Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr16_0275500

Sequence Length

836 nt

GC Content

0.3840

UGCUGGGAUUACAAGCGUGAGCCACCGUGCCCGGCCUGUAUUAAAUUUUAAAUGAGCAUAUAUUUUAUUCAUAAAUAUAAUACGGCCAUAUUUGUUUGUCAGAAAAACGGCUAUUUGGCCACUGUAAUCUUUCUCCAGAGUCUCCCCAGAAGGAAAGUCAGUCCAGAAAGAACAUCUUUUAGCCUAGCAAAUAUAACUCAAUGCACAAGUGUAGUCACAUCAACAAGCCCCCAAAACAACAGAGGCUCUCUAGUUUUGAGUUUAUGCUCUUUGCACUCUCUAGUACCUAACUGAAUAGACUUGUCUAAUCAUCACUAGGUGUAUGGUAUCUGCAAAACAAGCCCCAAAAGUCUCAUACCUUCACAACAGGAUGUCCCCCAGUAGAUGCUUUUACUGCCCCUCGGCUACCUUCAGUUUCAUAAUGGGCUCGAUGAUGAGUUUUAGGUUGCACUUCUAUUUUCAGUUCACAUUGUCCAAAAUGAGCUGGUAAAGGCCAGUCUAGUGGAGGUAAUGAAGAUGUGCUACAAACAAAACACACAAAGAUGCAUGUCACCAUGCUAUUAUUGCCAAGCAAUGAUUCAAAUGGCUUCUUUGCCAGCACCAACAUUUCUUCCUUUGAUCUUUGAAACAAUGUAUUACAAAAUAAAACUUCAUUUAGUAAGUUACAAUUCUGGUUAUGGUGAGUGCUUAAUAAAUAAUUAUUUCAUCUUUAGAAUAAAAUCUAUUUUAUUUCCCAAAGGUGGUACAUGCUUAAAGAUAAAUAAAUUUUAGAAAAUAAAAAUAAAGGCCAGGUGCGGUGGCUCAUGCCUGUAAUCCUAGCACUUUGGGAGGCCGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-226.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -244.32

Frequency: 0.0000

Diversity: 186.85

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((((((((.(((((((((((((((((.(((((((((((.((((...(((((...........))))))))).))))))(((((.((((((((.......))))))..)).))))).......(((((((.(.((.(.(((......))).).)).)...)))))))..((((((.(((..((((..(((((((...........(((((.((((((...((((...((((((...((((...)))).)))))).))))..(((.((((((....(((.((((((..(((.((((....)))).)))....))))))..)))....))))))...)))..........((((((((((((....((......))(((((((....)))))))......((((....((((((.(((..(((((....(((((((...((((.......))))..))))..)))....)))))..)))))))))....))))......)))))))).)))).)))))))))))...........((((((((((((....))))).((((((((...)))))))).....((((......)))).....................)))))))......((((((((.((((........)))).))))..)))).....))))))).....))))...............((((((((.((((((((....))))))))...)))))))).....))).)))))).......(((((.....)))))....))))).))))))))))))))))).)))))))))))))(((.((....)))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((((((((((.(((((((((((((((((.(((((((((((.((((...(((({.,,,....,}}))}}})))).))))))(((((.{,((((((.......))))))..},.)))))...{,..(((((((.,.((.{.({{......))).).}).}...))))))),,{(((({.(((...(((......,,,,,,,||....,(((((.{{{{{{....{((,..{{{{{{...{{{|,,,}}}}.))})))})}},.,|||.{{((((..,.(((.{(((((..(((.((((....)))).)))....}))))}..})}....})))}}...|||..........((((((((((((....((.....,},(((((((....)))))))......((((....{((({{((((..(((((..,,(({((((...{(((.......}}})..}}})..))),,,,)))))..)))))))))....)))),},...)))))))),,))).))))))))}}}..................(((({,,,,|||||,((((((((...)))))))}.....{(((......)))),.,||,,|||,.,......,},...,,}},....{{{,{{{{.{{{{........}}}}.)))),,),},.....))},})))}))))))..,{{,,....,}}},{(((((((.((((((({....})))))))...)))))))}.....))).)))))).......{((({.....}})}}....))))).))))))))))))))))).)))))))))))))(({{((....)))))