Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr19_0001400

Sequence Length

598 nt

GC Content

0.5134

GAUUUGAGAUGAAGACCUGAGGCAUUCCUGGCUUGAAAUACUGGGGUGUCCUGGUGAACUUGAUGUUGUAUGGGCUCUGGAUGAUCUUCACCCCUGAGGUCUCAGCUUGCACCAUCUCACCCCCUGUAGAGACAGUGAGAACACAGAGUUUGUGAGGGAGUUCAAUUUCUUAAGUGAGUGGCAGGACUAGUAUGAGAGCCCCAUCUUGGUGAAGGCAGAGAACGACAAUAACACUGAACAUGGUGACAUUGACAAAGAUUGAGCCUCCAAUGAAGUCCUCUCCUGGGCCUUGGAAUGCGGCCAUGAGCGUGUCCUUCUGGAGGGAGACGGUCACCUCCACCCUCUGCAGGGAGCUUUGGAUAGGGAUCCGGCAGGAGUCCAAUUUCACCCCAAAGAUGACCAAAGCAUGUCCGUCCACUGGCUUGUUAAAUAGGGCUCACCGAGCCUGGAUGUCAACGCCCAGAGCCUCAUCCUUGAGGUAAAAGAAAGUCUUAUUUGGGACCAGCUGGACCUCAAAAGAUGGGAGGACUCCUUCACAUCAAAGGCAGCCUCGAACUUCUGCUUGGGUGUACUUUGGUAGCUGGCUUCGAUGGUCCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-186.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -198.43

Frequency: 0.0000

Diversity: 219.62

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((...(((((.((((((.(.((((((((.(..........).))))))))).)))...))).))(((((.((..(((((.....((((((((..((.((((((((((.((.(((.((((((((((.((.((((..((......))..)))).)))))).).............))))))))...).).))).))))).)).))....)))))))))))))..)))))))..((((......)))).....(((....((((......))))...))))))))(((((((.(.(((..((((..(((.(((.(((((....))))).))).)))....(((((...((((((.(((((((...((.(((((((.(((((((.((((.((.(((..((((((........)).))))...)))...)).)))).)))))).)...))).)))).)).....))))))).(((((.(((((((...((...(((((....)))))...))..)))))))..)))))((((.((((((.......)))).))))))....))))))..)))))(((....)))))))..))).).)))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((...,{{...,,,,{{.(,((({(((,.(({{,,.....|,|}|||||||{|||{..,.{{.{(((((.{(..(((((.....((((((((..{(,(((((((((({({.{((.(((((,{{((.({.{{{{.|((....||}|..)))),))}|||{{......,,,,,..)))))}})},}}.}..,,.})))}.)).}}....)))))))))))))..)})))))}.||{,...,,}})}),}}}},.,.....|||,}}}..,}}}}..}}))))))(((((((.{.(({..((((..{((,{({,(((({..,,|||||.}}}.)),}}}}||((({..,,|||}.(((((((.,.((.(((((({.|{{{{{{.{{{{,({.(({..({{{{{,,......))}})}),..)})..,)}.)))).)))))}.}...))),)))).})...,.))))})){{((((.(((((((...((...(((({....)))))...))..))))))}..)))))||||,|,|||}},.|{{,||||,||||,|,,....,,)},,)))))}.}}})))).))))..))).).)))))))