Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_chr1_0345700
Sequence Length
901 nt
GC Content
0.3629
GAGACGUAUGCAAGGGAAGAAUCAUUGAGAAGGAAGCUUUUGGGAUAGGCUCAAGGAUACAGGCAUCUUUAAUAACAAGAGCUACCAUCUAUGGUGGAAGUCAGCAAACUUUUUCUGUAAAGAAUCAGAUAGGAAAUAUUUUUGGCCAUGCAGUCUCUGUUGCAACUACUCAACUGUGCCUUUGUAGUGCAAACACAGCUAUGGGUAUUAUGUAAACAAAUGCACAUGGCUCUGCUUCAAUAAAACAUUAUUUAUGGAUGGUAAAAUUUAUUUAUGAUGUUCAUGGCACAUAAUAUUGUUUUUCUUUCUUAGUUUUAUCUUUCAAUCAUUUAAAAAGGUAGAACCCAUUCUUAGCUUGAGGGCCAUAUAAAAACAGGUAGCAGACCAGAUUUGCCUGCAGGUCAUAAUUUGCUGACCCCUGACUGUUCAUUAAAAAUAAAUGCUUUAGUAUACCCAUUCUCAUUGAAUUCUUAGACCUGCUCUUUGAGGCAGGUAUACUCAUUUCCAUUUUCUAGAUAUCCAAGAUGAAGUUUAGAGAACUUAGGUCAUACAGAUUUCAAAGGCCUUUCUUUUAACCACUAAGCUAUACUACCUCCCAUAAUGGUAAGGAACACAGGGGGAUGGUGGAAUGAGUAGGUUUUCUUUAGCCAAAGGAAUUUAAAAAUCUAAAAGUAGUUUUAACAAAGAAUAUGAGGCUUGCUAUCAUGGCUUUCUCAUAGCAAGCUCAUUUUAGAUCUCUGCGAUUACUACAUUCUCUGUUUUCACAAGUCAAGCACAGGAAAGAUAUAAUGUUAAUAAGCUCUACUUUUCAGAAUAUAAUAUUCCCCCAUAUUUGAAGAAAAAAGAACAGCCUUCUAGCAUUUGUUCCAACUUCUCUCCACCAUCCAUGAUCCCACGGAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-205.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -225.79
Frequency: 0.0000
Diversity: 238.69
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((......((((...(((((..(((.((.((((((((..((......((((((......)))))).))..)))))))).)).))))))))....(((((((((.....(((((((((((..(((.(((.((((((..(((((((((((...)))(((((.((((..............))))))))).((.(((((((.(((((.((....))))))).))))))).)).........((((((((..((((((......))))))..)))))))))))))).)).)))))).))).)))))))).(((((((((((...........)))))))))))....(((((...)))))(((...........))).(((((.....))))).))))))......)))))))))(((((..(((((.........(((((....((((((((...(((((..((..............))..)))))..)))))))))))))...((((((((((.((......)).))))))))))...(((((..............))))).......................((((.........))))..))))))))))((((((((((..(((.(((((((((((((.....(((((.......(((((((((((..((((((......(((((.((((((((............)))))))))))))....((((.....))))......((((.(((((.........))))).)))).........))))))......)))))))).))).......))))).......)))))))))...(((((((......))...)))))..)))))))))))))))))....)))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,,.{((.,....{{{({{{((((,((((({((.((((((((,,{{.,,||.,{({{{.,.|,|}}}}|}.,}..}))))))),||{||..}))))}..(((((((((.,,.,((((,..,,,,.,|||.|||,{,,,,{..(((((,(((((..,{{(((((,,((((......,,,.....}}}}})))).||.{((((((.(((((.{{....))))))).))))))|{||{,.,.....((((((((..((((((......))))))..)))))))).|||||{||..,...}}}...,,..,,...(((((((((((..,.....,..)))))))))))....{{,,....,)))))}}},.........}}|}}}}}}.},},.,,),)))))))))}...))))))))),||{{..{{||{,,,.......,||||,..|||||.,}}.}||}}}.})|,)}}}}..{{(((({,....,))))))),}}}}}.|{{,{.{(((((((((.((......)).)))))))))}...(((((..............))))},||||,..,,,,,|},}......{{{{........,)))},})}},,,,|||((((((((((..(((.(((((((((((((.....(((((.......(((((((((((,.((((((..,{{.(((({{((((((((...{,....,,.))))))))))))).}}.((((.....))))......(((,{(((((,........})),)})))),.,......))))))...,..)))))))).))).......))))).......))))))))}...(((((({......))...)))))..}))))))))))))))))....,))),,),,,}
Back