Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr13_0131400

Sequence Length

928 nt

GC Content

0.3588

GUAAUCUUUUACUGUUUCUACAUAUCUUUUCAAAAGAACCAUAAUCAAAAUUGAGCUAAAAUAGGGAAAAAAAUGUACAGGGUAGAAAUACAGUAUUUCUUACAAAUGAAAAUUUUUGUAACAGACUAAGUGCAUAUUGGACAUAAUGUUCCGCACUAUAGCUCAUUUCAGGGAUAGACAUUAUAGCCUGUCGGCACUACUCUAUGUUGUAACCAGGGGUCAUACUCAAACCACGAAAAACAGUCAUCAUUUAUCUUGGUUAUUUAGUUUUGGAGACUAACUUCCUCACUCUGAGUCAGAAAUAGGAACUGGUAGGGAUAGUCUCCACACUAAUCUUUGGCAGUUUAUUCCUUACUGAAAAUUAGCUGAAUGAAAUCCUGAAUAAGCAAUUCAUCUCUGGAUUUAUUCCUUCCAGCAUUUAUUGAGCAUCUACUAUAUGCAAAGGUCUGUAAUAGAUGCAGAAAAUAUACCAGUGAAUACAAAAAUACUGCAUUAUACAUCUUACAUUGUAGCAAGGUUAAACAGAUAUUCAUAAGUAAACAACUAUUUGCAACAAUGAGAAAUUCUACAAAAGAGAAAACGAGGAUGCUAUUGGUGCAUAUAAUCUUAUCAGGAGAGGCCAUGAAAUAACUGAAAAAAUAAUAUUUCGGCUGAGAUCAUUAGGAUGAAAAGAAAGUAUCCAGAGGAAGAUGAACGAGAAAUGAAGAGGAGAAAUUAAAGCAGAAAUAACAGGGUCACCAAAUGAAUAAGCUCUAAUAAGAUACGAUAUAAGAUGGCUAGUGUGUUUGCAGUAUAGAUAGCAAAGUGGAGAGAGGAGCGAGUAAUGAAUGCAACAGUAGCAGGAGAUGAGACUCAUUGGAGAUCAUGCAAGGGCUCAGAAGUCACAUUAAGAAUUUCCAGCCUUGGCUGGGCGUGGUGGCUCAUGCCU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-188.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -212.69

Frequency: 0.0000

Diversity: 248.40

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.........((((((((((((((((.(((((.............(((....)))...........)))))..)))).....))))))..))))))....(((((((........)))))))....((((((((((((((....))))))...))))).)))((((((((...(((((.(......).))))).((.((.((((((.((((........((((((((((((((((.......(((((((...((((.........((((..(((((((((.((((((...((((...))))...))))........)).))))))))).))))((((((((.(((((((((..............(((........((((..........(((((((((((((...(((.(((....((((((((.(((((((.((((.((....)).)))).)))))))...........))))))))..........(((((((((((((((.((((((.((((((((......................))))..)))).)))))).....((((.......))))....)))))).)).)))))))....((((((....((..((((..((((((.............))))))))))....))..)))))))))..)))...)))))))....))))))............))))........)))..........((....))....))))))))))))..)))))..))))...))))))).))).))))).))))).))).)))).))))))..))..))..........(((.......))).)))))))).(((....))).....((.((((((..((((((.......).))))).)))))).)).((((((((....))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

{...{(({((((((((,{,.,...(((((,,.,}})}........,..,,.(((((((.....,{{{{....((({,(,.,{{{{{{{({..,}}}}}}|((((((........)))))),...}}}.,||||,}.}}|,|||,..,,)))),,.,}.))))))).},,,{{,{{{,.,..,,,.,||}}||,,{.((.((((((.{(((..,,...,{(((((((((((((((.......(((((((.,.((((........,((((..(((((((((..{((((.{{(,,,,,{|,,,...,,)},||}}}}})}}))))))))).))))|{({((((.(((((((((.,..,,,.......(((.,,,....((((..........(((((((((((((.,.(((.{{{,.{.(((({(({.(((((((.((((.((....)).)))).)))))))...........}}}}}}}}......,,,.((((((({(((((((.((((((.((((({{{.......{........}}....,}}}.,)))).)))))).....{(((.,....}))},....)))))).)),})))))),,,.{(((({....{|..((((..((((((.............))))))))))....}}..))))))},,..)}}...)))))))},.,}))))).......,....))))...,,,..)))..........{(....)).,..)))))))))))),.,)))}..))))...))))))).))).))))).))))).))).))),.)))))),.)),.}},,}}},,}..,},}))))))).}}}}.((((..(((....))).))}}((.{(((((..((((((.......),})))).)))))).)),((((((({....})))))))