Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr16_0404000

Sequence Length

1356 nt

GC Content

0.5516

GUGUGAAAAAAAGCUUCAUUUAGAAUACAUGUUCACAUCAAAACCACCACCACGACUAUAAACAAGCUAUGUUGUCAAACAGAAAAGCACCAGGCUACACUUCUUACUGUCAGCUCCUGCCUACAGCAACUCAGGAAUCAACAGGCCUGUGGAGGCUGAGUGCAGACAGAGACCAUGGAGACAUGAAGGGUCAGUGUGUGAUGACGGAGUCAGGGAGUCAGGGAUGGGACCAUCACCCAUCCAUGUCUGGGGGUGGGGCUGAGACACGAAGGGUCAGUGUGUGAUGACGGAGUCAGGGAUGGGACCAUCACCCGUCCAUGUCUGGGGGUGGGGGUGAGACACGAAGGGUCGGUGUGUGAUGACGGAGUCAGGGAUGGGACCAUCACCCGUCCAUGUCUGGGGGUGGGGGUGAGACACGAAGGGUCGGUGUGUGAUGACGGAGUCAGGGAUGGGACCAUCACCCGUCCAUGUCUGGGGGUGGGGGUGAGACACGAAGGGUCGGUGUGUGAUGACGGAGUCAGGGAUGGGACCAUCACCCGUCCAUGUCUGGGGGCGGGGGUGAGACACGAAGGGUCGGUGUGUGAUGACGGAGUCAGGGAUGGGACCAUCACCCGUCCAUGUCUGGGGGUGGGGCUGAGACACGAAGGGUCGGUGUGUGGUGACGGAGUCAGGGAUGGGACCAUCACCCGUCCAUGUCUGGGGGCGGGGGUGAGACACGAAGGGUCGGUGUGUGAUGACGGAGUCAGGGAUGGGACCAUCACCCGUCCAUGUCUGGGGGCGGGGGUGAGACACGAAGGGUCGGUGUGUGAUGACGGAGUCAGGGAUGGGACCAUCACCCGUCCACGUCUGGGGGUGGGGGUGAGACACGAAGGGUCGGUGUGUGAUGACGGAGUCAGGGAUGGGACCAUCACCCGUCCAUGUCUGGGGGUGGGGGUGAGACACGAAGGGUCAGUGUGUGAUGACAGGACCACUGCCCAUCCAUGUCUUGGGGCAGGGGUGGGGGUAACCAAAACCAGAAUCCAGUUAAAACAACAGGGAGUUGCUUCUACCUAUGGAAAUGGCAACAGGACAAGAUGAUAACCCAGGUGCUAAGGAGUCGGCUACACGCAUUCUGUGUUAGGAAACCCAGGAGGUACUAAUGGCGGCUCUCUCUGAAUGGUGGAGCAAUGUGAGGUUUUAAAUGCUCUUACCACUCUGGACUCCUUACUCUCAUCAACCCCUUUAAGUGGGUUAUUUGCCACGUUAGGGAUAGGGAAAGAAAAUUAUUUAAUACAAUCAACGGGUAAAAAGUUAAAGUUACCUAAGAAGAAAGAGCUCUAGGCCAAACCUAUAAUCCCAGAACUUUAAGAGGCCGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-482.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -503.34

Frequency: 0.0000

Diversity: 421.03

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((.......(((.....)))......)))))))(....(((((.(((.(((.........(((.((((((((.........(((((.((((...((((....((((.((((((((((.(((((((((((...((.(((....))).))..)))))).((.(((..(((((((....)))....))))..))).)).((((...)))).(((....(((((((..(((((.(((((((........)))))))(((((..(.....)..))))).(.((((..((..((((.(.((..((((.((((((..((((.((((((.((((((((((.........((((.((.(.((((..((..((((.(.((..((((.((((((..((((........)))))))))).........)))).)).).))))..))..)))).).))..)))).))))))..)))).)))))).)))))))))).........)))).)).).))))..))..)))).))))))..))))).))..))).)).))).))))))))))..)))).))))))))))))).)))))))).)))...(((((((.......)))))))..)))))).)))))((((..........((((.((((.(.(((((.((((((..(((((((..((((.(((((((........)))))))))))..........((((.((.(.((((..((..((((.(.((.(..((.((.(((((((........))))))).(((...))))).))..).)).).))))..))..)))).).))..)))).((((((..((((.((((((.((((((((((.........((((.((.(.((((......)))).).))..)))).))))))..)))).)))))).)))))))))).......((((((..(((......))).)))).)).))))))).(((((((..((..(((((((((((((...........(((.(((.....)))..)))))))))))))))).........))..)))))))........((....)).....(((((((.(.....((.(((((.(((....))).))))).))......).)))))))....((.((((((((((...............))))).))))).))..)))))))))))).)))).))))((((((((((........)))).))))))...((((.........................((((((..........))))))...............((((.....))))...))))............))))..)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((((.......(((.....))}......)))))))(....(((((,(((,(((.........{((.{((({({...,,.....{({((.((((.,.((((,,..((((.((((((((({.(((({((((((...((.{({....))).))..)))))).((.(((..(((((((....)))....})))..))).)).{(((...}}}}.{{{.,,.(((((((..(((((.(((((((........)))))))(((((..(.....)..))))).{.((((..((..((((.(.((.{{{((.((((((..((((.((((((.((((((((((........,((((.((.(.((((..({..||||.{.{|.|{{||.||||||..||||.|,,,,}.))))))))))........,)))).)).).))))..))..)))).).)),}},)).))))))..)))).)))))).)))))))))}........,)})).)).).)}}}..}}..)))}.|}||}}..}|}}}.||{||||.,}.}}}.))))))))))..}})).})})))))}))}).))))}})).,))},.(((((((.......)))))))..}|}|}|,}}}}}({{{.,,,,..,,,{{{|.((((.|.{((((.(((((({{(({((({.,((((.(((((((........)))))))}}}}..{{,{,...{,||.||,|.((((..((..((((.(.((.{,,((,((.(((((((........))))))).{{{...}}}}}.,),}).)).).))))..))..)))).},)),},,)).{(((((..((((.((((((.((((((((((.........({{(.((.(.((((......)))).).)).}}})).))))))..)))).)))))).)))))))))},.,..,..(((,({{(({{{....,}}.,)))}))))))|}}|.(((((((..((..(((((((((((((...........(((.(((.....)))..)))))))))))))))).........))..))))))).,.......,}},,|},,,..(((((((.(.....((.(((((.(((....))).))))).))......).))))))}}},,|..((((((((((.,.,,,....,},..)))))}}))))})))})))))))))))).)))).}}}|||||..((((........)))),{|,|||{{,({............,,,.......,,...((((({..........})))))..,..,.....,|}}},|}},...))),...}))),,},}......,}}))..)