Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ZNF827_0007100

Sequence Length

1095 nt

GC Content

0.4584

GUAGUUGGUUUGUUUAAUUUCUUGAAAGAUUGGAGCAUUUGUGGUGGCCUCAUUGCAGCUCUUCCCAAAGUGGGCAAUGAGGCCCAGUCACCGUGCAGAGGAAGGCAGCACAUAUUGUUAGUGGCUACCAAAGGGACAGAAAUAAAAGGGUCAAAAACCCUGACCUUAAGACCCCCUGAUGGCUAAAUUGGCAGCAGCAUCUGCUCAAGCCACAACUAAACAAGUCAGCAGUAGGGAUCCGAAAAUUUGUCUCCAUUGGAGUUCAGAGAGUGAGGUUUAUGCUAGCUGUUUGGUUUUCAGUGUGGAGCAGUGCAUUAUUCUCUGUCCCAUGUGAUUUGUUUUUAUUUCUCACUGUUUUCAAAGUUCAGGAAUUCAGACAUGGACUUGAGUCUGACAGUUUCCUUCAGGAAACAAAGCCCCUGCAUUCAGACUUCUCUGACUGUGCAUGGUGCCCUUGGGCCCUGAGUUAGGACAGGCUGGGCGAAGCCCCUUUGCCGAUGUCUUCCUUAGUGUUGGAUGGCCUUUGGAAGUCAGACUUUCACAAGGCAGGAUGAUCAGAUUUUGGAAAAUGGAGCCCAGAUGGAAGUAACUAGGUGAAUAUGGGUUUCUACCUGAAGAAAAGCAGUACUAAAACUUUCUUAUGGAUAAAAUCUCGGAAUUGUCAAGAAAAAAACCCAAAUCAUUUUUAGUGCUUUUUAUAUGGCAGUGUAUGUGAAUUAAUGCCAGAUGCAGUGUACCUUUUUGUUUUCCUUAAUGGUCCUUUCUUUCUCCUUCUUCCAAGCCUCAGAAGAGGAAAGUGGAAAGCCUUUCCAGUGUCCAAUAUGUGGUUUGGUUAUUAAAAGGAAGAGUUACUGGAAGCGGCACAUGGUGAUUCACACAGGUUUAAAAAGUCAUCAGUGUCCGCUCUGUCCAUUCCGGUGUGCUCGCAAGGACAAUCUCAAAUCCCACAUGAAGGUAAGCCACCUACCGACUGCACCUCCUGGAGAGGCAGGCACAGCCAGGGCUUCUGUACAUGGUCUGGUGCAGGAGGCUUCUUGGCCGAGGGAGGGCGCCUCACUGAUGAAACAUGCGGAUGACAGUACUCCACGUAGCAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-342.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -362.39

Frequency: 0.0000

Diversity: 287.11

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((.((((((((((........((((((..(((.((((.((((.(((((((((((.(((........)))..)))))))))))...))))......(((((((((((...(((((((...((((.......(((((((((((((.(((((((.......)))))))..((.((((((.(((((....(((((((((...)))))...))))..........))))).)))..))).)).......(((.(((((((((((.(((((.(((..(((....))).))).))))).)))))..)))))))))....))))).))))))))..((((((((..(((.(((((.((((((((.....((((((..((((....))))((((((((((((.((((((....))))))...((((.((((((((((....)))))..))))).)).))((..(((((((((...((((.(((((.(((((((...))))))).).)))))))).....))))..)))))..))..))))))))....)))).((((((......))))))......((((((((......................))))))))..))))))..)))))))).........((((...((((...)))).))))......))))).)))..))))))))...((.((((........)))).)).............))))...)))))))......))))))))))))))).)))..))))))(((((...(((((((.((.....(((.(.((((((...)))))).).)))....)).))))))).......))))).(((((((((((((((((((.((((((((...............))))))))))).)))))........))))))).))))....(((..........))).......)))))))))).))))(..((((.((((((....))).)))....((((((((((((((((........)))))))))...)))))))....((((.((...(((((((((...))).))).)))..)).))))..))))...)

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((.(((((({,,,...,,,..((((((..(((,((({.((((,(((((((((((.{({,,......))}..)))))))))))...}))),,,,,.(((((((((((,,,,,,.,||..,|((({.{({..(((((((((((({.(((((((.......)))))))..,..,,.,{{.{{{({....,||||,||(({.(((((,..,|{{{{.,,{(((,{{,((((({{{.{((((,,....((((.((((...))))..))))...|,.)))),.)))).)))))))})})),.}}))))))))))))).})))).))))))))..((((..,({.,..||,,{|}||,.{{(({{{{{{{,,,{|.,{{{..{.{{..{{{(((((((((.((((((....))))))...((((,((((((((((....)))))..))))).)).))((..(((((((((...((((.(((((.(((((((...))))))).).)))))))).,,..))))..)))))..))..)))))))),...}))).}||{{|}}}}.}))))))}}}}.}}}}}}|({.,{((((((,,((((((({.,.(((((({...((..((((({...,{,......,}))))))..)).,....{{{.,{,....)).)))...))))))).,)))),.,}))))))))},,,.})|((.(((((.((.........)).))))).)))......}))))))))))}))).)))..))))))(((((...(((((((.((.....(((.(.((((({...}))))).).)))....)).))))))).......))))).(((((((((((((((((((.((((((((...............))))))))))).)))))........))))))).))))....{{|.....,....,}}.....,,}}}))))))).))))(..((((.{((({{..,}}})}))},...(((((({(((((((((........)))))))))}},,}})))),|.,((((.{{.,,|{{{({{{{...})).))).)))..)}.)))).,)}}},..)