Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr16_0275400

Sequence Length

885 nt

GC Content

0.3966

CUAGUGAUCCACCUGCCUCGGCCUCCCCAAGUGCUGGGAUUACAAGCGUGAGCCACCGUGCCCGGCCUGUAUUAAAUUUUAAAUGAGCAUAUAUUUUAUUCAUAAAUAUAAUACGGCCAUAUUUGUUUGUCAGAAAAACGGCUAUUUGGCCACUGUAAUCUUUCUCCAGAGUCUCCCCAGAAGGAAAGUCAGUCCAGAAAGAACAUCUUUUAGCCUAGCAAAUAUAACUCAAUGCACAAGUGUAGUCACAUCAACAAGCCCCCAAAACAACAGAGGCUCUCUAGUUUUGAGUUUAUGCUCUUUGCACUCUCUAGUACCUAACUGAAUAGACUUGUCUAAUCAUCACUAGGUGUAUGGUAUCUGCAAAACAAGCCCCAAAAGUCUCAUACCUUCACAACAGGAUGUCCCCCAGUAGAUGCUUUUACUGCCCCUCGGCUACCUUCAGUUUCAUAAUGGGCUCGAUGAUGAGUUUUAGGUUGCACUUCUAUUUUCAGUUCACAUUGUCCAAAAUGAGCUGGUAAAGGCCAGUCUAGUGGAGGUAAUGAAGAUGUGCUACAAACAAAACACACAAAGAUGCAUGUCACCAUGCUAUUAUUGCCAAGCAAUGAUUCAAAUGGCUUCUUUGCCAGCACCAACAUUUCUUCCUUUGAUCUUUGAAACAAUGUAUUACAAAAUAAAACUUCAUUUAGUAAGUUACAAUUCUGGUUAUGGUGAGUGCUUAAUAAAUAAUUAUUUCAUCUUUAGAAUAAAAUCUAUUUUAUUUCCCAAAGGUGGUACAUGCUUAAAGAUAAAUAAAUUUUAGAAAAUAAAAAUAAAGGCCAGGUGCGGUGGCUCAUGCCUGUAAUCCUAGCACUUUGGGAGGCCGAGGUGGGCAGAUUACCUGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-269.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -286.06

Frequency: 0.0000

Diversity: 185.74

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...((((((..((((((((((((((((.((((((((((((((((.(((((((((((((((((.(((((((((((.((((...(((((...........))))))))).))))))(((((.((((((((.......))))))..)).))))).......(((((((.(.((.(.(((......))).).)).)...)))))))..((((((.(((..((((..(((((((...........(((((.((((((...((((...((((((...((((...)))).)))))).))))..(((.((((((....(((.((((((..(((.((((....)))).)))....))))))..)))....))))))...)))..........((((((((((((....((......))(((((((....)))))))......((((....((((((.(((..(((((....(((((((...((((.......))))..))))..)))....)))))..)))))))))....))))......)))))))).)))).)))))))))))...........((((((((((((....))))).((((((((...)))))))).....((((......)))).....................)))))))......((((((((.((((........)))).))))..)))).....))))))).....))))...............((((((((.((((((((....))))))))...)))))))).....))).)))))).......(((((.....)))))....))))).))))))))))))))))).)))))))))))))))).))))))))))))))))..)))))).....

Thermodynamic Ensemble Prediction

...((((((..((((((((((((((((.((((((((((((((((.(((((((((((((((((.(((((((((((.((((...(((({.,,,....,}}))}}})))).))))))(((((.{,((((((.......))))))..},.)))))...{,..(((((((.,.((.{.({{......))).).}).}...))))))),,{(((({.(((...(((......,,,,,,,||....,(((((.{{{{{{....{((,..{{{{{{...{{{|,,,}}}}.))})))})}},.,|||.{{((((..,.(((.{(((((..(((.((((....)))).)))....}))))}..})}....})))}}...|||..........((((((((((((....((.....,},(((((((....)))))))......((((....{((({{((((..(((((..,,(({((((...{(((.......}}})..}}})..))),,,,)))))..)))))))))....)))),},...)))))))),,))).))))))))}}}..................(((({,,,,|||||,((((((((...)))))))}.....{(((......)))),.,||,,|||,.,......,},...,,}},....{{{,{{{{.{{{{........}}}}.)))),,),},.....))},})))}))))))..,{{,,....,}}},{(((((((.((((((({....})))))))...)))))))}.....))).)))))).......{((({.....}})}}....))))).))))))))))))))))).)))))))))))))))).))))))))))))))))..)))))).....