Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr14_0236000

Sequence Length

758 nt

GC Content

0.3931

GUUUUUUAUUGCCUAGCUCCACCUUCCCAUCCUUGUAUCCUUUUAGGCCUACCUUCAAACUUACGGUUUAGUUAUUCUGAAUUAUUAUUUCAUUUUACUUUUUAUUGAAGGAGUCUCACUCUGUUACCCAGGCUGGAGUGCACUGGCACGAUCUUGGCUCACUGCAACAUCCACCUCCAUGGUUCAAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCCUCUCGAGUAGCUGGAACUACAGGCGUGUGCCACCAUGCCCAGUUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAAAAGGGUUUCACCAUGCUGGCCAGGCUGGUCUCGAGCUCCUGACCUCAAAUGAUCUGCCAGCCUCAGCCUCCCAAAGUACUGGGAUUAUAGGCAUGAGCCACUGCACUUGGCCUGGUCAUUCUGAAUUAUUUACAACUCUUCAAAUAGGUGGUUCAAUUUUAUAUCUCUGUGCCUUUGUACAUAUUUUUACUUUGCUUAGACUAUGUUUUAUGGCCAGAUAACAAAUUCCAACUCAUCCUUCCAGACAUUACUAGAAUGUCAUUCUUUAUAUUGUUAGGUUAAGUGUCUCAGGGAGAGAGAAAACUCUUUUUAUCCUUGCAUUAUUAAUCAUAAUCUAUAUCAUUUAUUUACAUAUUUAUUUCUCUCUUAAGAAAGACCAUAACUUACUCAGAUAUAGAGCCCAAUACCUACCAUAAUGCCUAGUUCACAGUAGGUUUUCAGACAGUGUUUGAAUAAAUGAGCAGUGAAUUAAGGUCAAAGAAAGU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-169.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -184.24

Frequency: 0.0000

Diversity: 226.52

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((((..((((..(((((((((..........(((.......(((....))).......)))(((((((.....))))))).....((((.............))))(((((...))))).......))).)))))).....)))).((((((((.(((((((..............((((((.(((.((((....((....)).....)))).))).))))))..(((.((((((......((((((....((((.((((...)))).))))((......)).....(((.((((((((.(((((........)))....))...))))))))..))).........))))))......)))))).)))...(((((((((((((.((...(((((((((((............)))))))))))..........((((.(((.....(((((.(((..........))).))))).....))))))).........................((((((.....))))))...........)))))))))))))))..((((((((((((....))))))..)))))).....................(((((((((((.(((((..(((((......)))))......((((((((..((..(((.((.................)))))..))..)))))))).......))))).)))))))))))))))))).))))))))))))))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

.,{((({..{(((..(((((((((.........,(((.......(((....|||,,{,...,},|{({(((.....})))}},.....||||.............})))||{|{...}}}},.......))).)))))),,,.,}}}}.((((((((.(((((((.......,,,....{((({{.,((,,,,{...,{{.,,,||.....}})}.)))})||||,..((({((.,,,..}}}}||.|||....((((.((({...}))).)))}{(,,....))..{{{(({.((((((((...((,....,|..,,}....}},}.))))))))||))|(((((......))))}.....)))})),)))..,|||{{{|||||||.{{...{((({{{{{{{............}))))))}})}..........((((.(((.....(((((.(((..........))).))))).....)))))))......,..................((((((.....)))))).......,.,.}}}}}|||||}}}}}..((((((((((({...,))))}}..)))))).,,,,{.....,}}},.....(((((((({{{.{{{{,..{{(((......}))))},....{(((((((..((..(((.((.................)))))..))..)))))))}.,,,,,,,}})),)))))))))))))))))).)))))))),,}))}},.