Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_chr18_0229300
Sequence Length
1651 nt
GC Content
0.3404
GUCUCCCCUCGCUUAUAAUUAGUUUAACAUCUUCUACAGAAGAUGACCUAAGAUGGGAUGUUGAAAGUCUGUUUGCAUAUGGUGGUUUAAUCCGCUCCGGCAAGUCAGCCAGGCUGUCCAAUUCCCUUUCAUGAAGAGCAGGAGAUUUGGCAAUUGACAAAAAAGGUGACUGGGAAAAGGACAUUUGGGAUUCUGAACUCUCUAACAUAAAGUCAGAGUCAUACUCAACUGGAGGCCUUGGGGUUGUCACUGUAGUAUGGCAGGAAUCUUCUGAACUAGCAACAGAAAUCAUGGAUACAGAUCUGGAGCUGAGACCCGGCUUUUCAUUUUCUGAUCUAGGAGACCUGUUUAAGCUAUUAUCUGAAACAAAAGAUGACUUCCCUAAAGUCAUUACAUUUUUGGUGUCAACAGAUUGUGAUCUGUUACUUACAGCAUCUUUAGGUUGUUUCUCCUUGGUAUAUGCAUCAGUCACUUCUGAACUCUUUGACCUAGUAAGUUCUUUAUUUUUGGAUUCAGUUGGUGUAUGCUUUGUUUUUUCUUUAUCUUUUAUUUUAAGUUCUAAACAGUUUCGGUUUCUCAACCGUUCCUUUUCUUUUUGCUUAAUUUUUUCCUUAUGUUUUUUGUGCCACUGUUCUAUUUCUAGGUCUUUAAGGCUUAGCAUUCGUUCAAAACUUGUCUGCAUUAAAUCAUCAUUCACUAACCUCUUUUCUUUAGGUCGGGUAUCUUUUGAUGCUGGUGAUGACUUAGGUUUAGGCUUAUCUGCUUCAGAUUUUAGUUUGAGUAAGCUAUUUAUUUGAAUUUUAUCUUUAUGUUUGUCUCGUUCUUUGUAUCUAUCUAUAUCUUUAUCUUUUUUAUCUUUUUCUUUUCCAUCUGGAGUUUUCAAAGGUUCAUCUUUUGUUUUUUCUUUAAGGGAUAAGGGUUUUUCAUGUUGUGCUUUAUUACCGUCUACUAUACUUGAUUUUUUUUCUUCCUGUAUGUGUUUGGAGUUAGUUAUAUUUAUACUUUCUUUAUCUCUAGAUUUUUCCUUUUUAUCUAGCUCCCUGUCUUUUUCUUUAUUUUUGCCUUUUUCUGAUUUACUGUAUUCACUAUUAUCUGAUUGUUUAUUUUUUUUCUCCAUCAAGUGCUUUUCUUUGCUUUCUGCUAGAUGCCUCUCUUUUUCAGGCUUUUCUUUGUCAUGUUUCCUAUCCAUCUUUUCUCUACUUUUCUCUCUGUCGUCAGUUUUUUUAAUAGCAGCAGUAUUUUUGCUCUUCUCACCUUCUUUAUGGCAUUUUUCUGUGUGAUGCGAAUAUAGCUUGUCCUUUUCUUUUAUUUUAUCAACACAUUCACUAAGAUCUAAUUUGUCUUUUUCUGACUUAUGCUCAUGUUUUAUCUUCUUUUCUUUUUCAAAGGUUUUUCUUUCCAUCUUCUCAAUGUCCUUUUCUUUAAUUUGAGAUCGCUUCUCAGGUUUUUCUUUACUUUCCUUUAUAUGCUUUUCUUGUUUUUCAAUGUCUAUUUCCUUUUCCACUAAAUGAAGCCCUAUAGAUUCCUCAAUGGCACUCAUACCCAAAGAAGUAAAUUCUGAGUCUUUAUCUGUGGGUAUGUUUUCUCUCUCUUCUUUUAGAUCUUUUAUUUUUUCCUCCCUAAAAGAUUUCUCGCUUUCCUUUUUAAUCUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-310.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -346.48
Frequency: 0.0000
Diversity: 360.54
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(.........(((.......)))....(((((((....)))))))...)(((((((((.((((..(((((((((((....(((((......)))))...))))).....))))))...)))))))).....((((((((((((((...((((..(((.....(((((((..((((((((((((((.((((.(((((.((...........)))))))((((((((((..(((.((((....)))).))).)).))))))))(((((((((.((((.(((((((((...((.(((((.((((...(((((((.....)))))))......))))))))).))...)))))...))))......((((((((((((((....(((((.((((((((.....((..((.(((((((....)))))))))...))((((....(((........)))......)))).((((......))))......((((((((..(((((.........)))))..(((((((.(((.........................((((((............(((((....)))))..............))))))..........(((.(((..((((.((((..(.....((((((((...)))))))).....)..))......))..)))).))).)))))).))))))).........))))))))((((((....)))))).)))))))))))))...((((......)))).((((...((..(((((((((........................))))).))))..))....)))).....................((((((.....((((....)))).....))))))))))))))))))))......((((((..(((((....((((..((...........(((..........)))......((((..((.(((((((.((((((((.((...........(((........)))...........)).))))))))..............................(((...((((((((.((((((...(((((...............((((.(((((........)).....))).)))).............(((........))).........................................)))))....)))))).(((((.....)))))..............(((.((((......)))).))).))))))))...)))..................))))))).))..))))....((..(((.......)))..)))).))))....)))))..)))))).)))))))))))))..........)))))))))))))))))).(((((((((.....))))))))).....)))))))...)))..))))))))))))))))))..((((((...((((..........))))....)))))).((.....))....((((((((.(((..((((.........))))))).))))))))............((((((((...................))))))))...................)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
{.........{{{.......||,....(((((((....)))))))...,,,((.((((.{(((,.(((((((((((....(((((......)))))...))))).....)))))).,,}))}))))..,,.((((((((((((((...((((..{({.....(((((((..{((((((((((((({((((...,({,........((({{{(((((((((((((({{..(({.((((....)))).})}.}}.)))))))){((({.....{({,,,{(((((((((({,((((((((((,...(((((.(((((..{({{{,,,,.{,{{{|,...}))))},,,,,((((((((..(((((((.,...(((((((((.((({{{((((((((......{,,({.(((((((....)))))))}}...||(((({...(((........))}.}}...}}}).((((......))))......{(((((({..{{,{{.........))},,..(((((((.{((...,{,,,.................{{{{{{...,||.|{...(((((....)))))...,,.........}}}}}}..........,,{..,,..({({.{,,{.,,.....((((((((...)))))))).,...}..,,.,,,..},..)))}.})}.}},))}.))))))).........})))))))||{{{{....)))))),)))))))))))))...))).)))))),.)))))))..))))))))|,||||.........||,............},,.)))))))))))))))))))}....{{((((((((({{..,.,........,(((....||||....{(((((.....)))))).....,,,..})))))))))))}..,,,.}}},}},........,....,{{,((((..((..........))..)))}}||,..((((((((.,{...........(((........)))...........}}.))))))))..............................|||,,.|||||,||,..,.,.,.||{|.|................}}}}{|,((........}|....,))}})|.({{{.........}))|........}}},,}....,..........................,(({,,,}}}..........{{.(((((.....)))))}}.............}}))}}......{((((((({.{({{{.,,...,...........}))}}})))}}))))......{(((,.......))))}..))))))))))).....,.....................|||||....,,,}}.,,...)))))))))))))))))}.(((((((((.....))))))))).....)))))))...))}..))))))))))))))))))..{{{{{{...,{((..........)))}....}}))}}.,{.....))....((((((((.(((.,,{,,.........}}},))).))))))))............,,,,,,(({{{{{{{{...........,)))))))},.................,,,,,
Back