Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr13_0121400

Sequence Length

1195 nt

GC Content

0.3289

AUACUUCUAAGAUGCUAGUUACACAAGUAUUUUCACUUUGUGUGAAGUCAUAUAGAGCUAAAGACAUAAGUUUUACACUUUCCUGAAUGUAUGUUAUACUUCAACAAAAAGCUUAACAAAACAGAUAACAAGAAAAGCUCCAGACAUUUACAUUUUUUAAAGCACUUCUUAAUAAUCAAUGAAUCAAAAGAAAACAAGCGUAGGAUCAACAAAGUCAAAAAUCACAGGUCAAUCUUAUAAAUUUGAUAAUAUAACAUUUGAAAAUGUAGAUAAAGCUGAGAAACUACAUCUUAUUACCAAAACUAACUCAAGAAAGAAAAAAAUGAUUAAGAAACAAAAUCAAUCAUUAACAGAUCUUUCCACAAGGAAAAAUAUCCAAGUCUAGAUGGCUUUACUAGUGAGUCCUGUCAAAUAAAGGAAGAAAUAUUUCCCAUGUCAUACAAAUAGUUCCAAGAAAUGAAAAACAAGGGAAUCCUUCCCAACUAGUUUUAAGCAACUAAUUAGCAUAACUCUGACAACAAAACCCAAUGAGAACUAUCAGAGGCCAGGCACAAUGGCUCCUGUCUGUGAUCCCAGCACUUUGGAAGGCUGAGGCAGUAAGACUGCUUAAAGCCAGGAGUUCAAGACCAGCCAGGGCAACAAAGCGAGAUCUUGCCCCUACAAAAAAAUUAAAAUGAAUAAAAAAUUAGCCAAGUUGAGGUGACAAGAUCACUUGAGGCCAGGAGUUCAAGGAUGCAGUGAGCUAUGAUUGUGCCACUGCACUCCAGCCUAGGCAACACAGUGAGAGUCUGUAUCUGAAAAAGGAAAAGAAAAAAGAAAAGAACAAUCAGAGAAAAUAAAUCACAGACAAAUCUUAAUCAUAAAUGCAAAACUCCUAAACAAAAUAUUAGGAAACCAAAUGCAGCAAUAUAUUCAUAAGUGUUUAUCCCGGGAAGGCAAGGUUAAAUUCAUCACAUCAACAGGCUUAAAAAGAAAAUCAUAUUUAAAUUAUAUACUAAACAGAUUUUUUCAAAUCUCAAUAAAUUAAGAAAAAUUUGGUAAAUUCAACAACUCAUGACUGUAAAACAAAAACGAAACAAGAAACAAGUUUAGUAAACUAAGAAUUGGGUGAAAGUUUCCUUUAUCUGAGAUAAGUAGGAUGCUAUAAACACCCUACAGCAUAAAUAAUGUUUACUGACAAUCCAUUAAAAGCUUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-209.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -235.09

Frequency: 0.0000

Diversity: 340.53

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((...((.(((((((.((...)).)))))))((((.....))))))...)))((((((..........((((((((...((.(((.(((.(((((..(((.......)))..))))).....(((...(((((..(((..(((...........)))..)))..)))))....)))...................(((.....(((.(((...(((((........(((((..........))))).........)))))...))).)))...)))((((.......)))).((((((((..........((((((....(((((((.............)))))))......)))))).....(((......)))(((((.....)))))......((((.(((((.........(((.......(((((.(((...........................))).))))).(((((((..((((((..........)))))).....((((((......................))))))(((((((.....(((((((((((((((((....((((((((..((((((((..((((((((((((...(((.((.(((...)))...))..)))....)))).)).)))))).)))...........................)))))...))))))))....))))))...))).))))))))...((((((((((.((.........))))))))).))).)))).)))(((((.((((..((((((.(((((............................)))))...........))))))................((((....((((((........)))))).......)))).........))))..)))))......)))))))..........))).........)))))))))...((((((((.......................))))))))........................)))))))).....)))..))).)).))))))))......................(((((((((........(((((..(((.(((((((((...)))))..)))).))).....)))))...............)))))))))............))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(({.,,,,,,,{(({{.,({{({{{{(|......}|}}}))))))}}.,,))){(((((.,{{{{....|||||{({,{{{{.(({,(((,(((((..(({.......}))..))))}..,,,,,,...,{{{{,|{{(,,((,.((((((({{{{{|,,|,,..|{{||.....,,...,......,})},..,,{{.(((((((..((...{{........,,..))..)))))))...,))),,.........}))))))))))))))...,}||{|{.......)))},,{{,,,,...........((((((....(((((((..,,.......},)))))))......)))))).....(((......))){{{{{,.,..}}}}},.,,.,|{{{,((({{........|{{{,......{((((.(((,.,........,,.......,}}....})).))))}.{{{|||{..,(((((......,}}}).,,,}.....((((((......................))))))(((((((....,{((((((((((((((((....(((((({{..((((,(((({((.,,|}}}))}..}|||.{(.{{{...,}}..,}}.{|||,,...,,,..,.}}))))}),,...............,..........,}}}}}...}}))))))....))))))...)))}})))))}},..((((((((((.((.........))))))))).))).)))).))).,{{,.|{(({,((((((.(((((............................))))).........,,))))))...}}}},........{(((....((((((........)))))).......)))}....,,,.,,,}...))))},.....)))}}))...||,....,}}.,,.,.,,.}}}))))},....,,,,,||.,.|,,........,..,,,,,{{{{{{|||..|||,,.......,,..}},,,,))))}}},..,,........,,},.|||},,,}....................||||{|||,,|,..,...,(((((..{({.((({{((((...))))),.|))).})}.....)))))}}},||,|......|}}|},,}}},...........))))))