Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr13_0102100

Sequence Length

633 nt

GC Content

0.4060

AGUUGCAAGCCAAAGCCAACACAACUUUUCCUAAUGAUAUCAGAUCUGCUUGCUGGUACUGGGCCAUUAAUGCCAAUGGAUUAUUAUUUUGACUGUUAUCAAAUGUUAAAACAUCAAAAACUCCAACACAAUUUACUCGCAACCUUGUUUUGCCAGUUAUCAGAAUCUUUGUUGGAUCCAUAACUCGACAUGCCAAACCUGCUGUAUGAAUGGUACGCAAUGCAGAACUUAGUUGGACAAUAUAUGCCCAAAUAAGAGAUUCUGGCAAUAAUCCAGCAUGCUGCCUGGGCAAUGGUCCCUCGUGCUGACCCCACUUUCUCUUGGUGAAGUAGGCAUCAGCAUUAGGGUCAUUAAAGUGUCUGCUCAUCAUAGUUUCUCCUCCAGCAUGGAAAUCAUAUGCAAACACAAGAGAGGGCUCAGCAAAUGCUUUAGUGGUAAAUACUUCACGCAAAGUUACGAUAUUUGAGUGUUGAAUUUUCUUCCACAUGUCGACCAACACCAUGCACUUUGUGUUAACAAGACGAAAACCAUGUAUCCUCCGAAGGCAAUAUGGCAGAUCAUCUUUGCUGUUUACAGCUUUGUAGCAAGAUGUAAUAUAUCCAAAAUUACUUGAUUUCUGUAUCCGGUUGGGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-147.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -161.98

Frequency: 0.0000

Diversity: 140.33

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((...((....)).....)))))((.((((((((((.(((((((((.(((((((..(((.(((((......))))).......((((((.((((............))))))))))..(((((((..(((((((.((((.......)))).))).....))))...)))))))........((((((((.......(((.((((.....)))))))..(((((((((.((((((...(((.((((..(((.....)))..))))))).))))))..(((.....)))(((((.((((.(((((((..(((((((........))))).))..))))))).))))))))).)))).)))))....((((.....(((........))).....)))).........(((((((.((((((...(((((.((((........))))..))))).............)))))).)))))))...)))))))))))..)))).))).(((((....)))))........(((((..(((....)))..)))))))))).((((((.(((....(((....)))))))))))).........(((......)))...))))))))..))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((...((....)).....))))){((((((((((((.(((((((({.(((((((..(((.(((((......))))).......{(((((.((((.......,.,,.)))))))))}..(((((((..(((((((.((((.......)))).))).....)))}...)))))))........(((((((({{,..{{{((.(((({..{{|,,.,...{{(((((((((.((((.((.....)).)))}.))))...))))),)}.....))),)}}}).))..})},,,|||.((((.(((((((..((((((({.......))))).))..))))))).))))}|||((((((((.((((......,,((((((.....(((((,......)))))........)}))}}}}}.)))).))))))))|||{..,,,.,.,(((,{{(({{......,})),.))),,)}}}}}.......)))))))))))..)))).))).(((((.,..,,)),}}},,..,(((((..(((....)))..))))))))))}|((({{{((({...,{{....,))))))))))|,........,,,.,,,..,,}...,)))))))..))))))))