Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr16_0402600

Sequence Length

2092 nt

GC Content

0.5588

GGGGUGCGGUCACAGAAGGACAACCAGGGGGGUCCUUGUGGUGACGCAAGGGUUUUAAGGUCCCGACUGUGGGACACAGGCAUCUGCAUCUGUGAUCAACUGUACAGAACUCAAUACCCUUUCCAAGUAAGGGUGAAACAGCUGUCUAAGACCAGAGGGUUUCAUCAAUGCCGAUAUACACCCUAGGGGUGAUACUGUUCAGUGUGCAAAAUGCCACCACUGGGGAAGCUUGGCAAUGUGUACAAGGGACUGCUCCCUGUUCUUUCUUACAUCUCAUGUCAUCUAUGGUUAUCUCAGAAGAAAACAAACAAAAACCAAACACGGGGGGCCCAGCCCACCUCAAACCCCAGCUGCAGGAUGGAAGCUCAGAGAGGCUGGGGGCCUGGCCCCUUCAGGAAGAGCCAGGCCAAGACCAUCCAGUAACGAGAACGCAAACCUUCUGGCUUCAGAGCUCUCACUGAGGAAGAAUCUCAGGCAUGGCAGGAAGAAGACACACUGCUGUUCAACUGGAAAAGGAUCAGACUCAGUAAAAUGCUCUUUGCAUUCUUCCCCACGCCCCUCCCUGCCCUGGAGCUGGGGUGGAGCUGCUUCUUCUCAGGACUCAGGCGAGGGGAGCCCAUGUCCAGGGGUGGCCAGCCUGCACUUUAGUGUGGGCCUGUGCCCAACUAUGUGGCAGCUCUGAGGAUGAGAAGAUGUUUCUGGAAGGAGCUGUGAGCCACAGUGCAGUCCAGAAGGGGAGACAGGCGUGCCCGGUACCUGCCCCAGCCACACCCUGGGCCCAGUUAGGAUCCUACAGGAUCCUGAGCCCUCCUGCCGUUAUCCAGGGCAAAGAUGGCAAAUGGCUCCUGCAAGAUGACACCCAGGGCCUUGAGGCAAAUUCCCCCAACCAAGCAAAGAGAAGACCAGAGGCUGGAGCACACCUCCUGCUGAUGGAAACAGCCCAGCAGCGACCACAGGGCCUUCCAGGCAGCUCAGCGUCACCGCACACAUUUGACAAAUGACCGACUGAAGCCUAGGACGCCCAGGUGAGCUCAGCAUCCUCCCCUGACCUGCACCCACCUGGCCUUGUUCCUCCACGGCAGGACCCGAGAGCAGAAGGGAGCUUUCAUCACGGUGACUGCUGUGCUGGGAAAGGUUUCCAUGAUGCUGGUCAGAGGCAGCCGAAGAUGGCAGCAACCUCCCUGCUGAUGUCAGCCCCAGACGACCCCCAGGCCGGCUCCUGAGUGCUCAGUACAGCAGCCUCUCAAAAGGCCAAGCCUCCAUUCACCCCACGGCACUCAACACACCCAAGAACAGAACCCUGCAGGCGCCACGAGACGCCCAAGAACCAAGCCCUGCGGACACCACGAGACAACCCUAGGGCUCCGUCCCUUGCUUGAGCUCUCCUAGUUGAGAAAAAUGUGUUUGGCAAUGUUAUAGCUGCCCCGUCUCAUGACGAAGGGGACUUGUUCAGGUGAGAAACGUUCAACUGCGCGCUCGCUUACUGAAAACCGCCGAGGGGGAAGACGGGACGAGCGUCUUGACUUUCAGGGUGCACGUAAGUGGCUGGUCCCACCAAGGAAGUGCCAGAAAAAGAUGCAACGACUCUCACUACCUCCCAACACUUUCGCAAAUACUCACUGAAGAAAGGCCACCUACACAGAGAGGCAGGUUCAGCAUGACACCACUAGGCAAUUCUCACAGAACAGAAACAAAUAAAGAAUAAGAAAGAGAUGACAGACAAGCACCGCCAGUGUCCAUUCUACCAUUUGGUGUCGUUUUAUGUCAUUUAAAUCAAGUCAUUCCCUGCACAGACAGGUGUCCAGCUGCUCGGUGCAUGGAGGCCAGAGCCACAGAAGGGGCCGCUGACGCCAGCAGCUUCUCUCUGGUGCCCAGGCUAUGUGGUCUGUAGUCUGUGCACCACCCACAGAUGAGUUCUCUCAAGGACCAGCUCAGAUUCCGCCAUGCUGCAGGAAGGUCCAGGCAGGCGCCGCUCCCCACAUUCAAGGGUGCUGUGCACUCCCUGCCCACAUGACGACACCCAAGGAGGGGUGUGGAGGGCGAUGCAGACUCCCCCCUGCACCCCCUCAGGAUGACUAGAUGGAUAUGAGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-751.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -791.35

Frequency: 0.0000

Diversity: 516.74

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((.(((.......)))....(((((((.(((((((....)))))))((((....(((((......)))))..)))).((((((((.((.....))(((((((.((((..(((((((.......))))))).(((((.((((.....((..(((((...(((......)))....)))))..))..)))))))))...((((((...(((((...((.....))..)))))...))))))(((((....)))))..........((((((..(.((((((.(((((......................))))).....(((((((...)))).)))...(((((((((.((((......((...(((.((((((((((((((((((....))..).))))))))..((((.((((((.....(((((((.....(((..((((...(((....((((((.....))))))....)))..)))).))).....))).)))).))))))...)).))...........(((((.....)))))....)))).))).)))...)))))).)))))))))(((((((((.(..(((.((((...(((.......)))...)))).)))(.(((((((((((((....))))))).))).))))......).)))))))))..)))))).)))))))(((((((..(.((((((...)))))).)..)))))))((((((.(.((((((((.((.((((.((.((((((((.((((((((((((((((((((....)))))))))(((.((.((((.........))))..)).)))....(((.((((............)))))))(((.((........)))))........(((((((....((((.((((((.(((((..(((((.(((.......))).)))))......((((..(((((((...(((((((((...((......)).....))).)).)))).)))).))).))))))))).))))..)).))))..((((((.(((.......((((((.((((..((((((((.(((.((((((........)))))).....)))..))))))))..)))))))))).......))).))))))..((.(((......))).)).......((((((.(((((((......((.((....)).))(((.((((....))))...))).((((((.....((((..((((((((.((((..(((((((((...................((((.(.((((...((((.(((.((.((((..(((((((.((..............)).)))))))..((..(((((((((((((((((.(((((((...........((((..........))))...)))))..))..))))))...)))))))))))..))))))...)).)))))))............)))))))))(((((.((((((....)))))).))))).)))))).))).(((((((((...((((..((((.((((((......(((((((..(((((..............(((((................)))))............)))))....)))..)))).......)).)))).))))...........................((...((((((((...((((..((((((((..........)).))))))..))))..))))))))...))..(((............))).)))).))))))))).)))).))))))))..).))).....)))))).))))))).))))))))))))))))).)))))))...))))).)))..(((((((.......)))))))..(((((....)))))((((..............))))..)).)))))).)))..))))))))))))........)))).)))))))......((((......(.((((((......)))))).).))))))))))))..))))))))))))))(((.......(.....).......)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((((,(((.,....})))...,((((((({(((((((....)))))))}.......(((((,....}))))).,(((((.(((..((((((........))))))......{((((((.......))))))}...))).))))}{((.(((((((((({{,.({.((((((......((((((.(((((((((....}))))(({...})))))).))))))....)))))).}}}}....(((((....)))))(((({{..{{((.,....{{{{.,,,.{{(((.,,,....}}}..,,........,,,......(((((((...)))).))}....{(((((((.,..{.,{....,}},..,.)))))))((((((((,{(,...}}..).)))))))}..}}},.,...))}}.)))))),.}))))))))))))}.{((((....((((((...{,.((((((..(((((((............)))))))....))),....))}))...)))))).....))))}{(((({{{.(((((((((((((((,{{,((({.{{{|||||},((((((,(((((,,,((((((((((,..((({{{||{,.({((({{{({(((((((((((((....)))))))},)),|||{,....}).))))}|{|}..,..,))),,},.,}(((((((..(.((((((...)))))).)..)))))))((((,{.({(({,{{{,.{|,||||}||}|,|||||,,|||||||,{{,(((((((((....)))))))))(((.((.((((.,.....,.))))..)).)))....(((.((((...,........))))))).||.||}....}})))},.,,......(((((((....(((({({((((.(((((,((((((.,((......,))))))).)......((((..(((((((...(((((((((...,,,.....}).....)))},).)))).)))).))).))))))))).))))}})..)))},.((((((.(((.,.....((((((.((((..((((((((.,{({((((((........))))))....,)),..))))))))..)))))))))).....}.))).)))))).}((.(((,....,))).)}.......((((((.(((((((.......,.{(....}}..(((({(({.{{((({.,...,}}.((((......}|||,..((((((((.((((...((((,,,....,,.........{{{....}||,,(({(....,,|.}||,{{{(.,{..((({{{(,((,..,{....,....,},)}))}}),.}}..}}}}}}}),}|||||,,.{,{((((,...,,({({(((...((((((.((((.,({(((((.{|..{.(((((.{((.(({{{{((((...(((,....,}}},((.(((((((,{...(((.(.(((((..((((((.......))))))..))))).)))).},.)))))))))((((...}))),((.((((..{{,....,..,...,...))})))).}}}.......,,,,,.......}}}})))}}.}))).)).))).,.,,,.))))).))..)))))))))),,.}})}))).})))}},.,....,...........,,....((...((((((((...((((..((((((((..........)),})))))..))))..))))))))...))..,||....,|||,...,.}.))))),..)))),..)))).))))))))..)}))),,...})))))}))))))).))))))))))))),|||{||,||||{{{||,,,.}})}}|||||,|}}}},..,,,,,,)|||}}}}...})))).|}}}}}.....}}.}}}.))),)})).,||}}|,||}|{||||,{|,||||........))),|).}})).},.}}))|}|......,..|,,,},.)))))))))))).))).))))))),..))))))))))))))(((...,,,.(.....)..,,}..)))