Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_chr1_0716700
Sequence Length
2566 nt
GC Content
0.3468
GUCACUGUUUCUUCUCAAUUAUUUAAGGUGAAAGUAAUAAACCAGACAUUUAAGUAAACAUGCUCACUUCCAUCUAAAUAUAAAUGUUAUCACAGCAUUUGAAAACAUUCCAGAUAUAUCAAAUCUCUAACACCUAAUGUCAAGAAUGUAUCAGAAGGAAAUAUACAACCAACUCAUUAAUGCUUGAUAAAAAUGCACGCUUGUCAUUUAUAGAAUCCAUGACAACCAUGAGAAAAAGAGUAUGUACUGAUCAAAAAGGCCAGGUUACUAUAUAACUUUGUUUCACAACUAACGACAUUUAAGUUCAAAGUAUUAUGGAAUUACUUACAAAAUAAACUGGGUACUCUCUACCUCACCCCUAGUGGUAGGCUAUGAAACAAAUCGAUUCAGUUUAAAAUAGUUUAUGUGCCGACUAGUGUUAAAACGUUCAUGUAUGCAUUAAGAUCACACCAAAUCACCUGACUGAUUCCUUCAUCAAAAGCUCCUCUUGGCAGUUAGCAGUACACACCUAACAUUAGCCAAACAGGUUAUCUACCAUCAACACGGAGAAAUAAGAAACUUUGUAUUGCCAUUUAAAGAAGUUGCUUUCUAAAACUAGACAUGAAUAAGGGAGAGAAGAGGAAGUAUUAAACCCCUAAACUAAUUAACGAAAUAAGGGAGGGGGGAUGCAGGAAAACAAUGAUAAUUAGUAUGUACCCUUGGUUAACCAAAUCCACACAUACAUUCAUUCUGUAUAUGCACAAACAUCAGCAGCAUCAUAAACCGUCUCAAGUUCUAGCCAUUAUUCAGUUCGACAUCUGCACAUGUUUAUGCGUCUCUCCAAACAACCUCUUGAACACCCUGCUGGAGCUGUCAUUUUUUUCUUCUCCCUAUCUGGCAGAUGGCAAGUCAACAAUCGGCAUCAACAGCAGCCGAAUAUCUCCCCCUCCAUCCUACCCCCCUAAACAGACACAAUAAUAACUUCUUUGUGCUUCCCUACAAUGCAGCUGCUUAAACCAUUUCGCUACAAGGCUGCUUUGCCUUAAUAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAUCCCUUCUGUCAAGUCUAAAAAGCAGCAUAAUGUUAAGCAAGCUAAAGCCACAGCACAGCUGCAAACGGGCAGACACAUUGACAGCUCCUCCCUUAACAAAGCCCUGUGAAUUGAAGGGGGUUCAUCUGAGGCUCACACAGUAAUUAGUAUAAAAAAGUCCGACAGCCUCUAUUAUGCUAAGGGAAAAAAAAACUGGACAGAACUGGGCUGCUGUUUUGCGUCAAGAGUUCUGCUGCAGAGUAGAUAAAUCAUGUUGGGUUUUUUCCUCUCUUUUUAAAGACAGUAAUAAGGAGGAUGAGAGAAGCUAAUUUGAAAACUUGGACACAGUAAUUGUACCAUAUGGUGAGCAUUUAUCCUUUCUGAAAUGCACGCUAACAGUCACUUACAUGCACACUGCUUUGUUUUACAGUUGUUAUUCUCUCUACCAUAUUCAUAAAAUGGAUUUGAAUAUCUGAUACUCAAGAUAAGUUGUGUGUAAUUAGCAAGAGAACUGCCUAGGUUUAAUUUAUUGGCCUUGCACUGCAAUCUAGUAAAAUGCAAAACAAAAUUAAACAAUGUGUCCACUUUGUACAGAUAUUUUUUCUUUAACUCAACAAAACACUAAUGAAUACAAGUUCAUUGGAGUGUUUCUAAGUUAAGGCACAGUGUAUUUUGAAAAUUCCAACAGAAUAAACUAUAGCUGUUGAUAAGAUUUCUGAUAUGUCACCAUAAGAAUAAUUUUUCAGAAAGAUCACCUGGUUUAAUUUUGUAUUUCACUGAAGCAGAUGUAACUCUUCCUCAUAUACAUCAGUAAACCUAGAUGCAAGAGAAAUUUCCUUGCAUAUGUCCUAAAAAUUUUAGGAAAAGAAAUUCUGUCAUUUAUUAAAUAGUUAUUAAGUACUCUGUGCCAAGCACCUAUCUGGCACGGGGAGGAGAAUAUAGAAAAGCUUUCACAUUUUUUUUAAAUCUAAACAUAAAUUGACUUAUUUUGUCUACUUCAAAAUUCUAUAAAAAUCUACUAUUUGAAGAAAGACUUUAAUAACACUAAUAGUACACUGGUUAUCAUGGCACAAUAUAUAUCAAAAUAUAUAGGGAACAAGAUUAGUUUAAUCAGAAGUAAAUUCACUGUAAUGACAUCUGUGUGACCCUUUUAGGUAAAAUAUUCUGUGUUUACUCAAUAUAAACUAUGUUCUAAAACUGACAUACUCAACUAGAACUCAUAUGAAUCCUUUAAAUUUCAAGUGGAGUAAAAUCACUGGUUUGAAUUUCUACAGCAUCCAUUUGACCACAAGUAUCCUUCUGAUCAAUAUUUUGGGGACAUGAAGAAGCAGAAUAUUUUAAGGUAUUGUUAGUUCAAGACAGAACUAAGAGUCCCUACUAAAGCUUGAAGUAAUCUGUCUUUAGAAGAAAGACUGUGACUCCACCCAGGAAAUUGGGCAUAAUUACAUUAAGAAGGAAUGGCUUCAUCCAGAAAGUACCACUAAUAAUUUUCUACAAUAAAUCUCCAUUUUGGCUUAACAGAAAUAAACUUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-541.75 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -593.77
Frequency: 0.0000
Diversity: 516.71
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((..((((((((....((((((.((((.((((..........((......))..........)))).))))))))))..((((((.(((.......))).))))))..((((.......))))..........(((((.(((((((((((((((((.....................((((((........(((((..(((((((.((((....((((.....)))).((((.((((((((((.(((((..........))))).))))).))))).))))...(((...(((......)))...)))....((((.((((((......((((((((((.(((((((((.(.......).)))))(((((.((((...........))))...)))))...(((((((((((((((......((((((((.........(((........)))...(((.(((.....))))))..((((((....)).)))).((((((((..........(((((.....)))))(((.((........)))))............)))))))).......(((((....)))))........)))))))).((((....((((((..((.......((((..................)))).(((((((((((...(((((.((.......((((((....((((....))))......)))))).......((((..(((......)))..)))).................................(((........)))..))))))).)))))))))))..))..)))))).....))))...((((((.........(((((((((((...((.(((((((..............(((..((((((((((.(...(((..((...................................((((..((((((.(((.....((((((((.............((((((..((((((((.......................................................))))))))....)))..)))..(((........))).))))))))...))).)).))))..)).))....(((((((.((.((((((.(.......).)))))).....((((((..............................)))))).....)).)))))))..........))..)))..).)))))))))).)))(..((((..((((.((((((((.......(((.(((((.(((((((.((.(((((((..........))))))))).))))))).))))).)))......(((((((((((.((.((....(((((.((((((..........)))))).)))))...)))).)))).(((((((.((((.(((((..(((...(((((......((((.........))))....)))))......))).))))))))).)))))))....(((.......)))....(((((((((..((...(((((.(((......)))...)))))..)))))))))))..)))))))))))))))))))..))))..).((((((.....((((((((((((((....)))))))..)))))))...))))))(((((((.((((((.....((((.....)))).....(((((((((((((.(((((((..((((....)))).(((......)))...........((((((((....(((((......((((.((......)))))).....)))))....)))))).))(((((((.((....)))))))))...(((((((...)))))))..))))))).)))))........)))))))).)))))).)))))))......))))))).)).)))))))))))........))))))................................(((((..((((.(((((((...................)))))))..))))...)))))..........))))))))).....))))))((((((......)))))))))).))....)))))))).....)))))).)))))))))))))))..))))).(((......)))..........((((((((((............((((((....(((.....)))..)))))).(((.((((..........)))).))))))))))..)))(((((......................)))))))))))))))))))))..)))))))...)))))...((((((((.(((((((((.((((.(((((((......))))))).))).........).))))))))).)))).))))))))))))....)))))(...(((((....)))))..........(((((..(((((((........(((((((..........)))))))...........)))))))..))))).............)
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((.,((((((((....((((({{((((.{(((..........{(......))........,.)))}.)))))))))},{((((((.,,,.}}}}}})),.,|||||,.,(((,,.....,},,..........|||||.,||||||((((((((((..............{(..{{((((((((...{{{(({,,(.{((((((..,,......,|||}}}}.},||.((({.((((((((((.(((((..........))))).)))))}})))).)))).........|.}}}}}..,,)},}}))}})).,}}..{,,{,......{{(({(((((....,{{{{{.,.......}.)))))|,,.,{{,,,...,,,}}}||}}}}}..{(((((({(((((((((((((((......((((((((.........({{........}}}...{((.(((.....)))))}{((((.,((((({{{{({{,({{((,,,...,,,,,..(((((.....)))))(((.((........)))))..........,,)))}}))),}....,))},)..))))){{{....}}})))))))).((((....((((((..{{......,((((..................)))).((((((((((({,....,,{(({......((((((....((((....))))......))))))..}}}}}||||,,{(({{.{{{{{{..((((.,{....,{{.,......,,....,,.......,.}},.,,...))))..)))))).)))))))))))..}}..)))))).....))))..,((((((.,.......(((((((((((...((.(((((((...,..........(((..((((((((((.{...{{(,{{{{({......,,{{{{,,...,,,.,,,,.........((..((((((.(((.....(((((((({{,,,..,,,{..(((,{(,,(({{{{{{},|||......................................,,,.,}}.....}}))))))..,,))),,)))..(((........))).})))))))...))).)).))))..)).,|,,..,,,{{,,....|||,{|}|,...,..}})))))......||||,,..........{{{{{{{{{...,{......,)})),..}}}))}))))))}.........,)),.}}}..}.)))))))))).))),..((((..((((.((((((({.......(((.(((((.(((((((.((,(((((({.......,,,,)))))))}.))))))).))))).)))......(((((((((((.((.((....(((((.((((((.........,)))))).)))))...)))).)))).(((((((.(((({(((((..{({,{.(((((......((((.,,......))))....)))))..,}},}}}.))))))))).)))))))..{{(({.,....,))},}}.((((((((,.,((...(((((.(((......)))...)))))..)))))))))))..)))))))))))))))))))..))))..,.((((((.....((((((((((((((....))))))),.}))))))...))))))(((((((.((((((.,...{{{{...,,|}}}.....{{{{||||(((({,(((((((({{{{{....},,,.,,,......,))})},..,}}..{{((((((....(((((......((((.((......)))))).....)))))....)))))).})(((((((.((....)))))))))...(((((({...}))))))..|||,,,},},,,..,,,,,.,})))))}).)))))).)))))))..,...))))))).)).)))))))))))....},..)))))}},,..,,..,,,,.....,,........,}..{{{{{..((((.(((((((...................)))))))..))))...}}}}}........},))))))))}....,))))),,(((((,,....))))))|(({.(({((({..{{(....{{(,,,....,,,.))).,..))))))).)))..))},....{(({{{{(({...}}})))))}....}))))))))((((({....|||.....}}}..}))))).,....||............|(((((((({|{{{,{{,..,,..}),.})}.,,,.},.))))))))).....,))}))))))))))..})))))},..)))))|,,(({(((((.((((((((({,(((.(((((((......))))))).))).,,......,.})))))))).)))),)))))))))))}.},.)))))(...(((((....)))))..........{((((..(((((((.,......(((((((..........)))))))...........)))))))..))))}.............)
Back