Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr16_0039000

Sequence Length

484 nt

GC Content

0.4504

ACUAUCUCUACGAAAAGUAAAAAUAAAAAAAUUAGCCAGUCAUGAUGGCUCGCACCUGUAGUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGGUGGCAGGAUUGCUCAAGGCCAGGAGGUGGAGGCUGCAAAGAGCCGUCAUUGUGUCACUGCACUCCAGCCUGGGCAACAGAGUCAGACCCUAUAAAAAGAAAAAAAAAAAAAUAGGCUGAAGGAAAAAAUUAAAAAAUAAAAAGGCUGACAUGACAAAGCAUUAGUAAGCAUGAAAUCUGGGUGAUGAGAUUAUUGAGUUUUAUUAUAUUAAUCUUUCUAUGUCACUCCAUCCAGGCUGGAGUGUAAUGGCGCCAUCUCAGUGCACUGCAACCUCUGCCUCCUGUAUUCUAGCAAUUCUCCUGCCUCACCCUCCCAAGUAGCUGGGAUUACAGGCGUGUGCUGCCCGGCUAAUUUUUGUAUUGUUAGUGGAGACAGGGUUUCACCAUGUAGGCCAGGCUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-197.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -203.99

Frequency: 0.0000

Diversity: 38.74

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((.(((((((......(((.((((.(((((((((((.((......(((.(((.((((((((((((((((((.((((((.((((((((.(((((((((..(((.(((((((((((((.((((....((.(..((.((((((.((((((((((((((((........((((..(((((..................))))))))).......................((.(((((((..((((.(((((((...((((((.((.((((((...)))))).))))))))..))))))))))).)))))))..)).)))))))))))))))).)))))).))..).))....)))).)))))))))))))...)))))))))))).)))))))).)))))).)))))))))))))))))).))).)))))..))))))))))).)))).)))))))))).))(((((..((.....))..))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

.({.(((((((......{{,.((((.(((((((((((.(.,.....(((.(((.((((((((((((((((((.((((((.((((((((.(((((((((..{{,.(((((((((((((.((((..,.((.(..{{.((((((.((((((((((((((({........((((..(((((..................))))))))).......................((.(((((((..((((.(((((((...((((((.((.((((((...)))))).))))))))..))))))))))).))))))).,)}.}))))))))))))))).)))))).)}..).)).}..)))).)))))))))))))...),,))))))))).)))))))).)))))).)))))))))))))))))).))).)))),}.))))))))))).)))).,},))))))).}}(((((..((.....))..})))).