCACACCCACCUUCUGAGCACUAACACGGCUUACCGGCAGCAGUACGAAGAACAGCAGAAACGCCAGAGCUUAGAGCAGCAGCAGCGGGGAGUGGACAAGAAGGCAGAGAUGGGCCUGAAGGAGCGGGAGGCAGCACUCAAGGAAGAGUGGAAGCAAAAGCCGUCAAUUCCACCAACUCUCACCAAGGCCCCCAGCCUGACAGACCUGGUGAAAUCAGGACCUGGCAAGGCCAAGGAGCCAGGGGCUGACCCAGCCAAAUCAGUCAUCAUUCCCAAGUUAGAUGACUCUUCAAAACUCCCGGGCCAGGCCCCUGAAGGCCUUAAAGUGAAGCUGAGUGAUGCCAGCCACCUAAGCAAGGAGGCCUCUGAGGCCAAGACAGGUGCUGAGUGUGGUCGACAGGCAGAGAUGGAUCCAAUACUCUGGUACCGACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-705.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -748.83

Frequency: 0.0000

Diversity: 709.58

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((.((((((((....(((((((((.....(((..(((((((((((.(((((...((.((((((((.............((((((..(((...((....)))))))))))....)))))........)))))....((((((.(((.((((...((..((.((((.(((((.(((.((..((((((((((...((..........)).))...))))))))..))..)))..)))))(((((.(((....)))((...........))...((....))((((((.....)))))).)))))((((....))))...(((....))).........)))).))..))...))))..))).)))))).....(((...))).((((((.(((((((..(((((.((((..((((....(((.((((((((((.((..(((.........)))....((.(((((((((.(...(((........)))...).)))).....)))))...))..((.....)))).)))))))))).))))))).))))............(((.(.((.(((((((((((...((((.(((.((((((.....(((((...((((((((.(((((((((((...............(((((((((((.....((......................))......)).)))))))))....)))))))))))..))))))))..)))))))))))..........((.(((((((((...((((.((((((..(((...............((((((((..(((....)))..)))).))))(((((((((..........((((......))))...........((.(((((((....((((.....((.....(((((.((((((.(.((((((.(((.(((((...................(((..............((((....))))((((((..(((((((((((...(((((....))))).((((...(((...........(((((.(((..........)))..))))).....(((((.(((......)))(((((........)))))..........)))))..........((((....))))..((((.((....))))))..)))...))))..)))).))))))).))))))))).....(((.....))).....((((.(((((....((..(((..((((((.......((((.................))))((((((((.((.(((((((((((((..............)))))).((....((((.((((........)))).))))....)))))))))...............((((((((((..((((........)).))..)))...)).))))).)).))).))))).........)))))).)))..))...))))))))))))))))).)))))).).))))))))..))).(((((.........))))).))......))))...)))))))))........)))))))))..(((((((((((((......))).........((..((((((((((((....))))))...........((.(((.(((((((((.......))))))......))).))).)).)))))).))((((..........)))).)))))...)))))..((((((.......((.....))....))))))............))).))))))..))))..))))).)))).)))))))))..))))).)))))).)).).))))))))..)))).))).)).)))).)))))...)))))).....)))))..))).)))).)))))...........(((((((.((.....(((......((................))......))))).)))))))((....))..)))))))).)......((((........))))(((...((((...((..(((((......)))))...)).....))))...)))(((((..(((.....((((.....))))...)))..)))))....))))))(((....((((..((((.....(((((...))))).....(((((((............)))))))........))))..)))).((((.(.((.((((((...((..((.((..((....))..)).))..))...)))))))).).))))......((((((((((((((....((........))...)).)))))).))))))..)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

{((((((.((((((((....(((((((((...,.(((..(((((((((((.(((((.,,((.(({(((((....{,.......((((((..(((.,.{{....)})))))))))....))))),.,.....}},}}....((((((.(((.((((.,.((..((,(({{.(((((.(((.((..(((((((((,...((......,...)}.),..,))))))))..))..)))..))))}{(({{.(((....})){{,.........,||,,,,,,...,,((((((.....)))))).)}))}((((....))))...{{{..,,}}}.........}))),))..))...)))).,))).)))))).....(({...||}.,{{|||,|{{((((..(((((.((((..((((....(((.((((((((((.{{...{(,,........}}....{{.((((,((((.{...(((........)))...}.))))...,,))}))...}}..|{,|...,))).)))))))))).))))))).)))).........,.,{((,(.{{.(((((((((((..,((,{{,(({{(({{{,...,((((({..((((((((.(((((((((((.........,,,...((((((((({(.....{{.............,........))......)),}))))))))....))))))))))).,))))))))..)))))}{(({{{,,,{,,..,{{,(({((({{{|,|{{{||{{{,,{,.{(({{,,.....{{,...,|||{{((.,{{(,{|,|,,,|||||.}},|{{{,,,,,,...........,,{..,,,.||}}....,||,,..||.,||||||..,}||||....|||,|{,,(((((.((((((.(.((((((.(((.(((((...,.,,,,,,,,{{{,..{,..,,,,,...|..,.((((....)))){(((((.,((((({(((((...{{||{.,,,)))}}.((({...(({......,....(((({.({(..........)))..})))).....(((((.,{{,,....,||(((((........))))).,,.}.....))))).........,{||{|,..,|(((,{{{..{|,,,.}))))),)))}..,)))),,)))),))}}}}|,|}|}}}(((....))){,{{{,(((,..,.{(({({(,{(((..{,.{(((((((((((......,((((..((((.((........((((....))))........))))))))))|....,.......}},,,..((......,|.|,}))))))))))){(.(((,...})),)),},...............,|||,||}}||,.||||.....,.,}).},,}),)}}})|(((((....)))))).|||........,,,},}}}}....}}}},}.,}}}})})))))))).)))))).).))))))))..))).{{{{{.........)))||{||....}}))),...||,||||..,{{{....})))}}}})}}|||{((((((({({...,.|||..,.......,..{((((.((((((....)))))).}}}}}.}}..{{.(((.{{(((({(({{{{,..,,,))).,}}}.}}),)),.))}}}})}},}}|{||..........)))).)))))..}))}}}.}|,,,|,.||},..{{.....}}....}})})).,}}..,}}.}}))).|||||,..,.,,..,))))},}}}.}}|}},,,)}.))))).)))))).,),),},})))))..)))).}}}.,,..,)).)))))...)))))).....)))))..))).)))).)))))...........(((((((.((....,(({...,,}{{.,,.,,........,.)}......))}}).)))))))((....)).,)))))))).,,}...,{({(......{{|||{,..{{,{{{({,(({..(((((......))))},,.||....,},,,...}}}||||,.,||{,.,.,{(((|,,..||||,.,|||{{||||,..,||||}||(((.,..{{{{..{|,|.|{{{(((((.,,|||}}.....(((((((............)))))))........))}}.)))})}|})))}}}..||||||...||,..({((.||,..}})}})},|||...,.,,),|||||}..,))))....,.|||{{||{(({(({||..||..,.....}}},.)},,))))),))))))..}})