Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr18_0117800

Sequence Length

713 nt

GC Content

0.3745

GUUUAGGACUGAAGGAUAUCACAUGAAACUUAAUGAAACCACCCUAACCAGACAUACAUUGCUCUCUCUGCCCAGACUCUCAAUGCCACAACCAUUGCAUGCUAGGAUGCAGAGACAAUACAUUGAAUUCUUAAGACUUCUACUGUUAUAAUUAAUAGGGUCUUGAACUUCCUAUUGGCAUAUAGUAUGUGCUACCUGAAAAUAAAUGCACAUAUGAAAAUAAUGGUAUCAACAUGAGAUACAAGAACGAACUUAAAAGUGAACAUUUUUAAGUCUCUGUAUAAAUGUUACCUGUAUAAAAGUGUACAUACAGUGCCUUGAACAACACAGGGUUGAACUGUGCAGAUCCACUUAUACAUGCAUUUUCUUCCACGUCUGCCACCCCUGAGACAGCAGACCACCUCCCCCUACUCGUCCUCCCUCCUCGGCCUAUUCAGUGUGAAGACAGGGAAGACCUUUAUGAUGAUCCAUUUCUACGUAAUAAAUAGUGAUUUUCUUAAUAGCAUUUUCUUUUCCCAGCUUACUUUAUAGUAGAAAUACAGUAUAUAAAACAUAAAACAUACAAAAUAUAUGUUAAUCAACUGUAUAUUUUUUAGGUAAGGCUUCUGGUCAACAGUAGGCUAUUAGUAGUUAAGUUUUGGGGAAGUUCAAAGUCAUAUGCAAAGUUAUUUGUCAAAGUUCUAUUGUGAUUGUGCUGGGGGGAGUGCAGGGGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-157.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -172.56

Frequency: 0.0000

Diversity: 220.29

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((.......(((..............)))....))))(.((((..............(((...((((.(((((((..((((((.......(.((((((......)))))).)......)))))).......(((((....((((((....)))))))))))((((((((((....((((((...))))))((((((((((.((((((......(((((((((((.((((.(((((((((((.((..((.(((((((((....))))))))))))))))))((((((....((((((..((((....((((((((((((.......))))))...))))))......)))))))))).))))))........((((((.............))))))...............(((.(((((.((..((((....)).))..))..))))).))).)))))).)))))))))..................))))))......))))))............(((((....)))))..(((((((......((((((..............)))))).....)))))))..)))))))))).((((((((.....))).)))))..................)))))))))).(((((((((((((....)))).)).........))))))))).))))).)))).))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(({{,((((,{{(((,..,,.{{{......,.}}}.......,,,....,{.,,.....||,,,(((((((((((.{...(((((.......)))))...,}}.))..))))))},,,..,.,}||,.,,{{((((((.,..((((((....)))))))))))))),,,||{|,,||{{{{{{.,,||||||},...,,,...,{{{|||,,|||,,..,,,,,(({{,,{{(((...(((({,((..(,{(((((((((....))))))))))))))))))..})))}}}}((((({..{(((..,.((((((((((((.......))))))...))))))......))))))))))}))))}),}}}}...||||||{.{,,,,{.....}}}}}},,.,{((((({,...(((.(((((.{(,.{(((....)).)),.})..))))).)))..|{{|{.,{{|,,||,},..|,,,,......||||||,}}.,},..||||,,..,{{{((((((((({{{,,{{{{(({,(((((((......((((((..............)))))).....))))))).,}},,,},}}},{(((((((.....))).))))),,,}.,}}.,}}}},|})))))}},,}}}||||,|,,(((((....}))),.,...,.,,,,)))))}}},)))))))))))}))))))))