Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr1_0716900

Sequence Length

390 nt

GC Content

0.4282

GUAGGAGGAUCACUUGAGGCCAGGAGUCCAGGACCAGCCUCGGCAACAUAGCAAGACCUUGUCUAGACCAAAAAAAAAAAAAAAUUAAAUUAGCCUGGCAUGAUGAUGCAUGCCCGUAGUUCUAGCUACUCGGGAGGUUAGCUUGAGCCCAGGAGUUUGAGGAUGCAGUGAGCUAUGAUAAGGCCACUGCAUUCCAGCCUCAGAGACAGAGCGAGCCUUGUCUUUAAAGAAAAAAAAAAAGAGAAAAAGAAAUGAAACUGCAAUAAGGGCAGUAAGAAAAGUUCUGGAAAGUGUUGACAGUUUCAGAAGGAAGAGUUUACUUUCAAAUGGUGACAAGGGAAGACAAGAUACAAGAGGUGAAACUUGAGCUAUAACUUGAAGGGUUGAUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-102.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -108.22

Frequency: 0.0001

Diversity: 57.09

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((..(((..(((((((((((...(.(((...)))).))))).((......))....(((((((...((((..........................((((((......))))))....((((.(((((.((....)).))))).))))....(((.(((.((((((((((.(((.......)))))))))))))))).)))((((((((........))))))))...........................(((((((((((((....(((.((......))))).....))))).))))))))...(((((......)))))...)))))))))))................))))))..)))..))(.((((((...))))))...)

Thermodynamic Ensemble Prediction

((..(((..(((((((((((..,(.(((...)))).))))).((......))....(((((((...((((..........................((((((......)))))).{{{((,,.,||||},,..,{||{|,|||{,,,|....(((.(((.((((((((((.(((.......)))))))))))))))).))).|,|,{,|}}}.,}}})),|||||..............,,,..........(((((((((((((....(((.,{......}}))).....))))).)))))))),,,(((({......)))))...)))))))))))................})))))..)))..))(.((((({...})))))...)