Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr14_0235900

Sequence Length

1287 nt

GC Content

0.4048

UGACUCAGAACAAAGAUAAAAGUGCACAUAUGCAUUUGAUGUUCCAAAGUCAGGAUUUUUGGAGGCCAUCAAGUGCCUUAAGAUCUAAUCUCUCUUUUCUCCUACUCCAAACUUUCCAUUUUACUUCAUUUUACUAUGAAGAGGUCAAAAAUAAUAGCUGUGUUAUUUACCAAACACAGCCACACUUCCAGAUUUUGUUUUCAGUUGCAACAGAUAAUGGAAUGUUUAUGUAGAUGGAAUUUAAACACAUUGAAUAUACACAUUUAUGAAAAACAACUCAAGAAUCAUGACUUGGUGAUGCUGUCAGUUUUGUGGUGUCACAUAUAAGCUAUGAUGAUUGUUCAAAUCUAAAUUACUACAAGUAAAGAGCAAAGGAGCAGUAUCUGUCAUAGGUCCAUUCAGGUGGGGAGUGACUGUGUAACUGCUGCUGCCACACCCAGUCAUGGUGCCAUACCAGCCCAAACUUUGCGAAUUUGGUAAACUUCCUUCUCUUGAACUUCCCAGUCUUGGCAGGUCAUCAUCACUAUCAUAUCGUCUUGGAUUGUCGAAAAAGUAAGCUCUGGAACUAUAACUGUGACUAUUUAUCAUGCCAGCAGGUGCCAAAUUCUGGUUUAAUCUCUGUGCCCGGAAAAACAGUACCACCGACCAUGCUGGCACAUGUUCCCACAGAAAGAGGACCAUUCCAAAUACUAUAUACUCUUCUCCACUUAUGUCUUCUACAUGAGCCUUAUCUGAAAGAUUAUCCCAGCCAUAAUUAAAUGGACUUUCUAAUGUAUCCUGAGAUAUGGUGACCACCACCAAAUUAUAACAAGCUCUGGAAGAGUACAGAAGAAUGACUACAGAGCCCACGACGACAGUCUGGCACAGAGACAUACCACACAAUGGAGUACUAUUCAGCCAUAAGAAAGAAUGAGAUCCUGUAAUCUUUGAUUCGAGGUAGACAUUAGCUGAUGACAUUUUUGUAAUUUUGCAUAUGUAACACACUAAAGAGAUGGCACAAAGAAUAAACAGGCUAUCAUUAAUUAAUGCUCGAACAAACACAGUCCACUUCAACUGAUUUUCUGGGACAUCUCCAUGAACUAGCAUUGCGCAAGUCAAGUUCACCACUAAAAAGAGCAGGCUUGCCAUUAUAAAGCCCAAAUGCAGUAGAAUUUUGUGUCUGUCAAGUUCAGUGGCACAUCUGACUUUACAUAUAACCUCCGCCAGGUAGAGGUUGAGGAGACAGAGCGUGGAGAACUGGAGACAGGAGGGGAAGCAGUAGAGCAGCCAGUGGGGGAAGAAGUGCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-311.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -336.70

Frequency: 0.0000

Diversity: 399.12

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(...((........))....).(((((....((((((((((((((((((.......))))))))..))))))))))....((((...))))...((((((((((((.....((((.(......((((((......))))))...............((((((((........))))))))....(((((...((((((((((((((....((.....))((((((.(((((.((((...........))))..))))).))))))............(((((((((((((((.((((.((((.(....((((((((((((((((.....)))).))))................))))))))...).))))..(((((((((..((.(((((...(((((.......))))).)))))))..))))))).)).)))).)))))))))((((.....((.........)).....))))...........))))))...((((((.....(((((((.((((..((.((..........(((((((((.....((..((((((.........(((((......(((..(((((((((((((....((((((..............)))))).....)))))........)))))))).)))....))))).....(((....)))..........(((((((((...(((((((.....)))))))...(((((((.(.((((....((((((......)))).))...)))).).))...)))))(((((.....)))))................)))))))))..............))))))..))..)))))))))(((...(((...(((..((...))..)))...))).)))....)).)).)))))).)))))....((((.((((((((..((((..((.(((.(((....))).)))..))..)))).))..........((((((...............))))))...........))))))))))..((((........)))).....))))))...(((((((.(((.((((((((((((((..((((...........)))).))))))).........))...))))))))...........((((((((((.(((........))))))).........((((.(((.......))).)))).)))))).)))))))))))))))))))))..)))))..).)))).....)))))))))))).))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

(...((........))....).(((((....(((((((((({(((((((.......)))))))}..))))))))))....((({...})))...((((((((((((.....((((,{,,{,..((((((......)))))),||,...........((((((((........))))))))....,(((({..,((((((,,,,,,...}}}}}}...))|||(((,(,((({((((,.,,,,,,...,,))},)),,,.,)))))}||,...,|,..|||.{,{{,{((({{|(((({(((({,((,,,,{({(|||||}}|,,..,.{{{{{{{{(((((((...,{,...{((({...))))},,),....,}||||||,,,.|}|||}}.|{{{{...,}}}}|||}}|||{|{||..||||||||}|,.}}}|.}}}}}})}|{,,.,,{{{{{,,,....,,}|,...,))))}..{{{{{{{({{{{{...,{{((({,..,,((((({{.{{{{,.,,.{{.,....||,||((((((((.....((..((((((,..,,....(((((......,,,..(((((((((((((....{(((((,........,,.,.}))))).....)))))........)))))))).,}),...)))))....,|{,....}}}..........,,{{{{(((..,((({(((,,,,.}}}}}}|,,,{({({{,.{|{{{{....{{((((......)))).|}...|,}},|,||.,,})}}}(((((.....)))))...........{|||||}}}}}}},,|,..,..}}....))))))..}}..))))))))}{{{...|{{,,.{,({,,....})}.)),,,.}}}.)})},.,)}.,),}}}}}}.}}})}..,,{(((.(((((({{..{(((..({.(({.(((....}}}.,}}..))..)))).,,........,.((((((.{............})))))).},......,,))))))))}}..{{((,,......}}}}.....}}}))},.{{{{{{{{.{{{.(({{({,(((((((..((((...........)))).))))))),........}}...}))))}))......|||{|{{{({.{((,{(((.,...,..))))))}.}}...,,{((((.((,..}}.}})))})})))))))}),}))))))))))))))))))))}}))))),.},}),),....)))))))))))).))))).