Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr1_0552700

Sequence Length

908 nt

GC Content

0.5727

GCAUUAAUGUAUCCUGUGUUAUUUUCUUUGGUUGGUAUCAGCUCUACUCGAUUCUCCUCAUAGGGGACAACUUCACGGAUUCGGCUGCGCUCGGCGUUUUCUGGCAGAGCUGCUGUGCUGAAAAUGCCAUUCGCCUUUUUCUUUGGAAUUUGCUCAUAUUCUGUGAACACCAUUCCCUCUUCUAGUUUCUUCUUCAGGGUUCUGAACCUCUCGUCCAUGGGAACCCGGGUGGCAUCAACUCGAUUCUCUUCCCGCCCUGAGACUCGAGCCACCGAGAGCCCAUUCAAUGCUGCCAACAUCAGCGGCCUCUUCUGUGCCUCCAGGCCUGCCAUCUUCUGCUUCUCUAGAUUCCUGAUCAUCAUCUCUCUCUCUAUAAUGCUGUCUUCCAGGGAAAACAUUUCAGACACAGGUCUCUCCUUCACAGGCUCUUUUUUGACCCGCUCCUUCACACUAGUCAGGUCGGGUUCCGAGAUGGAUGGGCCGAGAGAGGCCCCGUUGACAGCCGGCGGGUCAGUCCGAGACAUGCUGAUGGCCUUGGCUGGCCCAUGCCUCAGCACCCUGGCUCUGGCCAUGGCGGGAGGAAGGCUGGCUUGGUCCUGCCUCAGAGCCCCAUUGCUCACACUCUUCCUUGGACCGGGGUACUCAGGCGGGGGCUUGUUGGGGAUGCGGGCCAGGGCCGCCUGCAGCUGGGCACUGUACUCCAUCUUCUCCCGGAGCAUGGGGAUCUGGGGCACCGAUUCUGGAGCCUCCUCCUCCUCCUCCUCACUCUCGCUGCUGUGGAUUAGCAUAGUGGCAUCAGAGAAGGUCUUCUUGUGGUGAUACUGAGGGAGCUGGGGGACCUCGUGGCUGCCUGACCCCUCCUCGGGCGGUCCCUGCUCCCGGAGCGUGUUGCGGCGAGCCAUGGGGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-333.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -350.95

Frequency: 0.0000

Diversity: 289.76

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((......((((.(((...........(((((....))))).........((((((...))))))......)))))))(((((((((...(((((((((.((((.((...)).)))))))))))))....(((((((((...(((((.((.(((((...))))).))..)))))................(((((....)))))...(((((((((.(((((((.((((((......((((.((((..........)))).))))))))))(((((((........(((((........)))))......((((.....(((((((......((((..........((((((..((.(((.............))).)).....))))))........))))..)))))))......)))))))))))....((((.(((..........)))..)))))))))))...)))))))))..))))))))).....)).))))))).(((((((.(((((.(((....)))..))))))))))))))))(((....(((((((((.((((..((.(((((((.((..(((((((((.(((((((((.((((((.((((........(((((...)))))........((((((...(.(((((.((((((((..(((........))).))).)))))))))).)..)))))))))))))))).)))))))))..))))...))))).)))))))))))......((((.(((((((((......)))))))))...))))..)))).....((.(((((((...((((((..(((((((........((((((.......))))))))))))))))))).....))))))).)))))))).))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(({,...,{,,{(({(((......,,..,(({{(,...||}},......}}.,{{{{,,,,))))}).,....|}||||,,{((({(({,..(((((((((.((((.((...)).)))))))))))))....||{{{{{{{...(((((.((.(((({...))))).))..))))).,,,,,.{{..,,,,,.,{{((({,{{||,...,,,{{,,{{.{||||||,((((((......((((.((((..........)))).)))))))))){{{{(({,,,.....(((({........))|||,....,{{{(,,...(((((((...,,,{{{(......|}||,,,{{({....,|,,..............}.}},,,..,})))}........,})},.)))))))......}}})))}}|}|....(((({(..{{{..,,....)},})).))))))}},},}))))))))},))))))))),..|||}.))))}||{(((((((.(((((.(((....)))..)))))))))))),}))|||||,,|||{|{{,,,,|||,.{{.(((((({{((,.(((((((({.(((((((((.(((((,,((((....,,,.{{{,{,,.,}}}},.,,.,}}((((((...{.(((((.((((((((..{((.....,}.))).))).)))))))))).,..)))))))))))))))).)))))))))..))})...))))),))))))))}}|,{{{..((((.(((((((((......)))))))))...}))),|}}...,},,,}}}}}},.,,)))))))}}))))}}(((((((((((((((((,,((((..((((((...))))))..)))).).)))).))),))))))))))))