Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr13_0101100

Sequence Length

2691 nt

GC Content

0.4088

ACUAAAUAAUUGUAUGUGUCUGUGACACUGCGAAAGAAAUACAUAUUUCUUUUGUCUUCAUCUAUAGUUCCUGGCACAGAGCUCCUAAAAAAACUUGUUUCCUAAGUGAUAGGCACUAGGAGCAUCUUUUGUUCAAAUAUUUGGUGCUGGGAGCAUCUUUGGUUCAAAUAUUUGGUCUCUGACCUCGGUUCCUAACACAGACCUCCUAAAUCCCUCGGAAUUUCCAGGGUGAUAGGAGUAGCGUUUGUUCUAAUGAGGUGACUUUUGUUAGGUACCUAGAUGGGAGCCGUUCACCAGAAAGACCAAGCCCUGAUUACCAGUUUGGAACUUUCAGCCCUACCCAACCAUCUUCCAGUGAGGAGAGAGGGGCUACAGGCUGAGUUAAUAAUUUCCCUUGCCUGCGAGAUGAAGCGUCCAUAAAAAUCCCUUAACUGUGGGGUUCAAGGAGUUUGUGGGCCGGUGAACACAUUUAUGAGCCAGGAGGGUGGCACACCCCAACUCCACAGAGAAAAAAGAUCCUUGUUCUACCUUUUCAUCUGACUGUUCAUCUGUAUCCUUUGUAAUAAACCAGUCAAGCAAGUGUUUCCCUGAGUUCCAUGAGCCAUCAUGGCAAAUUAUCAAACCUGAGGAGGGGUCGUGGGAACUCCCAAUUUGUAGCCAAGUCGGAUAGAAGUGUGGAUAAUCUGAGGACCCGCUACAUGUCACUGGUAUCUGAAGUGGAGAGCAGUCUUGCGUGACUGAGCUCUUAACCUCUGGAGUCCGCACUAACUCCAAGUAGUGUCAUAAUUGAAUUGUAGGACACCCAUGUGGUAACCAGAGAAUUGGAGAAUUGGCUGGUGUGGGAAAAAAACUCCACACUUCUGGUGUCAAAAGUGUUGUGUGAGAGUGUAGUAGAAAACAGGAGCAAGUUUUGUUCCUUUCUAGUGUAAUAACCAUUUACAAUGUGAAGUGAAAGGGGAACACAUUUUUAUUUGAGGGUAAUGAUGUGUGCUUACACAUACACAGAAAAAAAUGACUAAAUAUGUCAAAAUGUUAACAAUUUUGGGUCAUGUGGUUGGUUAAAAGGAAGAUGUUUGGCCAGGCAUGGUGGCUCACACCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAGGCGGGCGGAUCGCCUGAGGUAGGGAGUUUGAGACCAGCCUGACCAACAUGGAAAAACCUCAUCUCUGCUAAAAAUACAAAAUUAGCCAGGCAUGGUGGCGCAUGCCUGUAGUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUCACUUGAACCUGGGAGGCAGAGGUUGUGGUGAGCCAAGAUCGCACCAUUACACUCCAGCCUGGGCAACAAGAGCAAAACUCCAUUUCAAAAAAAAAUGAAAAAAUAAAUAAAGACAUUCGUCAUUUAUCUUAUGACUUUCUUUACAAUGUAGUUAUUUUCACAGUAAUGAUGAUGAUGAUGAUGAUGACAGAGCAAUCCAUAAGGGGAGAGGUUCCUCCAUUCCUUAAGGCAUCUACUCUUCACAUUUUCCUAAUAAAAUAGAAUGGUUACUCCAAAAUAGAGUACAAUUCUAGAGUAAAAUUGUUUUCUAAUAUAGCAUUUUGAUUUUAAAUGCUUUUCACUUCAAAGGCUUUUAUUAUGUUUAUUAAUUUCAAAUCCAAUUUUCUCUUUUCACAUUUUGUACAAGCCAAUAGAACAAUUAUUGAACAUGCCAAGAAUUCAAAUAUCUAUGGUCAAUGUCUUGUCUUAAUAGAAUUUUUAAGUUCCUCGAAAGCAAGGUCCACUGCACAUAAGCAAAAUGAAAUACUGGUAAAAUUAAUGAAUAUUAAACUAUUGUCAGAGGACAAUAAAACCAUCUUAUAAAGUUCCCACCUUUUAAUAACACCUUAUCAUUAAGAAAUAGAAUUUGUCCCAAUAAACACACAAAUUUCUGGUAGUUAUUUUCACUAUAUUAACACUGGUAUAUAUAUUCCUUUCAGAUACACAACUUUGAUAGAAGACGACUUAUGCUCCCUAGCAGAGGAAACACCUGACUGGACUUAACCAAAACAAGGGUAGGUGGCAAGGGAGUGCUGAUAUAGCCAGUAAUCAAUGGUUAAAAUUAUUAUUAUUAUUAUUGUAUUAUUAUUAUUUUGAGAUGGAGUUUUGCUCUGUCGCCCAGGCUAGAGUGCAGUGGUGUGAUCUCAGCUCACUGCAAACUCUGCCUCCCAGGUUCAUGUGACUCUCCAGCCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGAUUACAGCUGCCCGUCACCACGCCCAGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAAAGAUGGGGUUUCACCAUCUUGGCCAGGCUGGUCUCAAACUCCUGACCUCAUGAUCCACCCGCCUCAGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACUGUGCCCGGCCUAAAAUUAUUAUUUUUUAAAGUAAACAUUCCACACACGCAUAUACUUACGUUUGACUUUUCUUGUUUUGGAAGGGAGAAAAGAGGAAUAGAUACUUGGAGUGCAGUUAGGAAAAAAUCACUAACCAAUGAUACGUUAUUCCAUCCUAUACAGAUCAUAAAUAUAUUAAUUUUUUUUAAUUACCAAGAACAGGCACAUAUCCAACCUACUUCACCAGGUGUUCAAAGAGAAAAAUACAGCCGGGCGCGGUGGCUCAUGCCUGUAAUCCCAACACUUUGGGAGGCCGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-998.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -1048.67

Frequency: 0.0000

Diversity: 515.21

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((((.(((...(((((...))))).(((((((((((....)))))))))))...........(((((((((((((((((((((......((((((........))))))...))))))).)))......(((....))))))))))))))..........))).))))))))(((.(.((((((((((((.(((((((((((((...((((.(((...)))))))...))))))....)))))).......(((((.(((.....)))))))).).))))))))(((((((.(((((.((((((..((.....))))))))..)))))((((((.........((((((.....))).))))))))).(((((.(((..((....))..))))))))...........(((((((((((((((........)))))).......))))))))).)))))))(((..((((((((.((((((((...)))))....))).(((((((((.(((.......)))...))))).)))).((((((.(((...((((((.(((......((((((((((((((......(((((((((((.((.((..((............))....)).)).)))).)))))))((.(((((....))))).)).((((((((((((...........(((((((((((.((((.........))))(((..(((((......)))))..)))........((((((........))))))....((((((((((...)))))..))))).)))))))).(((((..((((....))))..)))))..)))........)))))))))))).........((((.(((((.(((((((.(((((...((((((((...))))))))))))).)....((((((.((((.(((((((((.........(((((((.(((((....))))).))))))))))).)))))............((((((........((((((.......)))))))))))))))).))))))((((((.(((((((((((.(((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((..(((((((.((((((..((((((.((((((((((((((((((((.((((.((((..(((((((((((.(((((((((((((((((((((..(((.((((((((...(((((((((((((((((((.(((((((((((((.(((((.((((.((((((((((((((((((..((((((((((..(((((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((((((((((.(((((((.........((((((.....(((((.......)))))..))))))........))))))).((((((((((((((((((((..........((((..(((......)))...))))(..((((((((..(.(((((((((((..................((((((.((.((((.......)))))).))))))(((((.((((((((((((....(((((((.......))))))).........(((((........((((((((((((((.....(((((((..........((((((((......((((((.....)))))).(((((((((((.........))).))))..))))(((((.((....(((((....)))))....)).)))))...............))))))))))))..)))..)))))))))))))).....(((((((....)))))))......................))))).........((((....)))).....((((((((............))))))))(((((.((((............)))))))))..............(((((........))))))))))))))).)).))))).(((((((.(......)))).)))).............))))))))))).).))))))))..)...((((((........))))))..))))))))))))))))))))..........)))))))))))))))))))))))).))))))))).))))).)))))))))))))..))))))))))..)))))))))))))))))).)))).))))).))))))))))))).)))))))))))))))))..)).)))))))).)))..))))).)))))))))))))))).)))))))))))..)))).)))).)))))))))))))))))))).)))))))))))).)))))))..)))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))).)))).)))..)))).)))))).......)))))))))))))))..))))))..)))))))).........))).))))))....))).)))))).....((((((((.(((((((.....)).)))))..(((((.(..(((........)))..))))))......(((((......)))))............))))...))))((((........)))).(((.....))).......((((....))))))))))))..)))....((((....))))))))).)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((((.(((.,.(((((...))))).(((((((((((....)))))))))))...........(((((((((((((({,{,,,,..,,,,,,((((,{{{..{{|,,,,,}}})))))))},,),},.........,)),))))))))))).....,,},.))).))))))))(((.(.((({((((((((.,((((((((((((...((((.(((...)))))))...))))))....)))))).,.....((((,.(({.....))}))))).}.))))))))(((((((.(((((.((((((..{(.....)}))))))..)))))((((((.........(((((,...,,)))},},)))))).(((((.(((..{,....}}..))}))))),........|.(((((((((..({(({{((((....)))).}})),.))))))))).))))))){{(..((((((((.{(((((((,..}}))),.,||||,(((((((((.(((.......)))...))))).)))).((((((.(((...((((((.((({((...(((((((({(((((...{{{,((((((((((.,,.}}})))...........,|}}.}}),,(((((.(.(({..||({.((((.({.((.....)).}}.))})|,))|...})).).))))){((((({{,(({{,,..,,,,,}||}((({{(((((......))))}.,)))),.,,.|,{|||{{,,,,,,,.}}}}}},},,|||{(,,,,,.,..,))),,})}|},}}}}}}}}.(((((..((((....))))..)}}||(((({........))))))))})}))),,,....((({{(((((.(((((({.(((((...((((((({...})))))))))))).},...{{{(({.((((..{(((..(((.,.{{{..(((((((.(((({....})))).))))))).))).))).}.)))}.......,(((((,,{,.{{{{(({{{.....,,}))))))}}))))))}.)))))),,{{{{.{({{{{,((((.(((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((..(((((((.((((((..((((((.((((((((((((((((((((.((((.((((..(((((((((((.(((((((((((((((((((((..(((.(((((((({{.({(((((((((((((((((.(((((((((((((.(((((.((((.((((((((((((((((((.,((((((((((..(((((((((((((.(((((.(((((((((.((,{(((((((((((((((((((((.,,{((((....,,,,,((((((,....(({({.......))))},.}}}}},...,,...))))}},.{{((((((((((((((((((,,{{,{,,..((((..(((....,,|||...}}))|,,((((((((..(.(((((((((((..................((((((.(,{((((.......)))))).))))))(((((.(,((((((((((....(((((((.......))))))}.......{{{{{{,...,{,..((((((((((((((.....(((..{({{.......,,,,,{{{{....,.((((({.....,})))).{((((((((((.,.......))).)))},.}))}(((({,((....(((({....}))))....,}.)))))......{|{......)))}},,))))...)))..)))))))))))))).,...(((((((....))))))).........,,.,{{{.......,}}}.,,,,,...((((....))))...,,((((((((............))))))))}}|{|,{{||,......|||{,||,...}}}},,,..........|{|||.......}))))))))))))))).)).))))).(((((((.(......)))).)))).............))))))))))).).))))))))..,...((((((........))))))..}))))))))))))))))))).}}})),}}.)))))))))))))))))))))))).))))))))).))))).)))))))))))))..)))))))))),.)))))))))))))))))).)))).))))).))))))))))))).)))))))))))))))))}})).}))))))).)))..)))))))))))))))))))))).)))))))))))..)))).)))).)))))))))))))))))))).)))))))))))).)))))))..)))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))).)))).,},},},}},}}))}}.......)))))))))))))))..))))))..))))))))....}}}},,}).))))))....))).)))))).....||||||{,.(((((({.....}}.)))))..(((((..{,{{{........}})}.,))))).......,{{{,{,,,,|}}}}|,....,.,,{||}},...,,},{{{{..,.,...})))|{{,.....}},.......{(((....))))))))))))..)))...{((({....})))))))).)))