Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr11_0643800

Sequence Length

726 nt

GC Content

0.4325

GUUUUCAUUGACAUCCACCACUUCCACCUCAACAAAGGAAACAGAUGACAGAGAGACAGGCCGCCCUUUGUCUUUGGCCCGCACAGUAAGGUUAUAGAACUGCUGUUUCUCAUAAUCAAGCUCUUUGCUCAAGCGGAUGGCACCACUUGCUUUAUCUAUUUCAAAUCUCCCAUUAUAGUCAUUGACCAAAGAAUAGCGCACUUGACCCCCCAGUCCAAGAUCUGGAUCAUGGGUCUCAAGCCAAGCAAUGACAGUGCCAACAGGGAGAUCUUCAAGAACCUUCACACUAUAGCUACUGGGAAUGAAAGCUGGGGAGCAGUCAUUGACAUCAUCUAAAAAAACUUUAAGAGUGACAACUGAAAACAGCUGCUGACCACUCUCUGCCUUGUCCCUGGCUUCUAUUUUCAAAGAAUAAUUGGCUUUGGAUUCCCGGUCCAACUGGUCGGCUACAUAAACGAUUCCAGUUGAGCUAUUGAUGGCAAACUGCUGUGUAUCUGUCAAGACUGAGUAAGUCACUUCACCAUUAGAACCUAAGUCUUUGUCUCUGGCUUCCACUUGAAUGAUUUCAGUACCAAUGCCUGAACUUUCAAGAAUGUUAACUGAGUAACUGUCUUGAAUAAAAACUGGGCUAUUGUCAUUAGCAUCCUCCACAUUGAUGGUCAGCAGUCUCCAUGACGAUUUCUGUGGAUUACCUAAGUCAUAGAUGGUGAUAUUAAGGAGAUAGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-180.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -195.03

Frequency: 0.0000

Diversity: 143.38

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((.((((.(((.((((((......((((....((((.((((.(((((((((((((((((...........))))).((((((((.(((((((((((....).)))).)))))).(((.....)))((((.((......)).))))...............(((((((......(((((((.............((....(((((....(((((.....)))))...)))))....))....))))))).((....)).))))))).........((.(((....(((((((((((((((..((((((((((((((...........................((((((.((.(((....))).)).....))))))))))....))))))))))......((((((.........))))))))))))))).((((((((((..........)))..)))))))))))))))).)).....))))))))...))))..((((.....)))).........((((...)))).))))))))))))..))))..))))(((((((..(((.((((((((.....(((((((..((((......))))..)))))))........)))).))))............((((((..(((.((((..........)))).)))..)))))).)))..))))))))).))))))).))))))))))....

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((.((((.((,,(((({{......,,......((((.((((.((((((((((((((......,,.|||,,{|||..((((((((.(((((((((((....)})))).)))))).(((.....))).{{{,((,,{,,..}.,}))},...,,,.......(((((((......(((((((...........,.,,.,,,(({{(,,..(((((.....)))))...)))}},,,,)}....))))))).{{....}}.)))))))......,..((.(((....(((((((((((((((,{((((((((((((((,,..,{.,..,.,,{.{,.....,}}.|||{||.{{.(((....))).)).}..,))))))}}||,...}}}}})))}}|,....{{{{{{.,......,))))}}))))))))).((((((((((..........)))..)))))))))))))))).)).....))))))))....)))}}((((.....))))..,,.......,|...}}...))))))))))))..))))..|||{(,,,,||}|||..{{{{((((|....(((((((..((((......))))..)))))))........)))).})))...,|||.....((((((..(((.((((..........)))).)))..))))))....,,}}}},,,}).))))))).))))))))))....