Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr1_0716200

Sequence Length

349 nt

GC Content

0.3381

GUUGGAAUUUGAACUACUUCUUCAGCUAGUAUCCAUUUCAGUAGACUCAUUCUUUCCUCACAUAACUGUUAUUACAGAAUUGAAGAUUGCGGUAAGUCAAGCUUUAGUAAUAAUCAAUUUCUAAAAAUUUAUUUAGAGUAAGAUCCAUGUUACUAAUACUUUUUAAAACUAAGGAGCCAACCUACAACUUACUUGUUAGUUUGAGUCAACUACCUACAGCUACUUGAUUAUACAAGAUUACAGAUGUCAGAUAGUAUUUAUUUCAUGGAUAAAUAAGCUGACUGUCAGUCACUAAAUAGGAUCCUUCCCCAAGAGUGCAGCAUUUAUUUCAGCCUCUGCCAGUGGAAGU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-62.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -68.80

Frequency: 0.0000

Diversity: 102.73

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((........))).((((((.(((((..(((((((...(((.(((((.................((((....)))).......((((......))))(((..((((((((((((...(((((((......)))))))...)))...)))))))))..)))....(((((((.(((...............))).)))))))))))).))).......((((.(((((.................))))).)))).........)))))))....)))))((((.(((.((((.....(((....))).....))))..((..........))..))).))))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((,{,,,.,,}}}.((({({{{{(({,{((((({{...(((.((((({..,,....,,,.,...((((....))))...}),.|{{{,.,,.,|||}{((..((((((((((((...(((((((......)))))))...)))...)))))))))..))}....,{{{{{(,({{...............))).)))))))))))).}}}...,,,,|||,{(((,,....},,}......{,||||||.,,,|{{{{{{{..,,)))))}}}},}))))|,|}},|,||{{.....(({....}})...,|||}||.,,,...,,,,,,))||||,...,.)))))}