Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr14_0144600

Sequence Length

2484 nt

GC Content

0.3792

UCCUCAUCAUCAUCGAGCUCAGCCAAUAGAGUACUGGCACGGCAGCUAUCAAGGAAAUCUUGAAAACAAAACCCACAACCUUAUGUCAACACAAUUAAGAAAGCAUAACAAAGGAACUUUGCAUUUUAGGUUUUUACAAAACAAAAGUAAAAUUCAAAAGGGACAACUGUUGCGUUCUGCCACCACAUACAAGAUGAGCACAGACACAAGCAUGACAAAAACAAGUGAUAAAGGACAACCAUAAACUAAACCUGAAUUACAAAAUCAUAAUAUAAAUGGAUAACCAUGUGGGGCUAUUUAAAAAACAAUAACCAAAAAAACAAACCUUUACAACAUGUAAAAGAUCUUACGAGGAAAAACAGAAUUAAGUCAAUCAGUGAAAAACGGGGCUUAGAUAUGUGACCUGGUAGGUUACUUAAAAACAAUGACUACUUAAGAUAAUGCCUAUUUACUACGGAAUAAUGUAUGUGGCAUCUUUCAUGUUAUCCAUAUUAUCUAGCACAUAAGGAAGUUCAAAACAACUUGCAUCAUUUUUAUCUCCUUCCUUCUUAUAAUCUCUUGCCUUCGAUGGAGACUGGGUCAAAUUACAUUGUCCUGCAUAAAUGAAGAUGCUGACAAACUGUUCUUCAUAAAAACUGAAAAAAAGAGGACUAAAGGGAUUAUAACAGAAGUUUUUACUGGAUCUGGAAAAAAUAGUAAAAUAUAAUAUCAGAAUUGCACAAAGGAUAGAAAACAAAAUACUUUAUAUUCCUGAAGAACAUCCAGAAGACAAUUUAUAAUUGCUCAGAAACUUACACCUGCAGACCACUGAACCAAAUGGUUUUUAGUCCAAUAAUUACACAGGACUAAAUAUUCAGUGCCUUUUACUGGAUGGCCAGUAGAAGAGGCCUGCCAUUAUAUUUCAUUAGUUUCUAAGGGUCCACAUUUUUUUGCUGUUAUCAACUUUCUCAGGUUGAAAGGUCUACAUUUUUAAAACAUUGUAAUGCUUUGAAAUCGGAAUGUAUCUUACAAACAAUGGCAAGUCAGAAUUAAAUUGCAACAUUUUUAACCUUAGUAACAGAAAAAAAAUGGUGUGUCUUAACACUCAACAGCAUCUUAAAUUUGAUAAAAUAUGUUACCCUUUAACACUUGUAAGGAGCCACCUGCAAUUUAGGAACUGGUUGUGAUUAACAUGAUGUGGUGGUACACAAAAUAAACCAGUUCCACUUUGAUUUGUCUUUUAAAGAACAUAAUCUAACUUCAUAUAUUGAAAUUCUAUCUCCGGUAUGUUACAACUGACUGAUGUCCCUUUUUUUUUCUCAUCUUCCCUUUUUUACCAGCAUUAAAAAGCUCUGUAUUUCACAGAUUUGACCACAUCAUAGAAUAAAAUGUCUCUUCAAAACACAACAUGGUAUAGUAUUCGUGCCUGCGGUAAGAGAAAAACCACAAAACACAGUAAAAGCUUGCACAGCAUACACAAAUGGUAUAAACUGAUGUUACUCUGAUCCUUCACCCCAGCAGUCUUAAAGUAUCUACCAGCUUUAAGAAUAUAAAAAAGAAAAUCUUCUAUCAUAUGUUCUCACUUAUAAGUAGGAGCUAAACCUUGGGUACACAUGGACAUCAAGAUGGGAACAGUAGACACUAGCGACUCCAAAAGGAGUGCAAGAGUGGGCAAGGGCUGAAAACUUCCUAUUGGGUACUAUGUUCACCAUUUGAGUGAUAAGAUCAAUAGAAGUCCAAAUCUCAGCAUCACACAAUAUACCCCUGUGACAAACCUGCACAUAUAUCCCCUGAAUCUAAAAUAAAAAUUAUAUUAAUUUUUUUCAUCAUCUAACAAUAAAUUUUUUUUUUUUUUUUGAGAUGGAGUCUCGCUCUGUCACCCAGGCUGGAGUGCAAUGGCACAAUCUUGGCUCACUGUAACCUACACCUCCCGGGUUAAAGAGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGAGAAGCUGGGACUACAGGGAUCCGCCACCACACCCGGUUAGUUUUUGUAUUUUUUAGUAGAGACAGGUUUCGCCAUAUUGGCCAGGCUAGUCUCGAACUCCUGACCUUGUGAUCUGCCCACCUUGGCCUCCCAAAAUGCUGGGAUUAUAGGCGUGAGCCACUGUGCCCGGCCAACAAUAAAUUUUUUUAAGGCUAGUCAAACCUAACAACAAAAUUUAAAAGUCAAUCAGUAGUUCUAACUUUUUUUUUUUUUUUUUUGAGACAGAGUCUUGCCCUGUUGCCCAGGCUAGAAUGCAAAUGGCACAAUCGUGGCUCAAUGCAACCUCCGCCUCCCAGGUUCAAAAGAUUCUGGUGCCUUAGCCUCCUAUGCAGUUAGGACUGCAGGAGUGGGCCACCACACCUGGCUAAUUUUUUGUACUUUAGUAAAGAGGGUUUUACCAUGUUGCCCAGGCUGGUCUCACACUCCUGACCUCAGGCAAUCUGCCCGCUUCAGCCUCUCAAAGAGCUAGGAUUACAGGCGUGAGCCACAGCGCCCGGCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-555.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -609.05

Frequency: 0.0000

Diversity: 759.37

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((..........(((.((((......(((.((((((..((((((..(((((.....)))))....(((((((....((((((((...(........)...)))))....)))..((((((......((.((((((.........)))))).))....((((.....((((((((..(((((......((((.((.(((..((((((((....((((((((..(((((..(((................)))..))))).....(((.......)))..(((((.((((((((................................((((((...))))))..((((((.(((((((((.((((((..((......(((((((((((((....((((((((.....(((((((.............((((.((...(((.(((((.((.(((...........))).)))))))..(((((((((((((.......((((......(.(((((......))))).)................((((.((((((((((((((((...((.((((((((((((((((.((((((((..((((........)))).)))))..))).......(((((..(((....((((((..((((((((.....(((..((...((((((.(((((.....(((......)))....)))))..........((((((((.........(((((......))))).......(((((((((.(((.((((((..(((((((.......((((.((((((((((....))).((((((((............))))))))...)))))..((((((((((....)))))))))).)).))))..............)))))))..((.(((.(((((((((.((((((........((.((((((((((((.((((((((.....((..((...))..)).....))))))))..............((((............)))).)).)))))))))).)))))))).)))))))))((((......))))........(((........)))......(((((.....))))).......))).))....))))))..((((((((((((((((..(((...)))..))).))))......)))))))))....))).)))))))))..(((......)))...((((.....)))).))))))))))))))....))..)))......))))))))..))))))....)))..)))))....(((........)))((((.....)))))))))))).))..............)))))))).........((.(((((.......))))))).)))))))))..........((((((((....(((.....)))((((.......))))..)))).))))((((((...........))).)))..((((((........))))))((((((((....((((....))))....))))))))...))))))).)))))))).....)))))).)))))))(((..(((((((((((.(((((.(((((.(((((....)))))))....(((((.(((.........))))))))))))).)))))))).))))))..))).....)))...)).))))............(((((...........)))))..))))))).)))))))))))))..........................))))))))......))....)))))).))))))))).))))))((((((((........(((((((.(((..((((.((((.((....)))).)).))))..)))..)))...))))....))))))))((((.((((((.((....)).))))))....)))).....))).)))))...))))))))))))).......(((.(((((.(((((.((((...)))).))))).)))))..)))......)))))).))))).)).))))...(((((......))))).....(((....))).(((.(((.((.(((((...........(((((((.(((...........(((((...(((((..((..(((.......)))..)).)))))...))))).)))..)))))))...))))).)).))))))..(((.....))).....)))))..)))))))).......))))((((.(((((((((((((((.....((((.((.((((((....))))))..)).)))).....)))).))..))))))))).))))..)))))).))))))).....))))))...)))))))))......)))).))).((((...))))......(((.(((...))))))))))(..(.(((((........))))).)...)

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((..........(((.((((......(((.((((((..((((((..(((((,...,)))))....(((((((.....,((((((............}...})))},,,,{{|..|||||{.,{{,.{{,((((((.........)))))}.}).,,,((({.....((((((({..({{{{......((((.((.({,.{((((((((....{{{{{{{{..(((((..(((................)))..))))).....,,,.,,,,,,|,|,.(((((.((((((((..,,..........,,...............,((((({...}))))).}{{((((.{((({,,,(,({{,((,,(({.....(((({{.|{((((|||,|,{{{({{.,||,{{|||{{,{,{,,.......,,....,,|||,..,((((.{{.{{(,,,,......,))).}})))}}|||{{{{|||||{{{...,...{{{{.....,(,(((({......}}))).}..............,,{({{.{{{{{{,{((((((((...{,.(((({({(((((({,,....{((((..((((........)))).))))}..|||,,|,|,,.......{{{.,,.((((((..((((((((..,..(((.,((...(((((((,{(((({....{({{.,,,|||,,{..{{{,.,{{{,...,((({{,,,.........,|||.,..}}|}|,,,......,,|,,(,((({{...}})))|}},{,,.,,......,|||{..,{|||((((....)))}{(((((((............)))))))}....|||,{(((((((((((....)))))))}})}))})))..,}}}}},,,.,,,)|}}}}},{{|||,,.(((((((({.(((((({{{{{{,....|||||||(((({.{((((((({{{,.(({.,,.}}),}})),....,})))))),,,,......,,,|((((............))))..},}}}}},}}}}..})))))).,))))))))((((......))))......,,{{,.......,}}}.,,,..}}}}})}})},},,,.,{||||||.....}}))))),,..((((((((((((({({..(({...}}}.,)}).)))).....,)))))))))...,,{{{|||||||,,.}})|.,,.,,))....((((.....)))).})))}..)))))))....,,.,))}.,,,..))))))))..)))))}....,},..||||||,,,|{{.......,))|((({.....)))))})))))}.}}.............,))}}}}}}.........{{.(((((.......)))))}}.)))))))))..........,,{{{{({....{{{,,,..}))|{{{.,....}))}}..}))}.)))},,,{{(,,,,.,...,,|||,},|{(((((((........)))))))||{{{{{....((({....))))....}}}|||||.,,|}}}})),})))))}}...,.||)}}}.}}}}))},.||}|||||{{{||||{{|,|.||.((.{((((....))))))).}}||||{(||{(,{{{{{..{{{{||{{{{{{,|.||.|||||{||..,,}.)))},.}},)))}})))))).....,.)}}}}.{{{{,...........||||,{..,}}}))})))))}}}}}}}}..........{(((((({...})))))))}}}}|,.,...,....,||}}},.}))))))}}.))))))|(((({{,||||{||,{,,||||,,{||(((({.,{||,|,..,,}}}},}},}}||,,||,,.,,,.,.)))),,.,)))}}}}}||||,({((({.{,,,,,)}.))))))....})))},,,.))).)))))...)))))}}}))))),,,....{((.(((((.(((((.((({...}))).))))).)))))..)))..,}..)))))).))))}.)).)))){{{(((((......))))}.....))}.,{{|||{{(({(((.{({{,,,,....,.....,|,{||||.{{,.........,,.{(((...((((({..,......,.....)))}))..,}}}}...,,,,},|||..}))))}|,,,||}}},}},}||.,,...}}....)))))}...))))),,))))))))....||,}.(((((.((....)).})))},||.{{{((((((,.,(((((....))))))}}}((((....)))).,},))}})}.,||||},,|,,..})}}}).))))))).....))))))...)))))))))......)))).))).((({...})))......{{|{(({...})))))))))(..(.(((((........))))).}...)