Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr1_0542200

Sequence Length

540 nt

GC Content

0.3370

GUGAAAAGGCUGGAUUAUUUUGUUAAUCCUUACUAUGGUUUGAGGAAAACUAGUUGGCACCUUUCCAGUUCAGAUGCAUGUGGUCAAAGUAACAUAAGCAGGCUGGUAUGAAACUUAAAAGAUCUUGGAGUCCAUGGAUAUCUGAAUCACUCCACAGUAAGAUGGUAUUUCAGAGGAGGAAGAAAAUUCUUUCUUUCAUACACAUACUAAAGGGCUUUCCAUGUUUUUGUGAAGGCCACAAAUGGAAAAAACUACCACUGGCAGAAAAAACACAACACUGUGGUAUCAAGUACACUGCCAAAGUUCCAAUUGAAGCAAUUGAAUGUUGGUGUUUUUUUUUUAAAUCACUUGCAAGCAUUUUGGCAUCUGGAGUAAAAGAAGUUGUUCCUAUUAGUUUGUAAUCCAAGUAAGGGUCUUAUUUCCUCAAUUAAAUUUGCAUAAAUUUAUCCUGAAUACAUAAUUUUCCUUAUGAUGAAUACUGUAUUUUCAUGCAAAUAUCUACAAUUAAUGUAAAGUUCCAAUUUACUUUCUUCUUUACUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-110.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -123.07

Frequency: 0.0000

Diversity: 134.87

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((..((..((((((......))))))..........(((((((((((((((.((.((((((..(.(((((((((.((((..........)))).(((((.((((.((((.............((((((.....(((......))))))))).....(((((((((...((((((((((.....)))))))))).)))).))).))....(((((((((......)).))))))).......((((((((.((((.((((((......((((....))))((((...)))).))))))......((((((...)))))).....)))))))))))))))).)))))))))..........))))))))).)....))))..)).)).))))))))...((((......))))......)))))))....((((((((...........(((((((..((((..(....)..))))..)))))))..))))))))...((((.....)))).....))..)))))(............)

Thermodynamic Ensemble Prediction

({({,.,{,..((((((......))))))...},.,,,.(((((((((((((((.(({(,((((..{.(((((((((.{(({..........}}}..(((((.(((({(((,.........{{{{((({{{,,,.||||.,{{{,|..}}}|||......,,|||{{{,,,|||(((((((,....}))))))))),)))).))}.}}...,(((((((((......)).))))))).,....{((((((((.((((,((((((......((((....))))((((...)))).))))))..,,,.((((((...)))))),,},,})))))))))))},,}.},)))))))...,,.....))))))))).}....)))).})).)).)))))))}...((((......)))).....,))))))).,..((((((((.,,........{{(((((,,({{{....,,.),.)}}}..})))}}),.))))))))...{{{{.....}|||{{{,.....,,,))|,....,,,,.,.)