Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr10_0114400

Sequence Length

1364 nt

GC Content

0.3262

AACACACACUUAAGCCCCAGCAUGGGAGUUUAAAUUAUUUGAUUAGAAACAGUUGUAUUUUCCCAGUGGCAUAAUAUUGAAAACAACCAGAAUGGCAAAGUCCAGGAAGUGCAAUCUAUCUUUUUAAUUAGGGUUCUUCUUUUGAAGAUUUAUAUUGUUUAGUUUAGCUGUGUUUAUUAUUAUUUAGUUGACUCAGUUUAUUUUCAUACAAAUUUUCAAAUAUUCAAUUAAGCCCUUUGGAAAAUUAUGACUUUCAAUUAUCCAUGAUAGCCCAGAGUUUAUAGACCCUCAUGUCCAUGGUCAUGUCAAUUUCUGCUGCUCAAGCAGUUCCUGCUUCUUUGAGUAGUUCCUUUCCUUGGAUGCUUUUCAUUUAGCUUAUUUAUUCAUCUGGAUCAUGCAGUGGAAUUAGAUUUCAAAUGGUUCAUUGUCAAAAGUCAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUACACACACACAAAGAAUCUGACCAGGCCUUUCUAGGACCGGUACUGUCAAAUUCUAGACACACUCUGAUAACCUCAACCUAUCAGUGAGAUUUAUCCAGAUGAAUCUAAGAGAAAGGCUAUGGCAAAAAAAAAAAAGUCCUAAAAGGAAAUAUGCCUUUUGUUGUCAUUGUCAUUGUUAUAUCUGGGUUGUAAGAUUAUGGGAAAUUUGUAAGAUUAUGGGAAUAAUGCCUUAGUGUAAAGGGGAAAGUAUCAGAUGGGUGGUAAUGCUAAUGGUCCUUGUCCCCAGUAUAAGACACUGCUUUCAAAUAUGUCUGAGAGAUCCAAAAGUUUACUGAGUACAAUCAUGAUAAAAAAAAGAAAAACUUUUCAAGGACAGAACCGAAAUAUUAUUGGGAUCCUAGUUGAAAAAAAGCAUUCCUUUUAUUCCCAAAACUCAAGCAAUUGCUUUAAAAUAUUUGUGUUAUCUAAUGUUACUUCCUCUGCUAAAGUUAAUUCUUAGCAACUCGAAAUAAUAAUAGUAGGAAAUUUGUAUAUAGCAUUUACUAUGGGCCUGAUAUUGUUCCUAGAAAUUUAUAUGUUUUAACUCACUUACUCUUCAUGACAACUAUAAAGAAAAGAACUAUUAUUAUCUUCAAAUUAUGAUGAGAAAACUAAGGCACAGAUAGAUUAAGUAACUUGCCUAAGAUCACACAGCUACUAAAUUGUAGAGCUAGGAAUUAAAUCUCAGACAGUCUGGCUCCAGAGUCUAUGCUCUUAGCCAUUUUAAUGUUUUACUGCGUUUCAUAAAACCUUGAUUGAUAUAUAAAGAUAUGCACGAUAUUAUCAGAAAUAAUGUCAAGAUGGAUUGGUUAGGUCACACUGAAUAUGAGGAUAAUAAUCUCUGCUUUGGAAUCUGGUUACUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-295.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -326.20

Frequency: 0.0000

Diversity: 349.95

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(........)((((..(((.(.((((((....((((.(((......))).)))).....))))))))))((......)).....(((((((....(((((..(((...(((((...(((((((((((((((((((((((....)))))((((((..(((((((..((((((((...(((((((...(((((((((((..((((((.(((((((((((..(((.((............((((.((((.........)))).))))..((((((((((..(.((((((......(((((.((..............(((((((((((((...)))))....))))))))......)).)))))(((((((.(((((.......(((((((((((..............(((((((((...(((((.((((.....((.((((((((((....))))))))))))......)))).)))))..(((.(((((....))).)))))..((((........))))....((((((.........))))))))))))))))))))))))))))))).))))))).(((((((..............(((((((.......)))))))))))))).)))..))).)..))))))))))..)).))).))))))))))).))....((........)).((((((...((((((((.((((...(.((....)).)...)))).))).)))))........))))))((((((........))))))......))))..))))))).)))).)))))))......((((....)))).((((.....((((.......))))..))))(((((((.(((((.....))))).)))....))))...((((((((((.....((((((((((..(((.(((((.(((...((((((.(......)))))))....))).))))).)))(((((((((.((.(((((......))))).))..)))....))))))(((((......)))))..........(((.((((((........((((.((.........)).))))....)))))).)))........))))))))))....)))))).))))........))))))))))))))))))))).((.(((......))).))......(((((..(((((....))))).)))))....(((((......))))).......))))))))))).....))))))))))))((((((((.....)))))))).((.((((((.....)))).))))........((((....))))))))))))...))))))).))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

,........|(((((({{,,{.{|||{|,,|,{{{{.{((......}}}.})}}.....}))}}}}}))|.......}}.....(((((((....((((({.,{{,..(((((,,,(((((({((((((((((((((((....))))},{{{((..(((((({..((((((((...{{,,,,...(((({{((.((((((((({(.(((((((((((..(((.((............((((.(((,.{{,...,})))}.)))}.,((((((((((..,.(({((({..,,,,.....})}),}}.........(((((((((((((...)))))....)))))))).(({{{{{{{|||{(((,,,,.,,,||}......,{((((((((((...,,,{{{{{{{{{.,||||,..,|{|||,|||{.....{{.((((((((((....})))))))))},......}}}}.}|||},.(((.(((((....))).)))))..((((........))))..,.((((((.........)))))),)})}}}}))))))))))))))))).))))))|.(((((((.,{{,......((((...}))).......,)))).))))))).)}}..,}}.,..))))))))))..)).))).))))))))))).)|{{{{....}}},|((((((((.....(((((,((((((((....((((((((((({.||((.{{{({||.((((,......,}}}((((((........)))))).......,,}.}}))}|,..,,.,.,,,,,,...,,,,(,,,..}})))}.,)))),,.}|}.,.......{(((((....,{..({{........}}},}.....)))))}.....{(((....)))}...,|{{|||,,|{{..{{{.{((({.(((...((((({,(......}))))))....))).))))}.)))|}}||,....,|,,.}))))}}})))))....)))))))}.))))).(((((......)))))........,.(((.((((((........{{{{.,,.......,.}}.)}}}....)))))).)))...))))))))}.))))))))).))))))).....,,,,..)))))))))))))))})))||{((,(({......}}}.}}.,....{((((..(((((....))))).))))}....(((((......)))))......,))))))))))).....}}))))))))))((((((((.....)))))))).,|.||||||,.,,,|,|}.,,))},...,,,,|||..,.}))))}))))))...))))))).,}},